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Publicada porSantiago Oquendo Modificado hace 9 años
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Estructura de Proteinas Antonio Flores Giancarlo Alvarez 12 de setiembre de 2008
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R 1 H 2 N CH C OH O H R 2 H N CH COOH + H2OH2O R 1 H 2 N CH C O H R 2 N CH COOH dipéptido
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El oxígeno carbonílico (C=O) tiene una carga parcial negativa El nitrógeno amídico (NH) tiene una carga parcial positiva → se establece pequeño dipolo eléctrico Enlace peptídico tiene naturaleza parcial de enlace doble, → es menos flexible que un covalente simple convencional Todos los enlaces peptídicos en proteínas ocurren en trans
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C-N = 1.46 A C-O = 1.20 A http://www.johnkyrk.com/aminoacid.html Enlace Peptidico y angulos Phy y psi http://science.nhmccd.edu/biol/bio1int.htm
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Elevación por residuo : 1.5 Å Ideal phi = -60°, psi = -45° Puente de H: entre C=O y N-H Alpha Helice
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Otras Helices
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Hojas Beta
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Menos estable que antiparalela se necesitan mas hojas
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Prolina y Glicina prevalecen en vueltas beta Vueltas Beta
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y = 0 2 enlaces peptídicos flanqueando C están en el mismo plano Impedimentos estericos
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Plot de Ramachandran
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ESTRUCTURA TERCIARIA Estructura global tridimensional de una cadena polipeptidica. Las cadenas laterales de los aminoácidos son fundamentales en la formación de la estructura definitiva. El plegamiento de una proteína va a depender de su estructura primaria.
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ESTRUCTURA TERCIARIA Es vital que la proteína siempre se plegue de una misma manera. Las interacciones débiles son muy importantes Motifs: Arreglos estables de varias estructuras secundarias. No son necesariamente independientes. Son importantes en la función. Se encuentran en distintas proteínas. Domains: Secciones de proteína independientes. Capaces de mantener estructura y función aun separadas de la proteína.
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MOTIFS
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DOMAINS
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INTERACCIONES MOLECULARES
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MODIFICACIONES EN PROTEINAS
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EVOLUCION DE LAS PROTEINAS Hay un numero limitado de folds. Evolución Divergente de la función de una proteína. Evolución Convergente de la estructura de una proteína. No son excluyentes.
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CLASIFICACION BIOQUIMICA
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Christine Orengo, Janet Thornton 1. Class: the overall secondary- structure content of the domain 2. Architecture: a large-scale grouping of topologies which share particular structural features 3. Topology: high structural similarity but no evidence of homology. Equivalent to a fold in SCOP 4. Homologous superfamily: indicative of a demonstrable evolutionary relationship. Equivalent to the superfamily level of SCOP. Alexei G. Murzin class - general "structural architecture" of the domain fold - similar arrangement of regular secondary structures but without evidence of evolutionary relatedness superfamily - sufficient structural and functional similarity to infer a divergent evolutionary relationship but not necessarily detectable sequence homology family - some sequence similarity can be detected
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Estructura Cuaternaria
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