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UniProtKB The Universal Protein Resource: UniProtKB

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Presentación del tema: "UniProtKB The Universal Protein Resource: UniProtKB"— Transcripción de la presentación:

1 UniProtKB The Universal Protein Resource: UniProtKB

2 UniProtKB El consorcio UniProtKB

3 UniProtKB Las bases de datos de UniProtKB

4 UniProtKB UniProtKB:

5 UniProtKB UniProtKB: Acceso desde ExPASy Pincha aquí para entrar en UniProtKB

6 UniProtKB UniProtKB: Acceso desde PIR Pincha en el logo para entrar en UniProtKB

7 UniProtKB Las anotaciones en UniProtKB

8 UniProtKB Las anotaciones en UniProtKB

9 UniProtKB Conexiones de UniProtKB con otras bases de datos

10 UniProtKB El crecimiento de UniProtKB/Swiss-Prot La última versión ( ) contiene registros

11 UniProtKB Distribución taxonómica de las secuencias

12 UniProtKB Distribución de la longitud de las secuencias La longitud media de la secuencias es de 453 aa La más corta tiene 2 aa La más larga tiene aa

13 UniProtKB Composición de aminoácidos en las secuencias

14 UniProtKB La última versión ( ) contiene registros El crecimiento de UniProtKB/TrEMBL

15 UniProtKB Búsquedas en UniProtKB Instrucciones básicas para empezar y diversas herramientas para el análisis de secuencias Animación que te enseña a hacer búsquedas Inicio de la búsqueda Aquí se escoge la base de datos que se quiere consultar Aquí se introduce el término que queremos buscar: dUTPase Otras aplicaciones

16 UniProtKB Opciones para hacer búsquedas de texto en UniProtKB

17 UniProtKB Resultados de la búsqueda en UniProtKB Esta búsqueda no ha sido muy productiva Voy a hacer una búsqueda avanzada 6242 secuencias encontradas Búsqueda avanzada

18 UniProtKB Búsquedas avanzadas en UniProtKB Inicio de la búsqueda Selecciona un operador lógico Selecciona un campo con información adicional: organismo [OS] Introduce el término de búsqueda: Escherichia coli

19 UniProtKB Resultados de la búsqueda avanzada 213 secuencias encontradas Filtra los resultados para ver sólo los de UniProtKB/Swissprot (anotados manualmente) Te puedes descargar los resultados de la búsqueda Puedes agrupar los resultados según diversos criterios Pincha aquí para acceder al registro de UniProtKB

20 UniProtKB 36 secuencias almacenadas en UniProtKB/Swiss-Prot Pincha aquí para acceder al registro de UniProtKB Filtrado de los resultados de la búsqueda avanzada

21 UniProtKB Un registro de UniProtKB: P06968 Puedes poner la información del registro en el orden que quieras Puedes visualizar el registro según diversos formatos: pincha en text Salta directamente a los datos del registro que te interesan

22 UniProtKB Un registro de UniProtKB en formato texto

23 UniProtKB Estructura de un registro de UniProtKB

24 UniProtKB 1.- Entry information 2.- Names and origin 3.- Protein attributes 4.- Alternative products 5.- Comments 6.- Ontologies 7.-Binary interactions 8.- Features 9.- Sequences 10.- Cross- references 11.- References 12.- Web resources 13.- Relevant documents Los registros de UniProtKB constan de 13 apartados Secciones de un registro de UniProtKB No todos los registros contienen todos los apartados

25 UniProtKB Secciones de un registro de UniProtKB (2)

26 UniProtKB Secciones de un registro de UniProtKB (3)

27 UniProtKB 5.- Secciones de un registro de UniProtKB (4)

28 UniProtKB Anotaciones incluidas en los Comentarios Las anotaciones generales (comentarios) no dependen de la posición en la secuencia

29 UniProtKB Secciones de un registro de UniProtKB (5) 6.-

30 UniProtKB Secciones de un registro de UniProtKB (6) Pincha aquí para obtener la secuencia completa en formato FASTA

31 UniProtKB secuencia completa en formato FASTA secuencia completa en código de una letra (60 aa por línea) Busca secuencias parecidas con BLAST Secuencia de un registro de UniProtKB

32 UniProtKB Anotaciones de las características Las anotaciones específicas (características) dependen de la posición en la secuencia

33 UniProtKB Secciones de un registro de UniProtKB (7) Enlace que te lleva a la secuencia del gen en GenBank Enlaces que te llevan a la estructura 3D de la proteína en el PDB Bases de datos con información relacionada con la secuencia Obtén la secuencia en formato FASTA Herramientas adicionales para analizar la secuencia: Blast, Prot Param, ProtScale, Compute pI/MW, ProtScale, Peptide Mass, Peptide Cutter

34 UniProtKB 11.- Secciones de un registro de UniProtKB (8) Enlace que te lleva al artículo en PubMed Enlace que te permite ver el Abstract del artículo

35 UniProtKB Secciones de un registro de UniProtKB (9)


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