Bases de Datos Estructurales RCSB PDB PDBe PDBj wwPDB BMRB (NMR) Primarias Structure (NCBI) Protein Data Bank of Transmembrane Proteins Especializadas Membrane Protein Data Bank Membrane Proteins of known 3D structure Bases de Datos estructurales Orientations of Proteins in Membranes CATH NDB EC-PDB ReliBase Secundarias SCOP SCOP2 SUPERFAMILY PDB Sum BMCD Otras EMDataBank Structural Biology KnowledegeBase Proteopedia Bases de Datos Estructurales

The Worlwide PDB (wwPDB)

Miembros del wwPDB https://pdbj.org/ http://www.bmrb.wisc.edu/ http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do http://www.ebi.ac.uk/pdbe/ https://pdbj.org/ http://www.bmrb.wisc.edu/ Miembros del wwPDB

http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do RCSB PDB

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/ PDBe

https://pdbj.org/ PDBj

Biological Magnetic Resonance Data Bank (BMRB) http://www.bmrb.wisc.edu/ Biological Magnetic Resonance Data Bank (BMRB)

Introduce una palabra clave http://www.ncbi.nlm.nih.gov/structure Introduce una palabra clave Structure (NCBI)

Pincha aquí para acceder al archivo Resultados de la búsqueda en Structure (NCBI)

Un registro de Structure (NCBI)

PDBTM: banco de datos de proteínas transmembrana http://pdbtm.enzim.hu/ PDBTM: banco de datos de proteínas transmembrana

Membrane proteins of known 3D structure http://blanco.biomol.uci.edu/mpstruc/ Membrane proteins of known 3D structure

MPDB: Banco de datos de proteínas de membrana http://www.mpdb.tcd.ie/ MPDB: Banco de datos de proteínas de membrana

OPM: Orientation of proteins in membranes

EC→PDB (Solo incluye enzimas) http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/enzymes/ EC→PDB (Solo incluye enzimas)

Hay que registrarse para acceder a la BD http://relibase.ccdc.cam.ac.uk Hay que registrarse para acceder a la BD Relibase: BD de interacciones proteína-ligando

NDB (Nucleic Acid Database) http://ndbserver.rutgers.edu/ NDB (Nucleic Acid Database)

http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ SCOP

Contenido de SCOP (Versión 1.75)

http://scop2.mrc-lmb.cam.ac.uk/ SCOP2

http://www.cathdb.info/ CATH / Gene3D

Niveles jerárquicos en CATH

Sistema de numeración en CATH

http://supfam.cs.bris.ac.uk/SUPERFAMILY/ SUPERFAMILY

PDBsum: Un vistazo rápido a los contenidos del PDB http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=index.html Introduce un código del pDB Introduce una palabra clave Introduce una secuencia PDBsum: Un vistazo rápido a los contenidos del PDB

Ejemplo de un registro de PDBsum (4TSY) Información almacenada en el registro Ejemplo de un registro de PDBsum (4TSY)

BMCD: Biological Macromolecule Crystallization Database http://bmcd.ibbr.umd.edu/ BMCD: Biological Macromolecule Crystallization Database

EMDataBank

http://proteopedia.org/wiki/index.php/Main_Page Proteopedia

SBKB: Structural Biology Knowledgebase http://sbkb.org/ SBKB: Structural Biology Knowledgebase

DSSP: Calcula estructuras secundarias http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/ DSSP: Calcula estructuras secundarias

PDBePISA: Calcula estructuras cuaternarias http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html PDBePISA: Calcula estructuras cuaternarias

PDBeFold: compara estructuras 3D de proteínas http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/ssm/cgi-bin/ssmserver PDBeFold: compara estructuras 3D de proteínas

DALI: compara estructuras 3D de proteínas http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali DALI: compara estructuras 3D de proteínas

DALI: compara estructuras 3D de proteínas http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/ DALI: compara estructuras 3D de proteínas

ClusPro: calcula interacciones proteína-proteína http://cluspro.bu.edu/home.php ClusPro: calcula interacciones proteína-proteína