Briefings in Bioinformatics 3 (2002):

Presentación del tema: "Briefings in Bioinformatics 3 (2002):"— Transcripción de la presentación:

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2 Briefings in Bioinformatics 3 (2002): 252-263

3 Database, Vol. 2012, Article ID bas019, doi:10.1093/database/bas019

4 Generación y refinado de las huellas dactilares
A fingerprinting overview Generación y refinado de las huellas dactilares

5 PRINTS: Una base de datos de huellas dactilares
PRINTS: Una base de datos de huellas dactilares

6 SPRINT busca en la BD relacional PRINTS-S
SPRINT busca en la BD PRINTS-S, que una BD relacional con los mismos contenidos que PRINTS SPRINT busca en la BD relacional PRINTS-S

7 Pincha aquí para ir directamente a los registros de PRINTS a partir de su código, de palabras claves, etc. La herramienta FPScan: se introduce una secuencia problema para ver si contiene alguna huella dactilar almacenada en PRINTS. La herramienta GRAPHScan: se introduce una secuencia problema y el código de una huella dactilar para ver si está presente. Búsquedas en PRINTS

8 Búsquedas en PRINTS (modo texto)
He introducido el término de búsqueda: dagpe Búsquedas en PRINTS (modo texto)

9 Resultado de la búsqueda en PRINTS
Pincha aquí para ver el alineamiento Pincha aquí para ver el registro correspondiente a esta huella dactilar Resultado de la búsqueda en PRINTS

10 AMS a partir del cual se ha obtenido la huella dactilar

11 Estructura de un registro de PRINTS (1)

12 Estructura de un registro de PRINTS (2)
1.- Información general Estructura de un registro de PRINTS (2)

13 3.- Índices de discriminación Ejemplo de un registro de PRINTS (3)
2.- Resumen Ejemplo de un registro de PRINTS (3)

14 Estructura de un registro de PRINTS (4)
4.- Verdaderos positivos, falsos positivos, subfamilias Estructura de un registro de PRINTS (4)

15 Estructura de un registro de PRINTS (5)
5.- Denominación de cada proteína Estructura de un registro de PRINTS (5)

16 Estructura de un registro de PRINTS (6)
6.- Historial de la huella dactilar Estructura de un registro de PRINTS (6)

17 Estructura de un registro de PRINTS (7)
7.- Los motivos utilizados en un principio para generar la huella dactilar y las secuencias utilizadas Separación entre dos motivos adyacentes Nombre del motivo, longitud y posición en la huella dactilar Ubicación del motivo, en la secuencia proteica Estructura de un registro de PRINTS (7)

18 Estructura de un registro de PRINTS (8)
Número de iteraciones realizadas hasta obtener el conjunto final de secuencias. 8.- Los motivos que, finalmente, se han utilizado para generar la huella dactilar junto con las secuencias utilizadas Estructura de un registro de PRINTS (8)

19 FPScan localiza huellas dactilares en una secuencia proteica
Introduce el código de una proteína o una secuencia cruda (formato FASTA sin la primera línea) La herramienta FPScan

20 Resultados de la búsqueda
Huellas dactilares que alcanzan la máxima puntuación Pincha aquí para ver el resultado en forma gráfica Las 10 huellas dactilares que alcanzan la máxima puntuación Resultados de la búsqueda

21 El tercer mejor resultado FingerPRINTScan: Resultados en forma gráfica
El mejor resultado El tercer mejor resultado FingerPRINTScan: Resultados en forma gráfica

22 Los 10 mejores resultados de la búsqueda
Las 10 huellas dactilares que alcanzan la máxima puntuación Pincha aquí para ver el resultado en forma gráfica I: Motivo muy parecido i: Motivo con cierto parecido Los 10 mejores resultados de la búsqueda

23 FingerPRINTScan: Gráficos del mejor resultado
La proteína UR2R_HUMAN presenta los 9 motivos de la huella dactilar UROTENSIN2R FingerPRINTScan: Gráficos del mejor resultado

