Http://www.uniprot.org/ The Universal Protein Resource: UniProtKB.

Presentación del tema: "Http://www.uniprot.org/ The Universal Protein Resource: UniProtKB."— Transcripción de la presentación:

1 The Universal Protein Resource: UniProtKB

2 El consorcio UniProtKB

3 Las bases de datos de UniProtKB

4 UniProtKB: http://www.uniprot.org/

5 Pincha aquí para entrar en UniProtKB
Pincha aquí para entrar en UniProtKB UniProtKB: Acceso desde ExPASy

6 Pincha en el logo para entrar en UniProtKB
Pincha en el logo para entrar en UniProtKB UniProtKB: Acceso desde PIR

7 Las anotaciones en UniProtKB

8 Las anotaciones en UniProtKB

9 Conexiones de UniProtKB con otras bases de datos

10 El crecimiento de UniProtKB/Swiss-Prot
La última versión ( ) contiene registros El crecimiento de UniProtKB/Swiss-Prot

11 Distribución taxonómica de las secuencias

12 Distribución de la longitud de las secuencias
La longitud media de la secuencias es de 453 aa La más corta tiene 2 aa La más larga tiene aa Distribución de la longitud de las secuencias

13 Composición de aminoácidos en las secuencias

14 El crecimiento de UniProtKB/TrEMBL
La última versión ( ) contiene registros El crecimiento de UniProtKB/TrEMBL

15 Búsquedas en UniProtKB
Otras aplicaciones Animación que te enseña a hacer búsquedas Aquí se escoge la base de datos que se quiere consultar Aquí se introduce el término que queremos buscar: dUTPase Inicio de la búsqueda Instrucciones básicas para empezar y diversas herramientas para el análisis de secuencias Búsquedas en UniProtKB

16 Opciones para hacer búsquedas de texto en UniProtKB

17 Resultados de la búsqueda en UniProtKB
6242 secuencias encontradas Búsqueda avanzada Esta búsqueda no ha sido muy productiva Voy a hacer una búsqueda avanzada Resultados de la búsqueda en UniProtKB

18 Búsquedas avanzadas en UniProtKB
Selecciona un operador lógico Inicio de la búsqueda Selecciona un campo con información adicional: organismo [OS] Introduce el término de búsqueda: Escherichia coli Búsquedas avanzadas en UniProtKB

19 Resultados de la búsqueda avanzada
213 secuencias encontradas Puedes agrupar los resultados según diversos criterios Te puedes descargar los resultados de la búsqueda Filtra los resultados para ver sólo los de UniProtKB/Swissprot (anotados manualmente) Pincha aquí para acceder al registro de UniProtKB Resultados de la búsqueda avanzada

20 Filtrado de los resultados de la búsqueda avanzada
36 secuencias almacenadas en UniProtKB/Swiss-Prot Pincha aquí para acceder al registro de UniProtKB Filtrado de los resultados de la búsqueda avanzada

21 Un registro de UniProtKB: P06968
Puedes visualizar el registro según diversos formatos: pincha en “text” Puedes poner la información del registro en el orden que quieras Salta directamente a los datos del registro que te interesan Un registro de UniProtKB: P06968

22 Un registro de UniProtKB en formato texto

23 Estructura de un registro de UniProtKB

24 Los registros de UniProtKB constan de 13 apartados
1.- Entry information 2.- Names and origin 3.- Protein attributes 4.- Alternative products 5.- Comments 6.- Ontologies 7.-Binary interactions 8.- Features 9.- Sequences 10.- Cross- references 11.- References 12.- Web resources 13.- Relevant documents Los registros de UniProtKB constan de 13 apartados No todos los registros contienen todos los apartados Secciones de un registro de UniProtKB

25 Secciones de un registro de UniProtKB (2)
1.- 2.- Secciones de un registro de UniProtKB (2)

26 Secciones de un registro de UniProtKB (3)
3.- 4.- Secciones de un registro de UniProtKB (3)

27 Secciones de un registro de UniProtKB (4)
5.- Secciones de un registro de UniProtKB (4)

28 Anotaciones incluidas en los Comentarios
Las anotaciones generales (comentarios) no dependen de la posición en la secuencia Anotaciones incluidas en los Comentarios

29 Secciones de un registro de UniProtKB (5)
6.- Secciones de un registro de UniProtKB (5)

30 Secciones de un registro de UniProtKB (6)
Pincha aquí para obtener la secuencia completa en formato FASTA 7.- 8.- Secciones de un registro de UniProtKB (6)

31 Secuencia de un registro de UniProtKB
Busca secuencias parecidas con BLAST secuencia completa en formato FASTA secuencia completa en código de una letra (60 aa por línea) Secuencia de un registro de UniProtKB

32 Anotaciones de las características
Las anotaciones específicas (características) dependen de la posición en la secuencia Anotaciones de las características

33 Secciones de un registro de UniProtKB (7)
Herramientas adicionales para analizar la secuencia: Blast, Prot Param, ProtScale, Compute pI/MW, ProtScale, Peptide Mass, Peptide Cutter 9.- Obtén la secuencia en formato FASTA Bases de datos con información relacionada con la secuencia 10.- Enlace que te lleva a la secuencia del gen en GenBank Enlaces que te llevan a la estructura 3D de la proteína en el PDB Secciones de un registro de UniProtKB (7)

34 Secciones de un registro de UniProtKB (8)
11.- Enlace que te permite ver el Abstract del artículo Enlace que te lleva al artículo en PubMed Secciones de un registro de UniProtKB (8)

35 Secciones de un registro de UniProtKB (9)
12.- 13.- Secciones de un registro de UniProtKB (9)