Base de datos de estructuras 3D de proteínas: PDB

Presentación del tema: "Base de datos de estructuras 3D de proteínas: PDB"— Transcripción de la presentación:

1 www.rcsb.org/pdb/ Base de datos de estructuras 3D de proteínas: PDB
- El Protein Data Bank (PDB) es una base de datos que recoge las estructuras tridimensionales (determinadas experimentalmente) de macromoléculas biológicas. Base de datos de estructuras 3D de proteínas: PDB

2 Pincha aquí para acceder a datos estadísticos
Pincha aquí para acceder a un tutorial narrado que explica cómo utilizar la base de datos Página principal del Protein Data Bank

3 Datos estadísticos del Protein Data Bank
Pincha aquí Pincha aquí Datos estadísticos del Protein Data Bank

4 - Más del 90% de las estructuras almacenadas en el PDB corresponden a proteínas
Estructuras almacenadas en el PDB (Febrero de 2008)

5 Estructuras almacenadas en el Protein Data Bank

6 Búsquedas en el Protein Data Bank (PDB)
Introduce aquí el término de búsqueda. Por ejemplo: equinatoxin Inicia la búsqueda Búsquedas en el Protein Data Bank (PDB)

7 Pincha aquí para ver este registro de la base de datos
NMR Pincha aquí para ver este registro de la base de datos Difracción de Rayos-X Resultados de la búsqueda

8 Pinchando en cada pestaña se accede a distintos tipos de información
Por defecto, aparece la información que resumen los parámetros estructurales Un registro del Protein Data Bank

9 Parámetros estructurales (1)
Datos de los autores del trabajo y del artículo donde se ha publicado el trabajo Los parámetros en color azul son datos primarios obtenidos experimentalmente Parámetros estructurales (1)

10 Parámetros estructurales (2)
Los parámetros en color azul son datos primarios obtenidos experimentalmente Clasificación estructural de la proteína Los parámetros en color rojo son datos obtenidos tras analizar los datos primarios Familia a la que pertenece la proteína Función de la proteína Parámetros estructurales (2)

11 PDB ID (Identificador) Hay varias opciones para visualizar la molécula
Ayuda Pinchando aquí se puede ver directamente el fichero pdb en 3D (necesitas tener el plug-in CHIME instalado en tu ordenador) PDB ID (Identificador) Pinchando aquí te puedes descargar el fichero pdb para visualizarlo después con RASMOL Hay varias opciones para visualizar la molécula Un registro del Protein Data Bank

12 Estructura de un fichero pdb: encabezamiento

13 Estructura de un fichero pdb: secuencia

14 Estructura de un fichero pdb: estructura secundaria

15 Estructura de un fichero pdb: coordenadas atómicas

16 Estructura de un fichero pdb: conexiones - final

17 Vista en 3D de la proteína (se requiere el plug-in CHIME)

18 Propiedades biológicas y químicas de la proteína

19 Detalles experimentales sobre cómo se ha obtenido la estructura

20 Detalles sobre la estructura primaria
Secuencia en formato FASTA Enlace a la base de datos UNIPROT Estructura primaria y estructura secundaria Detalles sobre la estructura primaria

21 Detalles sobre la geometría de la molécula

22 Capítulo 11: Working with Protein 3D-structures
Bibliografía