Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Herramientas de búsqueda en bases de datos SRS y Entrez

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Contenido de la presentación La extracción de información SRS Inicio y búsqueda rápida Busquedas mejoradas Visualización de los resultados Enlaces a otras bases de datos

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Extracción de información La búsqueda y extracción de información de las BD se realiza con herramientas específicas como SRS o Entrez Suelen estar asociadas a los bancos de datos –NCBI : Entrez –EBI: SRS Evolucionan muy rápidamente pasando a incorporar las características que los diferenciaban en anteriores versiones: –La última versión de SRS incorpora un extenso acceso a PubMed como hacía la anterior de Entrez

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática SRS Sequence Retrieval System Es el sistema de recuperación de la información disponible en el EBI Dispone de muchas posibilidades por lo que se puede trabajar de formas diversas Haciendo click aquí se accede a tutoriales de distinto nivel en el EBIaquí

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Inicio de sesión Tras iniciar la sesión se accede a la página principal Top Page Desde esta pagina es posible… –Seleccionar la base de datos donde buscar Puede seleccionarse todo (“all”), uno o más bancos (“SWALL”, “EMBL”,…) o subconjuntos de estos (“TrEMBL”,…) –Realizar consultas sencillas (“Quick search”) mediante un solo término

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Inicio de SRS y búsqueda rápida:

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Búsqueda estándar Más completa Permite combinar campos y términos –Elegir “Standard Query” –Introducir términos de búsqueda –Seleccionar campos donde buscar –Combinar con AND / OR… –Seleccionar formato de salida En vez de la anterior se puede, p.ej. buscar –Description = “Prion” AND Organism = “Bovin” –Pasamos a obtener 10 resultados

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Busca estándar: Entrada

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Busca estándar: resultados

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Visualización de los resultados Haciendo doble clic sobre los resultados se accede a la información contenida en la BD de donde procede Es posible visualizar los resultados en distintos formatos Si, por ejemplo, deseamos proseguir con los análisis podemos obtener la secuencia en formato FASTA seleccionando FastaSeq en el menú View

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Resultados en formato FASTA

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Ejemplos de búsquedas estándar

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Ejemplos de búsquedas complejas

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Busqueda extendida Si se desea precisar aún más la búsqueda –Por un rango de fechas determinado –Por la longitud de la secuencia –… Puede realizarse mediante “Extended query” Por ejemplo se desea averiguar cuantas secuencias de tamaño superior a 200 AA se depositaron el año 2000?

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Búsquedas extendidas (1): Fechas

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Búsquedas extendidas (2): Tamaños

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Combinación de resultados En ocasiones puede ser conveniente combinar varias consultas –Por ejemplo si se desea utilizar operadores distintos entre las partes de la consulta (“A” y “B”) o (“C” y “D”) pero no “E” Puede hacerse seleccionando la página Results y en ella marcar –Las consultas que se desea combinar –Los operadores que se desea emplear

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Visualización de los resultados (2) Podemos variar la formas de visualizar los resultados mediante las vistas –La vista estándar muestra tan sólo un listado de los hallazgos –Podemos seleccionar que campos deseamos que aparezcan, de forma que accedamos más rápidamente a la información que nos interesa

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Análisis de los resultados El objetivo usual de realizar búsquedas es realizar algún tipo de análisis con las secuencias halladas Alunos análisis habituales pueden lanzarse directamente desde la pantalla de resultados –BlastN, NFASTA, Clustalw …

Alex Sánchez Introducción a la Bioinformática Enlaces a otras bases de datos Es posible enlazar varias bases de datos de forma que una vez efectuada una consulta, se acceda a la BD enlazada para visualizar los resultados de la consulta –Enlazando SWISSPROT con PDB es posible visualizar las estructuras moleculares de las proteínas que hemos hallado en una consulta Si buscamos “hydrogenase” en SWISSPROT hallamos 970 entradas Si enlazamos con PDB veremos que se dispone de la estructura 3D (en PDB) de 31 de las anteriores