PSI-BLAST

Resumen de cómo se utiliza PSI-BLAST

Introduce la secuencia problema Selecciona la base de datos 1.- Se va a la página de BLASTP, se introduce una proteína problema, se selecciona la base de datos (BD) y se marca la opción PSI-BLAST. Selecciona PSI-BLAST PSI-BLAST: manual de instrucciones (1) PSI-BLAST: manual de instrucciones (1)

Resultados de la búsqueda inicial (en forma gráfica) 2.- En primer lugar, PSI-BLAST utiliza BLAST (con huecos) para buscar en la BD las secuencias parecidas a la secuencia problema. PSI-BLAST: manual de instrucciones (2)

Resultados de la búsqueda inicial (listado) PSI-BLAST: manual de instrucciones (3)

Nueva ronda de PSI-BLAST Selecciona las secuencias que se van a usar para hacer el AMS y construir un perfil 3.- A continuación, PSI-BLAST hace un AMS que incluye todas las secuencias cuyo parecido con la secuencia problema ha obtenido una puntuación estadísticamente significativa. Nueva ronda de PSI-BLAST PSI-BLAST: manual de instrucciones (4)

PSI-BLAST: manual de instrucciones (5) Secuencias que ya están en el perfil Selecciona las nuevas secuencias que se van a usar para hacer un nuevo perfil Nuevas secuencias (encontradas al buscar con el perfil) 4.- Este AMS se utiliza para construir un perfil, que se utilizará para volver a buscar en la BD otras secuencias que se ajusten a él. Nueva ronda de PSI-BLAST PSI-BLAST: manual de instrucciones (5)

PSI-BLAST: manual de instrucciones (6) 5.- PSI-BLAST selecciona las nuevas secuencias que se ajustan al perfil (porque han obtenido una puntuación significativa) y las añade a las anteriores. Vuelve a construir el perfil e inicia una nueva ronda de búsqueda en la BD. (Este es el mecanismo iterativo) Secuencias que ya están en el perfil Nueva secuencia (encontrada al buscar con el nuevo perfil) Selecciona la nueva secuencia, que se va a usar para hacer un nuevo perfil Nueva ronda de PSI-BLAST PSI-BLAST: manual de instrucciones (6)

PSI-BLAST: manual de instrucciones (7) 6.- PSI-BLAST se detiene cuando ya no encuentra nuevas secuencias que añadir al perfil o cuando ha realizado el número determinado de iteraciones marcadas por el usuario (normalmente, entre 3 y 5) No se han encontrado secuencias nuevas que añadir al perfil. Puedo dar el proceso por terminado. PSI-BLAST: manual de instrucciones (7)

PSI-BLAST: manual de instrucciones (8) Otras opciones para ver los resultados Guardar los resultados (en varios formatos) Resultado final de la búsqueda (en forma gráfica) PSI-BLAST: manual de instrucciones (8)

Resultado final de la búsqueda (en forma de árbol de distancias) PSI-BLAST: manual de instrucciones (9)

Resultado final de la búsqueda (alineamiento múltiple de secuencias) PSI-BLAST: manual de instrucciones (10)

Puedes guardar los resultados de la búsqueda de diversas maneras PSI-BLAST: manual de instrucciones (11)