© Copyright Ebiointel,SL 2006 Recursos para el análisis de secuencias The Biocatalog.

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1 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Recursos para el análisis de secuencias The Biocatalog

2 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Puntos a tratar: El análisis bioinformático Recursos Bioinformáticos NAR -> Bases de datos -> Web Servers Catálogos de software Scripts perl, Java. Módulos para el análisis de secuencias: BioPerl, BioJava,... Paquetes de software Plataformas de análisis GenBank, EMBL-EBI, INB BioMoby Proyectos creación estándares de interoperabilidad Revistas y Sociedades de Bioinformática Formación y asesoramiento en Bioinformática Recursos para el análisis de secuencias

3 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Recursos para el análisis de secuencias El análisis bioinformático

4 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Recursos para el análisis de secuencias Ejemplos de análisis bioinformático Análisis de asociación entre SNPs y enfermedadesAnálisis de asociación entre SNPs y enfermedades Búsqueda de dianas farmacológicas Interpretación de DNA microarrays Análisis epidemiológicos y filogenéticos

5 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Software informático/bioinformático Informático: SO linux, Intérprete Perl Bioinformático: Aplicación BLAST Internet Las herramientas bioinformáticas Recursos para el análisis de secuencias

6 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Bases de datos Recursos para el análisis de secuencias Web Servers

7 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Directorios de Software en Biología molecular y genética Biocataloghttp://www.ebi.ac.uk/biocat/index. html DBcathttp://www.infobiogen.fr/services/ dbcat/ Software and Databases for Computational Biology on the Internet http://www.cs.jhu.edu/~salzberg/ appendixa.html Recursos para el análisis de secuencias

8 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Scripts y módulos de programación Recursos para el análisis de secuencias Ejemplo módulo análisis perl: http://ebiointel.uab.es/curso/script/traductor.htm Archivo secuencia Ejemplo script perl: http://ebiointel.uab.es/curso/ejemploperl.txt

9 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Scripts y módulos de programación Recursos para el análisis de secuencias Screen scraping

10 © Copyright Ebiointel,SL 2006 bioPerlhttp://www.bioperl.org/ bioJava.orgbioJava.org,http://biojava.org/ biopython.orgbiopython.org,http://biopython.org/ Biodas.org (distributed annotation system) http://biodas.org/ Recursos para el análisis de secuencias OPEN BIOINFORMATICS PROJECTS Otros proyectos: BioRuby, BioPipe, BioSQL OBDAOBDA ( Open Biological Database Access ), BioMOBYBioMOBY ( system for interoperability of biological data ) OBOOBO ( Ontologías biológicas )

11 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Recursos para el análisis de secuencias Bio* proyectos: tareas básicas Búsqueda de secuencias por similitud (varios tipos) Búsqueda de motivos funcionales SRS (‘Sequence Retrieval System’) Alineamiento múltiple de secuencias Mapas de restricción Predicción de estructuras bi- y tri- dimensionales Traducción y otros análisis de DNA Diseño de primers Análisis de ORFs Búsqueda de literatura Análisis filogenéticos Análisis de proteínas Ensamblaje de secuencias Localización de expresión Miscelánea

12 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Paquetes comerciales de Software GCG Wisconsin Package http://www.accelrys.com/products /gcg_wisconsin_package/ DNASTARhttp://www.dnastar.com/ Staden Package http://www.mrc- lmb.cam.ac.uk/pubseq/ Recursos para el análisis de secuencias

13 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Plataformas de análisis Recursos para el análisis de secuencias ClientesCapa de presentaciónCapa de objetos Fuentes de datos Arquitectura de una plataforma bioinformática

14 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Plataformas de análisis CELERAhttp://www.celera.com Grandes plataformas públicas EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/http://www.ebi.ac.uk/Tools/ NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.govhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov Instituto Nacional de Bioinformática http://www.inab.org/index.htm Recursos para el análisis de secuencias EMBOSShttp://www.emboss.org/ European Molecular Biology Open Software Suit

15 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Recursos para el análisis de secuencias Ejemplo de una plataforma bioinformática: mampol

