Eines bioinformàtiques i estadístiques per a la investigació biomèdica Bioinformàtica bàsica: Bases de dades en Biología Molecular Israel Ortega i Alex Sánchez Unitat d’Estadística i Bioinformàtica 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Israel Ortega i Alex Sánchez We are drowning in information and starved for knowledge John Naisbitt Who on efficient work is bent, Must choose the fittest instrument. Goehthe (Fausto) 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Esquema de la presentación ¿Qué es la Bioinformática? Bases de datos en Biologia Molecular Tipos de bases de datos. Herramientas de consulta. Ejemplos. Búsqueda de homologías: BLAST Motivación. Alineamientos por parejas. BLAST 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez 3

¿Que es la Bioinformática? 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

El crecimiento explosivo de datos Hace ... Antes Ahora Nucleótidos 26 años (1982) 680338 pb (GenBank) > Miles de millones Proteínas 26 años 1500 300.000 DNA continuo 16 años 73 kb > 270 Mbases SNPs centenares 11 millones Genomas 11 años microorganismos 387 Organismos Expresión 10 años Limitado pocos genes Torrente de datos (microchips) 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Crecimiento de GenBank (1982-2000) 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Israel Ortega i Alex Sánchez La Bioinformática Nace al pairo del desarrollo de nuevas tecnologías y de su aplicación para la generación de grandes cantidades de datos. La disciplina científica que engloba todos los aspectos de la adquisición, procesamiento, distribución, análisis, interpretación e integración de la información biológica 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Bioinformatica e interdisciplinariedad Mathematics Statistics Computer Science Informatics Biology Molecular biology Medicine Chemistry Physics Bioinformatics 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Bioinformática, Biología y Biología Computacional 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Biología Computacional o Bioinformática Computational biology applies the techniques of computer science, applied mathematics and statistics to address biological problems. Bioinformatics is the application of information technology to the field of molecular biology. It's Biometry, st... 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Genómica y Bioinformática Los métodos computacionales se han convertido en algo intrínseco de la investigación biológica moderna, y su importancia sólo puede incrementar conforme aumenta la importacia de los métodos a gran escala de generación de datos, la complejidad de los datos y la sofisticación de nuestras preguntas Francis S. Collins The future of genomics rests on the foundation of the Human Genome Project 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Los ámbitos de la Bioinformática 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Los ámbitos de la Bioinformática Organización de la información Bases y bancos de datos Algoritmos y herramientas de explotación Análisis e interpretación de resultados experimentales Secuenciación y análisis de genomas Genómica Comparatíva Transcriptómica y expresión génica Proteómica, redes de interacción PPI Modelos de Sistemas Biológicos 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Organización de la información 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Análisis e interpretación A G A G T T C T G C T C G A G G G T T A T G C G C G 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Modelizacion de sistemas biologicos 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Bioinformática Integrativa 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez 17 17

En resumen … Recursos y herramientas bioinformáticos Datos Conocimiento Como quiera que se defina, desde donde quiera que se mire, el papel de la Bioinformática ha sido, es y será crucial para el avance de la Biología y la Medicina del siglo XXI 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Que es la bioinformatica 2 – Entorno, formación, actividades de l@s bioinformatic@s 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Que sabe un@ bioinformatic@? Debe tener “sólidos conocimientos” en Alguna disciplina biológica Bioquímica, Genética,… Entornos de desarrollo informáticos SO [Linux], Lenguajes[Perl, Java, R], Bases de datos [SQL], Desarrollo web [PHP, ASP, Ajax…] Alguna disciplina cuantitativa [Matemáticas, Estadística, Física] Al menos dos de las tres anteriores!! 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Que hace un@ bioinformatic@? Gestión de la información Implementación y explotación de bases de dados locales o en internet. Instalación, mantenimiento de servidores web. Desarrollo de aplicaciones Elaboración de programas locales o web, Explotacion y analisis de datos Microarrays, datos de alto rendimiento 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Donde se hace Bioinformatica Centros Especializados EBI, NCBI, EMBL. INB / Plataforma Bioinformatica de la UAB. Servicios Bioinformáticos de centros de investigación, UEB, UBB, BU Universidades, Laboratorios Farmacéuticos, … 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Como se hace Bioinformatica Usualmente, aunque no necesariamente la BIF tiene vocación “universal”, de acceder al máximo de usuarios: Suele buscarse soluciones WEB Suele basarse en proyectos [más o menos] open source de distribución libre. Esto no es del todo general Por ejempl Ingenuity Pathway Analysis no es gratis pero es bueno. 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez

Israel Ortega i Alex Sánchez Para saber más: Existen multitud de recursos gratuitos 2can en el EBI Tutoriales del NCBI Cursos “locales” Introducción a la Bioinformatica (A. Sanchez UEB/UB) Invitacio a la Bioinformatica (Plataforma BIF UAB) Una gran variedad de libros sobre el tema List of books on bioinformatics Revistas y sociedades científicas Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics International Society for Computational Biology 17/11/2018 Israel Ortega i Alex Sánchez