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BLAST: Guía rápida BLAST. BLAST: Guía rápida

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Presentación del tema: "BLAST: Guía rápida BLAST. BLAST: Guía rápida"— Transcripción de la presentación:

1 BLAST: Guía rápida BLAST

2 BLAST: Guía rápida

3 BLAST: Guía rápida Diversas versiones de BLAST

4 BLAST: Guía rápida BLASTN Query sequence: Database: Typical uses: Nucleotide 1.- Mapping oligonucleotides, cDNA and PCR productos to a genome 2.- Screening repetitive elements 3.- Cross-species sequence exploration Nucleotide 4.- Annotation of genomic DNA 5.- Clustering sequence reads 6.- Vector clipping

5 BLAST: Guía rápida BLASTP Query sequence: Database: Typical uses: Protein 1.- Identifying common regions between proteins 2.- collecting related proteins for phylogenetic analysis Protein

6 BLAST: Guía rápida BLASTX Query sequence: Database: Typical uses: Nucleotide translated into protein ( 6) 1.- Finding protein-coding genes in genomic DNA 2.- Determining if a cDNA corresponds to a known protein Protein

7 BLAST: Guía rápida TBLASN Query sequence: Database: Typical uses: Nucleotide translated into protein ( 6) 1.- Identifying transcripts, potentially from multiple organisms, similar to a given protein 2.- Mapping a protein to genomic DNA Protein

8 BLAST: Guía rápida TBLASX Query sequence: Database: Typical uses: Nucleotide translated into protein ( 6) 1.- cross-species gene prediction, at the genome or transcript level 2.- Searching for genes missed by traditional methods or not yet in protein databases Nucleotide translated into protein ( 6)

9 BLAST: Guía rápida Página principal de BLAST

10 BLAST: Guía rápida ¿ Para qué sirve BLAST ? BLAST compara una secuencia problema (query sequence) con todas las secuencias de una base de datos para encontrar regiones de similitud local. Al mismo tiempo calcula la significancia estadística de cada resultado

11 BLAST: Guía rápida Basic Local Alignment Search Tool Es la herramienta de software más importante de la Bioinformática porque: 1.- La comparación de secuencias es una poderosa herramienta para obtener información a partir de secuencias desconocidas 2.- Es rápida 3.- Es fiable, tanto por la solidez de su análisis estadístico como por el grado de desarrollo del software 4.- Es flexible, permite comparar secuencias en múltiples escenarios 5.- Es una herramienta consolidada y de uso generalizado: cualquier persona con un ordenador conectado a Internet la puede utilizar Características de BLAST

12 BLAST: Guía rápida ¿ Cómo se hace una búsqueda con BLAST ? Para hacer una búsqueda con BLAST: 1.- Escoge el programa BLAST adecuado 2.- Introduce la secuencia problema 3.- Selecciona la base de datos 4.- Selecciona la versión del programa 5.- Selecciona los parámetros de búsqueda 6.- Inicia la búsqueda 7.- Analiza los resultados de la búsqueda

13 BLAST: Guía rápida 1.- Escoge el programa BLAST adecuado

14 BLAST: Guía rápida Formulario de búsqueda en BLAST

15 BLAST: Guía rápida 2.- Introduce la secuencia problema 1.- Teclea la secuencia completa 2.- Pega un fichero en formato FASTA 3.- Introduce el identificador de la secuencia Opciones

16 BLAST: Guía rápida 3.- Selecciona la base de datos Opciones 1.- Selecciona un organismo 2.- Introduce uno o varios términos para limitar la búsqueda Botones de ayuda Menú desplegable para seleccionar la base de datos donde se va a buscar

17 BLAST: Guía rápida 4.- Selecciona una versión del programa (blastp) 1.- blastp (protein-protein BLAST) 2.- PSI-BLAST 3.- PHI-BLAST Opciones

18 BLAST: Guía rápida 1.- megaBLAST 2.- discontiguous megaBLAST 3.- blastn Opciones 4.- Selecciona una versión del programa (blastn)

19 BLAST: Guía rápida 5.- Selecciona los parámetros de la búsqueda Utiliza los parámetros que aparecen por defecto La selección de los parámetros condiciona notablemente los resultados de la búsqueda

20 BLAST: Guía rápida 6.- Inicia la búsqueda

21 BLAST: Guía rápida La búsqueda se está realizando…

22 BLAST: Guía rápida Página con los resultados de la búsqueda Se puede cambiar el formato de presentación de los resultados

23 BLAST: Guía rápida Cambiar el formato de los resultados de la búsqueda

24 BLAST: Guía rápida La página con los resultados de BLAST contiene la siguiente información: La página de los resultados de BLAST 1.- El encabezamiento 2.- Gráficos: Alineamientos y árboles filogenéticos 3.- Listado de hallazgos (hits) 4.- Alineamientos detallados (todos) 5.- Pie de página (parámetros de búsqueda, estadísticas)

25 BLAST: Guía rápida 7.- Resultados de la búsqueda: el encabezamiento

26 BLAST: Guía rápida 7.- Resultados de la búsqueda: gráficos Alineamientos encontrados NOVEDADES

27 BLAST: Guía rápida 7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

28 BLAST: Guía rápida 7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

29 BLAST: Guía rápida 7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

30 BLAST: Guía rápida 7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

31 BLAST: Guía rápida 7.- Resultados de la búsqueda: estructuras relacionadas

32 BLAST: Guía rápida 7.- Resultados de la búsqueda: listado de hits Enlaces a la base de datos de proteínas Enlaces a bases de datos de estructuras 3D o de genes Ir al alineamiento

33 BLAST: Guía rápida 7.- Resultados de la búsqueda: alineamientos

34 BLAST: Guía rápida 7.- Resultados de la búsqueda: pie de página


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