Las inserciones y deleciones se penalizan con un peso W Se construye una matriz H de n + 1 filas y m + 1 columnas. La secuencia de A se ubica en las filas y la secuencia de B en las columnas En la matriz H todas sus entradas de la primera fila y primera columna son ceros. Veamos un ejemplo: En consecuencia la matriz H será de 12 filas por 8 columnas Matriz de sustitución
Primera fase de la matriz H Para proceder a llenar esta matriz, se utiliza la siguiente instrucción
La matriz H completa
Recuperación de (una) la solución Se elige el valor máximo de los vecinos azules, en caso de empate significa otra solución y en consecuencia otro alineamiento con el mismo número de “matches” Se empieza por la última entrada
G A A T T C A G T T A G GA T C G A Recuperación de (una) la solución
Como antes, se inicializa la matriz con ceros en la primera fila y primera columna. Recuerde que la matriz será de n + 1 filas y m + 1 columnas. Nota: En consecuencia esta operación se puede obviar y trabajar con una matriz de n x m.
El alineamiento dependerá de la matriz de sustitución, S, utilizada Matrices de sustitución en secuencias de ADN (ristra de bases) Son problemas de alineamiento de complejidad 4.
Matrices de sustitución en una proteína (ristra de aminoácidos) Son problemas de alineamiento de complejidad 20
Matrices de sustitución en base al código genético
Frecuencia observada en secuencias conocidas en las que se alinearon los aminoácidos i y j Frecuencia observada del aminoácido i en el conjunto de secuencias Frecuencia observada del aminoácido j en el conjunto de secuencias Matrices “log odds” (PAM y la BLOSUM)