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Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST. Alineamiento múltiple de secuencias Resumen de cómo se utiliza PSI-BLAST.

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Presentación del tema: "Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST. Alineamiento múltiple de secuencias Resumen de cómo se utiliza PSI-BLAST."— Transcripción de la presentación:

1 Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST

2 Alineamiento múltiple de secuencias Resumen de cómo se utiliza PSI-BLAST

3 Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST: manual de instrucciones (1) 1.- Se va a la página de BLASTP, se introduce una proteína problema, se selecciona la base de datos (BD) y se marca la opción PSI-BLAST. Introduce la secuencia problema Selecciona la base de datos Selecciona PSI-BLAST

4 Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST: manual de instrucciones (2) Resultados de la búsqueda inicial (en forma gráfica) 2.- En primer lugar, PSI-BLAST utiliza BLAST (con huecos) para buscar en la BD las secuencias parecidas a la secuencia problema.

5 Alineamiento múltiple de secuencias Resultados de la búsqueda inicial (listado) PSI-BLAST: manual de instrucciones (3)

6 Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST: manual de instrucciones (4) 3.- A continuación, PSI-BLAST hace un AMS que incluye todas las secuencias cuyo parecido con la secuencia problema ha obtenido una puntuación estadísticamente significativa. Selecciona las secuencias que se van a usar para hacer el AMS y construir un perfil Nueva ronda de PSI-BLAST

7 Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST: manual de instrucciones (5) 4.- Este AMS se utiliza para construir un perfil, que se utilizará para volver a buscar en la BD otras secuencias que se ajusten a él. Selecciona las nuevas secuencias que se van a usar para hacer un nuevo perfil Nueva ronda de PSI-BLAST Nuevas secuencias (encontradas al buscar con el perfil) Secuencias que ya están en el perfil

8 Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST: manual de instrucciones (6) 5.- PSI-BLAST selecciona las nuevas secuencias que se ajustan al perfil (porque han obtenido una puntuación significativa) y las añade a las anteriores. Vuelve a construir el perfil e inicia una nueva ronda de búsqueda en la BD. (Este es el mecanismo iterativo) Selecciona la nueva secuencia, que se va a usar para hacer un nuevo perfil Nueva ronda de PSI-BLAST Nueva secuencia (encontrada al buscar con el nuevo perfil) Secuencias que ya están en el perfil

9 Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST: manual de instrucciones (7) 6.- PSI-BLAST se detiene cuando ya no encuentra nuevas secuencias que añadir al perfil o cuando ha realizado el número determinado de iteraciones marcadas por el usuario (normalmente, entre 3 y 5) No se han encontrado secuencias nuevas que añadir al perfil. Puedo dar el proceso por terminado.

10 Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST: manual de instrucciones (8) Resultado final de la búsqueda (en forma gráfica) Otras opciones para ver los resultados Guardar los resultados (en varios formatos)

11 Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST: manual de instrucciones (9) Resultado final de la búsqueda (en forma de árbol de distancias)

12 Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST: manual de instrucciones (10) Resultado final de la búsqueda (alineamiento múltiple de secuencias)

13 Alineamiento múltiple de secuencias PSI-BLAST: manual de instrucciones (11) Puedes guardar los resultados de la búsqueda de diversas maneras


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