Presentación del tema: ""— Transcripción de la presentación:

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3 Para hacer un AMS con ClustalW2:
0.- Seleccionar las secuencias en formato FASTA 1.- Introducir las secuencias en el campo 2.- Seleccionar los parámetros del alineamiento por parejas 3.- Seleccionar los parámetros del alineamiento múltiple 4.- Indicar si quieres recibir los resultados por 5.- Go!! Cómo se hace un AMS con ClustalW2

4 1.- Introducir las secuencias
Pueden ser secuencias de DNA o de proteínas Corta/pega las secuencias aquí (de una en una). El límite son 500. Si ya tienes las secuencias seleccionadas en un único archivo, pincha aquí para cargarlo en el formulario. El tamaño máximo del archivo es 1 Mega 1.- Introducir las secuencias

5 2.- Selecciona parámetros del alineamiento por parejas
Selecciona la penalización por abrir un indel Selecciona la matriz de sustitución Selecciona la penalización por extender un indel 2.- Selecciona parámetros del alineamiento por parejas

6 3.- Selecciona parámetros del alineamiento múltiple

7 Indica si quieres recibir el resultado por e- mail
Go!! 4.- Indica si quieres los resultados por

8 Se está realizando el alineamiento

9 El alineamiento múltiple de secuencias
Puedes aplicar colores al AMS Puedes guardar el AMS para usarlo con otros programas El alineamiento múltiple de secuencias

10 Se pueden aplicar colores al alineamiento

11 Otros resultados

12 Resumen del alineamiento
Puedes utilizar JalView para ver o editar el AMS Resultado de los alineamientos por parejas Resumen del alineamiento

13 JalView

14 Árbol guía generado por ClustalW2 para hacer el AMS
Con el botón derecho del ratón se activa un menú que permite cambiar el aspecto del árbol guía. Árbol guía generado por ClustalW2 para hacer el AMS

15 Pincha aquí para hacer un nuevo AMS
Detalles del alineamiento