16 © Copyright Ebiointel,SL 2006 DPDB: herramientas de análisis 1. SOFTWARE ESTÁNDAR PARA EL ANÁLISIS DE SECUENCIAS CLUSTALW Programa de alineamiento múltiple se secuencias. Funciona localmente en nuestro servidor. BLAST Herramienta de búsqueda de alineamientos locales. Funciona localmente en nuestro ordenador. Estan disponibles todas las bases de datos del servidor del NCBI, además de nuestra propia base de datos (DPDB). Salida en distintos formatos, también XML. JALVIEW Visualizador y editor de alineamientos múltiples de secuencias. Es un applet de Java, incorporado directamente en las herramientas de ClustalW y Diversidad Nucleotídica. 2. ESTIMACIÓN DE PARÁMETROS DE DIVERSIDAD GENÉTICA DIVERSIDAD NUCLEOTÍDI- CA Este es un módulo web que estima varias medidas de polimorfismo nucleotídico, y que permite realizar los análisis por el método del sliding window, obteniendo representaciones gráficas. El input son secuencias de DNA alineadas en formato FASTA. El resultado es una página web, guardada en el servidor durante 24 horas, donde los resultados se muestran en forma de texto y gráficos. 3. SOFTWARE PARA EL ANÁLISIS FILOGENÉTICO Recursos para el análisis de secuencias

17 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Recursos para el análisis de secuencias ACCESOINTEGRADO http://hgvbase.cgb.ki.se/ http://www.ncbi.nih.gov http://flybase.bio.indiana.edu http://www.expasy.ch/sprot/ http://www.tigr.org/tdb/tgi/ http://www.informatics.jax.org/ El sueño de la integración de la información biológica

18 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Internet y la interoperabilidad de datos Evolución de Internet Recursos para el análisis de secuencias Desarrollos de estándares en XML Programación Java, C#, Visual Basic, JScript, AJAX,.. Servicios de aplicaciones Web (Visual Studio.Net, Java JBoss, SAD, BioMOBY)

19 © Copyright Ebiointel,SL 2006 CORBA: Life Science Research Group of the CORBA- oriented Object Management Group Creación componentes intercambiables y estándares de interoperabilidad Recursos para el análisis de secuencias Proyecto: BioMoby: arquitectura para el descubrimiento distribuido de métodos y datos biológicos por medio de servicios web

20 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Sociedades Bioinformáticas Recursos para el análisis de secuencias The International Society for Computational Biology http://www.iscb.org/bioinf.shtml Otras sociedades EMBNet: European Molecular Biology NetworkEMBNet EMBL: European Molecular Biology LaboratoryEMBL EBI: European Bioinformatics InstituteEBI NCBI National Center for Biotechnology InformationNCBI NCGR National Center for Genome ResourcesNCGR Laboratory of Molecular Biology: Cambridge, UKLaboratory of Molecular Biology The Sanger Centre

21 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Revistas de Bioinformática o relacionadas Recursos para el análisis de secuencias BioinformaticsBioinformatics The Official Journal of ISCB; Comparative and Functional GenomicsComparative and Functional Genomics (Wiley's Genomics web site)Genomics Journal of Computational Biology Human Molecular Genetics Molecular Systems Biology Nucleic Acids Research OMICS: A Journal of Integrative Biology Briefings in Bioinformatics Briefings in Bioinformatics and Briefings in Functional Genomics & ProteomicsBriefings in Functional Genomics & Proteomics Bioinform Newsletter Biotechnology Software & Internet Journal BMC Bioinformatics Computers & Chemistry GenomeBiology Genome Research Henry Stewart Publications The Journal of Commercial Biotechnology Human Genome News IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics Journal of Biomedical Informatics Journal of Molecular Biology Journal of Molecular Modelling Nature Biotechnology Nature Genetics Nature Structural Biology Nucleic Acids Research Protein Engineering Protein Science Proteins: Structure, Function, and Genetics Science

22 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Bibliografía Recursos para el análisis de secuencias Más libros sobre bioinformática

23 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Formación en Bioinformática Recursos para el análisis de secuencias Proyecto EMBER (On line) http://www.ember.man.ac.uk/ NCBI Educationhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/Educ ation/ Nodo Formación INB Training Node Instituto Nacional de Bioinformática (INB)

24 © Copyright Ebiointel,SL 2006 Servicios y asesoramiento en Bioinformática Recursos para el análisis de secuencias BIOINFO-UAB: Plataforma de Recursos i Investigació en Bioinformàtica de la UAB BIOINFO-UAB: Plataforma de Recursos i Investigació en Bioinformàtica de la UAB Campus Instituts Hospitalaris Adscrits Fase 1 Estructura de la Plataforma Node HSCSP Sant Pau Node IHUVH Vall d’Hebron Node ISGTP Can Ruti Node UAB Campus UAB