© Copyright Ebiointel,SL 2006 Motores Sequence Retrieval System Motores de búsqueda.

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1 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Motores Sequence Retrieval System Motores de búsqueda

2 © Copyright Ebiointel,SL 2006 NCBI-GenBank Bases de datos Nucleotide Database DNA de GenBank, EMBL y DDBJ (+ Genome Sequence Data Base (GSDB) …..) Expressed Sequence Tagged (dbEST) Sequence Tagged Sites (dbSTS) Single Nucleotide Polymorphirms (dbSNP) Genome Survey Sequences Database (similar to dbEST but genomic in origin) Protein Database Traducción secuencias de DNA de GenBank, EMBL and DDBJ y proteínas de PIR, SWISSPROT, PRF, Protein Data Bank (PDB) Genome Database Genomas, comosomas, mapas genéticos, físicos,… Structure Database Datos cristalográficos experimentales de PDB PopSet Database Secuencias alineadas de poblaciones RefSeq Secuencias de referencia “curadas” Taxonomy Indexación secuencias por organismo

3 © Copyright Ebiointel,SL 2006 NCBI-GenBank

4 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Entrez 1 Entrada Entrez Nucleotide (GenBank)

5 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Entrez 2 Límites

6 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Entrez 2 Índice: permite visualizar las indexaciones

7 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Entrez 4 Organización indexación

8 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Entrez 5 acceso a la historia de la sesión facilita combinación de búsquedas History

9 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Entrez 6 Clipboard almacenamiento resultados

10 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Entrez 7 Búsquedas en Entrez Por defecto los términos se combinan con AND Operadores boolenaos AND, OR, NOT, frases (“ “), palabras truncadas (*) Autores: Gutierrez A Búsquedas por Unique Identifiers accession numbers (AC) GenBank/EMBL/DDBJ Una letra + 5 dígitos: U12345 Dos letras + 6 dígitos: AF123456 SwissProt/PIR Una letra + 5 dígitos: P12345 Combinación de búsquedas mediante History Refinamiento de las búsquedas mediante LIMITS

11 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Entrez 8 Mostrar resultados

12 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Entrez 9 Mostrar resultados en formato gráfico

13 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Entrez 10 Formato gráfico

14 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Exercici Entrez Ejercicio Acceder a Entrez Realizar una nueva búsqueda con Streptococcus pneumoniae Realizar de nuevo la búsqueda limitándola previamente a organismos mediante Limit to Realizar una búsqueda de todas las secuencias con la “frase” “ferric uptake” Mediante History, combinar las dos búsquedas anteriores Visualizar la secuencia en distintos formatos (gráficos) Acceder a los hipervínculos del documento Guardar la secuencia en formato FASTA

15 © Copyright Ebiointel,SL 2006 EBI-EMBL Sequence Retrieval System  Buscador relacional  Vínculos con otras bases de datos Programas ejecutables  Implementado en diferentes servidoresservidores  Sistema abierto (libre para instituciones públicas) Motor de búsqueda

16 © Copyright Ebiointel,SL 2006 EBI-EMBL Bases de datos en EBI

17 © Copyright Ebiointel,SL 2006 SRS 1 Búsquedas mediante SRS Opciones de búsqueda Quick Search (siempre usa el operador OR entre términos) Standard (formulario para realizar búsquedas combinadas) Extended (formulario para realizar búsquedas combinadas) Búsquedas lógicas Combinaciones AND, OR, BUTNOT  de términos  de búsquedas previas mediante Results  Operador * (aaa*/ aa*aa) SRS User Guide

18 © Copyright Ebiointel,SL 2006 SRS 2 Entrada SRS

19 © Copyright Ebiointel,SL 2006 SRS 3 Menú principal Selección base(s) datos y tipo de búsqueda

20 © Copyright Ebiointel,SL 2006 SRS 3 Standard Query Form

21 © Copyright Ebiointel,SL 2006 SRS 5

22 © Copyright Ebiointel,SL 2006 SRS 6 Tools Menu

23 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Exercici SRS Ejercicio Acceder a SRS Realizar una nueva búsqueda en Quick con Streptococcus pneumoniae Repetir la búsqueda en Standard Realizar de nuevo la búsqueda limitándola previamente a organismos mediante Organism Realizar una búsqueda de “ferric uptake” Mediante Results combinar las dos búsquedas anteriores Visualizar la secuencia en distintos formatos y compararla con la obtenida en GenBank Acceder a los hipervínculos del documento Realizar un mapa de restricción mediante Tools