Ejercicios de bioinformática aplicaciones en proteínas

Función del agente desnaturalizante y el agente reductor

200 Proteínas.

Condición Normal Condición patológica ANÁLISIS DE IMÁGENES

MAPAS DE PROTEINAS EN 2D

-MAGVDKAMVTLSNGVKMPQFGLGVWQSPAGEVTENAVNWALCAGYRHIDTA -ALNTNSRYGPDPDEAQF -AIYKNEESVGAGLRASGVPREDVFITTKLWNTEQGYESTLAAFEESRQKLGVDYIDL YLIHWPRGKDILSKEGKKYLDSWRAFEQLYKEKKVRAIGVSNFHIHHLEDV -VSNFHIHHLEDVLAMCTVTPMVN -LAMCTVTPMVNQVELHPLNNQADLRAFCDAKQIKVEAWSPLGQGKLLSNPILSAIG AKYNKTAAQVILRWNIQKNLITIPKSVHRERIEENADIFDFELGAEDVMSID -ENAVNWALCAGYRHIDTAAIYKNEESVGAGLRA -IFDFELGAEDVMSIDALNTNSRY Ensamblaje de secuencias

Búsqueda de proteínas en Pubmed

Búsqueda de proteínas en (Protein data bank) Crystal structure of LipL32

>SEQUENCE GAFGGLPSLKSSFVLSEDTIPGTNETVKTLLPYGSVINYYGYVKPGQA PDGLVDGNKKAYYLYVWIPAVIAEMGVRMISPTGEIGEPGDGDLVSDA FKAATPEEKSMPHWFDTWIRVERMSAIMPDQIAKAAKAKPVQKLDD DDDGDDTYKEERHNKYNSLTRIKIPNPPKSFDDLKNIDTKKLLVRGLY RISFTTYKPGEVKGSFVASVGLLFPPGIPGVSPLIHSNPEELQKQAIAAE E Búsqueda de la estructura 3D de proteínas -Identifique la proteína en la base de datos -Descargue la estructura 3D -Cuantas hélices posee la proteína -Cuantas laminas posee la proteína -Cuantas uniones posee la proteína -Cual es la función biológica de la proteína

Identificación de un espectro de masas

Búsqueda de dominios estructurales

MANDFVHLNVHTEYSLLNNYNPIEKLIEKAKELNFKAMAITDYNNMYGVIDFYKRCKKNSIKPIIGCELT LSYSNNEFYNIILLAKNNLGYKNLCKLVSNLYVVENRNREFITFDELEKYSKNLILIVGSKRSFIRKCLY SEDILSAKNEILNFKSLFNREDLFLELNFHFEENDELMMNRYLEFANEVNIETVVTNDVHYLENTDFNLF KIARCISKGVLLSELKEDNFTQAEYFLKSEEEMLKIFSTLEDSMYNTKMIAQRCNVEFDFSTYHLPEYKV PDGVSTKEDYLHSLIIEGMKKRYENLTDEIKKRVNYEFSVINKMGFTDYFLIVWDFVNFAKKNKIPVGPG RGSGANSIVAYCLEITDIDPIEYDLIFERFLNPERVSMPDFDIDFCNERREEVIDYVIKKYGKNHVSQII TFGTMKPRAAVRDIGRVLGYKLSTVDKVAKLIPNNLDVTFKNALRDSLELKKLYDEDINIKKLINISEKF EKFHRHISIHAAGIVITKEELTEYIPLAKSGENIVTQFNMVELEELGLLKMDFLGLRTLTVIDDTIKLVK KNYNRDIDIEKISLNDKNVLNLFKTADTIGIFQFESTGMRLFLKDLKADNFDELVAANSLFRPGPMNQIP NYIKNKRNPSGIRYLDKRLEKYLKSTYGIIVYQEQVMQIARELAGYTWGQADNLRKAIGKKHMDIMEYNR KIFIYGLDNLDGSIKIKGCIRNGVDEKLAQNIFDLIVEFGNYAFNKSHSACYSLNAYRTAYLKYYYPLEY MVCLLNSVINYERQFFLYFQEIKRMGIKILLPSVNFSFYKISTENKCMRVGFSQIKGFNRLLAKDIIEAR KAGKFKNFKEFLERLKDSKNMNLISIENLIKSGAFDEIEKNRIEILNSCETLFTQIVSKSKNELSGQLSL ISSDFMQEKFVEYKNFSKDDTLEFEKDVLGFYISAHPLDSYKEYIKSKNSMKLIDLKVLDKGIYKVIVYV NSVKTRKSKKNKTLKIINVEDFSSSIELLNVKDLDINKGKIYEISVKVTVNSFGNTNFTIIDADEIYDIY IKKLYIKLDSLDYYTKKKLGEFSEKYNGENQVILYISSNHKTLKLENKFDLRNENLLVELEDNFGKDCFY Que dominios se encuentran en la siguiente secuencia -Cuantos y cuales dominios encuentra en la secuencia -En que tipo de proteínas se encuentran estos dominios -Cual es proceso biológico y función molecular de cada uno de esos dominios -Busque la estructura por homología en la base de datos Protein Databank -Modele su estructura en tres dimensiones -Cuantas estructuras secundarias encuentra -Según la estructura global que proteína podría ser -Cual es la posible función de esta proteína

Localización en las vías metabólicas

Visualice mediante la base de datos KEGG: - El modelo de infección de Leismania - El modelo de infección del virus Epstein-Barr -El proceso de biosíntesis de aminoácidos -El camino de señalización del TNF

METABOLOMA