24 FingerPRINTScan: Gráfico del tercer mejor resultado
La proteína UR2R_HUMAN presenta 4 de los 5 motivos de la huella dactilar P2YPURNOCPTR FingerPRINTScan: Gráfico del tercer mejor resultado

25 Resultado detallado de la búsqueda
Secuencia, longitud y posición de cada motivo Las 10 huellas dactilares que alcanzan la máxima puntuación, con los detalles de cada motivo encontrado Secuencia problema en formato FASTA Resultado detallado de la búsqueda

26 La herramienta GRAPHScan
2.- Introduce el código de una huella dactilar para ver si está presente en esa proteína 1.- Introduce el código de una proteína o una secuencia cruda (formato FASTA sin la primera línea) La herramienta GRAPHScan

27 Resultados de GRAPHScan (1)
La proteína UR2R_HUMAN contiene la huella dactilar UROTENSIN2R La proteína UR2R_HUMAN NO contiene la huella dactilar SOMATOSTATNR2r Resultados de GRAPHScan (1)

28 Resultados de GRAPHScan (2)
La proteína PRIO_HUMAN contiene la huella dactilar PRION La proteína PRIO_CHICK contiene parte de la huella dactilar PRION Sólo se conservan 4 de los 8 motivos, pero como se encuentran en el mismo orden y a la distancia correcta, el resultado se considera positivo Resultados de GRAPHScan (2)

29 Se puede utilizar BLAST para buscar en PRINTS
1.- Introduce el código de una secuencia (proteína o ADN) Se puede utilizar BLAST para buscar en PRINTS

30 Resultados de BLAST

31

32 Nucleic Acids Research 1996, 24:197-200

33 A veces, es mejor ponderar

34 Bloques = Patrones ponderados

35 Búsquedas con bloques

36 La BD BLOCKS http://blocks.fhcrc.org/blocks/
Pincha aquí para acceder a la información sobre un bloque utilizando palabras clave o un código Introduce una secuencia para ver si tiene algún bloque Herramienta para construir bloques La BD BLOCKS

37 La versión final de BLOCKS es la 14.3
Version 14.3 of the BLOCKS Database (April of 2007) consists of blocks representing groups La versión final de BLOCKS es la 14.3

38 Búsquedas en BLOCKS

39 Búsquedas en BLOCKS mediante palabras clave

40 Resultados de la búsqueda en BLOCKS
Pincha aquí para acceder a la información del bloque Los bloques que empiezan por PR ya no contienen información Resultados de la búsqueda en BLOCKS

41 Formato de un registro en BLOCKS

42 Esta familia de proteínas se caracteriza mediante 9 bloques
Registro de BLOCKS

43 Los 9 bloques que definen la familia
Información de cada bloque por separado Lugar exacto de la proteína donde comienza el bloque Proteínas que contienen ese bloque Los 9 bloques que definen la familia

44 Más información almacenada en un registro de BLOCKS
Mapas Árbol Logos Más información almacenada en un registro de BLOCKS

45 Pincha aquí para acceder a la herramienta Block Searcher
Las herramientas de BLOCKS

46 La herramienta Block Searcher
Introduce aquí una secuencia de ADN o de proteína para determinar qué bloques presenta y a qué familia puede pertenecer La herramienta Block Searcher

47 Resultados de la búsqueda con Block Searcher (1)

48 Resultados de la búsqueda con Block Searcher (2)
Hay 9 posibles familias a las que puede pertenecer Contiene 8 de los 9 bloques característicos de la familia IPB000670 Detalles de cada bloque por separado Resultados de la búsqueda con Block Searcher (2)

49 La herramienta Block Maker
Introduce un mínimo de tres secuencias de proteínas. La herramienta Block Maker

50 Resultados de Block Maker (1)

51 Resultados de Block Maker (2)