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Protein Data Bank (PDB) Base de datos de estructuras 3D de proteínas: PDB www.rcsb.org/pdb/ - El Protein Data Bank (PDB) es una base de datos que recoge.

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1 Protein Data Bank (PDB) Base de datos de estructuras 3D de proteínas: PDB - El Protein Data Bank (PDB) es una base de datos que recoge las estructuras tridimensionales (determinadas experimentalmente) de macromoléculas biológicas.

2 Protein Data Bank (PDB) Página principal del Protein Data Bank Pincha aquí para acceder a datos estadísticos Pincha aquí para acceder a un tutorial narrado que explica cómo utilizar la base de datos

3 Protein Data Bank (PDB) Datos estadísticos del Protein Data Bank Pincha aquí

4 Protein Data Bank (PDB) - Más del 90% de las estructuras almacenadas en el PDB corresponden a proteínas Estructuras almacenadas en el PDB (Febrero de 2008)

5 Protein Data Bank (PDB) Estructuras almacenadas en el Protein Data Bank

6 Protein Data Bank (PDB) Búsquedas en el Protein Data Bank (PDB) Introduce aquí el término de búsqueda. Por ejemplo: equinatoxin Inicia la búsqueda

7 Protein Data Bank (PDB) Resultados de la búsqueda Pincha aquí para ver este registro de la base de datos NMR Difracción de Rayos-X

8 Protein Data Bank (PDB) Pinchando en cada pestaña se accede a distintos tipos de información Por defecto, aparece la información que resumen los parámetros estructurales Un registro del Protein Data Bank

9 Protein Data Bank (PDB) Parámetros estructurales (1) Los parámetros en color azul son datos primarios obtenidos experimentalmente Datos de los autores del trabajo y del artículo donde se ha publicado el trabajo

10 Protein Data Bank (PDB) Parámetros estructurales (2) Clasificación estructural de la proteína Función de la proteína Familia a la que pertenece la proteína Los parámetros en color azul son datos primarios obtenidos experimentalmente Los parámetros en color rojo son datos obtenidos tras analizar los datos primarios

11 Protein Data Bank (PDB) Un registro del Protein Data Bank PDB ID (Identificador) Pinchando aquí te puedes descargar el fichero pdb para visualizarlo después con RASMOL Ayuda Pinchando aquí se puede ver directamente el fichero pdb en 3D (necesitas tener el plug- in CHIME instalado en tu ordenador) Hay varias opciones para visualizar la molécula

12 Protein Data Bank (PDB) Estructura de un fichero pdb: encabezamiento

13 Protein Data Bank (PDB) Estructura de un fichero pdb: secuencia

14 Protein Data Bank (PDB) Estructura de un fichero pdb: estructura secundaria

15 Protein Data Bank (PDB) Estructura de un fichero pdb: coordenadas atómicas

16 Protein Data Bank (PDB) Estructura de un fichero pdb: conexiones - final

17 Protein Data Bank (PDB) Vista en 3D de la proteína (se requiere el plug-in CHIME)

18 Protein Data Bank (PDB) Propiedades biológicas y químicas de la proteína Propiedades biológicas y químicas

19 Protein Data Bank (PDB) Detalles experimentales sobre cómo se ha obtenido la estructura Detalles experimentales

20 Protein Data Bank (PDB) Detalles sobre la estructura primaria Secuencia en formato FASTA Enlace a la base de datos UNIPROT Estructura primaria y estructura secundaria

21 Protein Data Bank (PDB) Detalles sobre la geometría de la molécula

22 Protein Data Bank (PDB) Bibliografía Capítulo 11: Working with Protein 3D-structures


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