Anotación Automática Dante Travisany. Temas Pipeline Tools Bases de Datos Conceptos Ejemplos Ensembl.

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Transcripción de la presentación:

Anotación Automática Dante Travisany

Temas Pipeline Tools Bases de Datos Conceptos Ejemplos Ensembl

Identificación del Problema Virus : 15 – 20 Bacteria Eucariontes: sobre los 10000

Pipeline Unix Símbolo: | Segmentación

Tools BLAST InterProScan AmiGO Pathway Tools Infernal Glimmer Critica GeneMark GeneWise BedTools Samtools GenomicTools KEGG-API

Base de Datos BLAST DB Protein -KEGG -PRIAM -SWISSPROT -UNIPROT -NR BLAST DB Nucleotide - NT - REFSEQ - RDP InterProScan - Databases -Pfam -SSF -Gene3D -TIGRfam

Nuevo Problema Gran cantidad de bases de datos. Errores en Anotación, doble anotación. Necesidad de Crear un vocabulario Controlado Gene Ontology, UniPROT, SwissPROT, InterProScan. Capacidad de realizar referencias cruzadas en las bases de datos.

Algunos Conceptos Importantes Gene Name Vocabulario Controlado IFAA

GeneName: Para cada Organismo existen gene names particulares, según la base de datos de Referencia. HUGO:

Gene Ontology Consortium Gene Ontology: Proyecto colaborativo entre variadas instituciones. Vocabulario: Estructurado Preciso Común Controlado Permite describir los roles de los genes y los productos génicos en cualquier organismo.

División Gene Ontology Proceso Biológico Función Molecular Componente Celular

COG - KOG

Idea Filtrar por bases de datos Generar una rutina automática capaz de iterar el proceso, para cada set de genes.

Tools & Databases

Resumen Hasta ahora, se han visto: NGS sequencing. Assembly. Gene Prediction. Annotation (Databases). Automatic Annotation

Caso Transcriptómica

Nannochloropsis salina transcriptomics

23 GenDB – Automatic Annotation System for Prokaryotic genomes Development for the University of Bielefeld since Modular system developed using an OOP and a relational database (O2DBI). Provide an Application program Interface (API).

24 GenDB Folker Meyer et all. GenDB an open source genome annotation system for prokaryote genomes. Nucleic Acids Research,2003

25 GenDB Pipeline 25

26 GenDB

Ensembl Inicio:1999 Objetivo: generar herramientas de anotación automática. Ensembl Pipeline. Website:

Galaxy Workflows, para NGS sequence, web based.