Reconstrucció filogenètica Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia La filogènia és l’estudi de les relacions evolutives entre diferents organismes, com espècies o poblacions, que es descobreix gràcies a les seqüències moleculars i/o morfològiques. L'evolució es considerada com un procés de ramificació, pel qual les poblacions es veuen alterades en el temps. Es poden especiar en branques separades, hibridar juntes, o acabar extingint-se. Això es pot veure en un arbre filogenètic. Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Reconstrucció filogenètica amb seqüències proteiques Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia 1 Recuperar l'alineament de proteïnes Spike que vam obtenir a la pràctica de Perl 2 Importar l'alineament al programa MEGA (feu servir l’arxiu amb el format .mega) 3 Calcular les distàncies entre les seqüències 4 Fer la reconstrucció filogenètica amb l’aproximació de Neighbor-Joining Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Càlcul de les distancies genètiques Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Construcció de l’arbre Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Reconstrucció filogenètica amb seqüències proteïques Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Mirant dos a dos (pairwise comparisons) quines seqüències són les més distants? I les més properes? Mirant l’arbre filogenètic, quin genoma és el més distant? La seqüència SARS humana amb quina espècie està relacionada? Quina explicació té? Les relacions entre els diferent genomes vírics donen informació sobre les relacions entre els hostes? Quina informació més ens està donant? Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Test de selecció Test de selecció natural, Ka/Ks Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Test de selecció natural, Ka/Ks Neutralitat: Ka = Ks Ka/Ks = 1 Selecció negativa: Ka < Ks Ka/Ks < 1 Selecció positiva: Ka > Ks Ka/Ks > 1 Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Test de selecció Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia 1 Recuperar l'alineament de CDSs Spike que vam obtenir a la pràctica de Perl 2 Importar l'alineament al programa DnaSP (feu servir el arxiu en format .fasta) 3 Fer una anàlisi Ka/Ks per veure si el gen Spike evoluciona sota l’acció de la selecció natural Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Test de selecció Bioinformàtica Genòmica i Filogènia Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Test de selecció Bioinformàtica Genòmica i Filogènia Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Test de selecció Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Què hi ha, més polimorfisme sinònim o no sinònim? I divergència? Quin valor dóna el test Ka/Ks? Tenim evidències de que el gen Spike evoluciona de forma adaptativa? Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Reconstrucció filogenètica amb seqüències nucleotídiques Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia 1 Recuperar l'alineament de CDSs Spike que vam obtenir a la pràctica de Perl 2 Importar l'alineament al programa MEGA (feu servir el arxiu amb el format .mega) 3 Identificar a l’alineament els canvis nucleotídics entre la seqüència SARS a Palm Civet i les seqüències SARS a humans, com a possibles mutacions clau que van fer possible la infecció del virus a l’espècie humana. 4 Calcular les distàncies entre les seqüències aplicant la correcció Jukes-Cantor 5 Fer la reconstrucció filogenètica amb l’aproximació de Neighbor-Joining 6 Representar gràficament la distància genètica i la data d’infecció de cada seqüència en un full Excel Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Identificar a l’alineament els canvis nucleotídics Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Identificar a l’alineament els canvis nucleotídics Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Càlcul de les distancies genètiques Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Càlcul de les distancies genètiques Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Exporteu-ho les dades per que les farem servir després... Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Construcció de l’arbre Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Representació gràfica Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Recuperar l’arxiu guardat amb les distàncies genètiques Seleccionar les distàncies genètiques de les diferent seqüències de SARS humà respecte les seqüències de SARS a Palm Civet Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Representació gràfica Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Afegir la data d’infecció de cada seqüència humana L’arxiu amb aquesta informació el podreu trobar al campus virtual Ja podeu crear la gràfica! Bioinformàtica Genòmica i Filogènia
Reconstrucció filogenètica amb seqüències nucleotídiques Introducció El genoma del virus SARS-CoV Identificació de l’hoste L’epidèmia Quin tipus de mutació creieu que és la més probable de ser la mutació causal? Quina és la seqüència més allunyada de totes? Quina és la seqüència humana més propera a la seqüència del taxó extern? Què explica l'arbre? Podeu dir on va començar l’epidèmia? Quina és la relació entre el temps d’infecció i la distància genètica respecte a Palm Civet? Bioinformàtica Genòmica i Filogènia