Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274.

Presentación del tema: "Bases de datos secundarias. Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274."— Transcripción de la presentación:

1 Bases de datos secundarias

2 Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 265-274

3 Bases de datos secundarias http://prosite.expasy.org/ Puedes descargarte la BD

4 Bases de datos secundarias Información almacenada en PROSITE

5 Bases de datos secundarias Información registrada en un Fichero.DAT - La información de un fichero DAT está organizada en campos definidos por las dos primeras letras de cada línea - Esta información es utilizada por los programas de ordenador que buscan regiones conservadas en una secuencia

6 Bases de datos secundarias Registro PROSITE. DAT con un patrón (en formato plano)

7 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con formato PROSITE

8 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (1)

9 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con formato Nice Site (2)

10 Bases de datos secundarias Los registros PROSITE.DOC

11 Bases de datos secundarias Estructura de un registro PROSITE.DOC (formato plano) 1.- Descripción de las características de la familia o dominio, junto con una lista de las proteínas que lo contienen 2.- La sección técnica describe el patrón o perfil conservado. 3.- Referencias bibliográficas Códigos ID

12 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC con formato PROSITE Referencias Parte técnica Descripción

13 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (1)

14 Bases de datos secundarias Puedes ir directamente a la parte del registro.DOC que te interesa El patrón Puedes ver el logo Registro PROSITE.DOC con formato Nice Site (2)

15 Bases de datos secundarias Logo del patrón almacenado en PROSITE

16 Bases de datos secundarias PROSITE también almacena perfiles

17 Bases de datos secundarias Construcción de perfiles

18 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (1)

19 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT que contiene un perfil en formato plano (2)

20 Bases de datos secundarias Penalizaciones aplicadas por defecto a la introduccion de inserciones o deleciones y a sus extensiones Región más tolerante a la presencia de indels Distintos estados M (match) e I (insertion) Puntuaciones específicas para cada posición Ejemplo de un perfil de PROSITE (PS50002)

21 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (1)

22 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato PROSITE (2)

23 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (1)

24 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DAT con un perfil, en formato Nice Site (2)

25 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC de un perfil Formato plano Formato PROSITE

26 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (1)

27 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (2)

28 Bases de datos secundarias Registro PROSITE.DOC de un perfil con formato Nice Site (3)

29 Bases de datos secundarias Las reglas de PRORULE permiten generar anotaciones de forma automática. PRORULE: Las reglas de PROSITE

30 Bases de datos secundarias Cómo utilizar PRORULE http://prosite.expasy.org/prorule.html Introduce aquí el código de acceso de la regla o una palabra clave Puedes ver los registros de PRORULE según diversos criterios

31 Bases de datos secundarias Fichero.DAT de una regla

32 Bases de datos secundarias Fichero de una regla en formato Nice Site

33 Bases de datos secundarias Puedes ver los registros de la BD según diversos criterios Acceso directo a un registro de la BD (introduciendo un código o una palabra clave) Acceso directo a un registro de PROSITE

34 Bases de datos secundarias Introduce aquí el nombre de un dominio: leucine zipper 1.- Búsqueda de un dominio por palabras clave

35 Bases de datos secundarias PROSITE: Resultado de la búsqueda Pincha aquí para acceder a la información sobre el dominio (el fichero.DOC)

36 Bases de datos secundarias El fichero.DOC contiene información sobre el dominio Pincha aquí para ver el patrón o el perfil (el fichero.DAT)

37 Bases de datos secundarias El fichero.DAT describe el perfil del dominio

38 Bases de datos secundarias http://prosite.expasy.org/scanprosite/

39 Bases de datos secundarias Introduce aquí una secuencia en formato FASTA (o un identificador válido) 1.- Búsqueda rápida

40 Bases de datos secundarias Resultado de la búsqueda (1)

41 Bases de datos secundarias Resultado de la búsqueda (2) Ha encontrado dos perfiles También ha encontrado dos patrones Pincha aquí para acceder a la documentación del perfil

42 Bases de datos secundarias Resultado de la búsqueda (3) Ha encontrado dos patrones Pincha aquí para acceder a la documentación del patrón

43 Bases de datos secundarias 2.- Búsqueda avanzada

44 Bases de datos secundarias Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 1 Option 1 - Submit PROTEIN sequences to scan them against the PROSITE collection of motifs

45 Bases de datos secundarias Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 2 Option 2 - Submit MOTIFS to scan them against a PROTEIN sequence database.

46 Bases de datos secundarias Scan Prosite (Búsqueda avanzada) – Opción 3 Option 3 - Submit PROTEIN sequences and MOTIFS to scan them against each other.

47 Bases de datos secundarias

48 Nucleic Acids Research 29 (2001): 202-204

49 Bases de datos secundarias Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (1998): 5865-5871

50 Bases de datos secundarias Puedes bajarte el software EMOTIF http://motif.stanford.edu/distributions/emotif/

51 Bases de datos secundarias Programas incluidos en el software EMOTIF