En tiempos del obispo Pedro de Peñaranda( ) se edificó el nuevo claustro gótico de la Catedral, siendo por tanto la parte más antigua del complejo arquitectónico actual, cuyos restos son hoy visitables en el Museo Catedralicio. Para construir el claustro tuvo que ser derruida una parte de la antigua mezquita, cuyos cimientos también se conservan en este museo.
Sin embargo, el templo vivió puntuales reformas y añadidos; siendo los más importantes la Capilla de los Vélez (finales del siglo XV, principios del XVI), la torre-campanario (siglos XVI y XVIII), la capilla de Junterón (siglo XVI), la puerta de las Cadenas (siglos XVI y XVIII) y la nueva fachada principal o imafronte (siglo XVIII), lo que hace que posea estilos artísticos variados, aunque en su interior es totalmente gótica exceptuando algunas capillas.
En la Capilla Mayor, en la parte derecha del altar, se encuentra la urna sepulcral que contiene el corazón y las entrañas de Alfonso X el Sabio, provenientes de la capilla del Alcázar Mayor murciano, (donde el monarca indicó en su testamento que debía ser enterrado). En 1525, por petición del concejo de la ciudad y por orden del emperador Carlos V, fueron trasladados a la Capilla Mayor de la Catedral. El emperador Carlos V prohibió que nadie fuera sepultado en la capilla donde se depositaron las entrañas, mediante una cédula emitida el día 11 de mayo de 1526.
Iniciada en 1463 por Diego Sánchez de Almazán, es de estilo gótico florido. Es la puerta que da acceso al transepto por el lado sur.
Pequeño y recogido acceso a la catedral por la girola, abierto junto a los pies de la torre y de cuya sencilla fachada destaca el elegante arco de medio punto que enmarca la puerta.
Fachada plateresca que cierra el transepto por su lado norte. Consta de dos cuerpos (el inferior del siglo XVI y el superior, reformado en el siglo XVIII).