Exportación de datos a GBIF: - Servicio de alojamiento de datos de la Unidad de Coordinación - El modelo Darwin Core y su evolución - Exportar datos desde.

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1 Exportación de datos a GBIF: - Servicio de alojamiento de datos de la Unidad de Coordinación - El modelo Darwin Core y su evolución - Exportar datos desde HERBAR Servicio de alojamiento Darwin Core Servicio de alojamiento Darwin Core Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES http://www.gbif.es lusa@gbif.es http://www.gbif.es lusa@gbif.eshttp://www.gbif.eslusa@gbif.eshttp://www.gbif.eslusa@gbif.es------------------------------------------------------------ Taller de Iniciación a Herbar 28-30 Noviembre y 1 Dic. 2005

2 Servicio de Alojamiento. La Unidad de Coordinación proporciona: El software necesario (DiGIR) para integrar los datos en la red de GBIF y espacio en disco. Dos opciones de uso: a./-Instituciones con servidor de base de datos disponible (Oracle, MS-SQLServer, MySQL) y que no quieran/puedan instalar, configurar y mantener un servidor DiGIR Conexión de nuestro DiGIR a una vista/tabla de su base de datos. Conexión de nuestro DiGIR a una vista/tabla de su base de datos. b./-Instituciones sin servidor de base de datos (MS-Access). Espacio de disco en nuestros servidores para alojar la/s base/s de datos y conexión a nuestro DiGIR. Espacio de disco en nuestros servidores para alojar la/s base/s de datos y conexión a nuestro DiGIR. Esta segunda opción, es la utilizada por la mayoría de los proveedores de datos de este servicio. © GBIF.ES Unidad de Coordinación, 2005

3 Para poder utilizar esta infraestructura, los proveedores de datos han de estar registrados Para poder utilizar esta infraestructura, los proveedores de datos han de estar registrados La gestión y control de la base de datos, queda en manos del proveedor de datos. La gestión y control de la base de datos, queda en manos del proveedor de datos. La/s base/s de datos de cada proveedor tendrá/n entidad por sí misma/s, esto es, sus registros no serán en ningún caso anexados a otros ni serán usados para otro fin que el de responder a las peticiones de las consultas de la red de GBIF. Servicio de Alojamiento. © GBIF.ES Unidad de Coordinación, 2005

4 Servicio de Alojamiento. Características técnicas del servicio (caso de uso b.) Formato: la Unidad de Coordinación puede alojar archivos de bases de datos tanto en MS-Access (extensión de archivo.mdb) como en MySQL (extensión.frm/.MYD/.MYI). Formato: la Unidad de Coordinación puede alojar archivos de bases de datos tanto en MS-Access (extensión de archivo.mdb) como en MySQL (extensión.frm/.MYD/.MYI). Espacio en disco: cada Proveedor de datos podrá disponer de un directorio con un espacio máximo de 250 Mb. El tamaño de una base de datos depende del número de registros, pero a modo de ejemplo, unos 14.000 registros en MS-Access, ocupan aproximadamente 8.5 Mb. Espacio en disco: cada Proveedor de datos podrá disponer de un directorio con un espacio máximo de 250 Mb. El tamaño de una base de datos depende del número de registros, pero a modo de ejemplo, unos 14.000 registros en MS-Access, ocupan aproximadamente 8.5 Mb. Estándar de datos utilizado: cada colección constará de una única tabla formada por los campos definidos según las especificaciones de DarwinCore versión 2: Estándar de datos utilizado: cada colección constará de una única tabla formada por los campos definidos según las especificaciones de DarwinCore versión 2: DarwinCore versión 2 DarwinCore versión 2 © GBIF.ES Unidad de Coordinación, 2005

5 Servicio de Alojamiento. Proceso a llevar a cabo por parte del Proveedor de Datos Petición de solicitud de información a la Unidad de Coordinación http:/www.gbif.es/Servicios.php Recibo de e-mail con información acerca del servicio (subject: Información previa) http://www.gbif.es/Alojamiento/ Alta (aceptación del Acuerdo de Intercambio de Datos en la Red de GBIF)Acuerdo de Intercambio de Datos en la Red de GBIF Opción de uso a. (Institución con servidor de base de datos) Opción de uso b. (Institución sin servidor de base de datos) © GBIF.ES Unidad de Coordinación, 2005

6 Recibo de e-mail con: (subject: Solicitud datos de configuración) - Datos de la cuenta para ftp - Documento con instrucciones de instalación y configuración del programa cliente de ftp - Documento (formulario) a rellenar con datos de configuración necesarios Envio de e-mail a la Unidad de Coordinación con: - Documento (formulario) completado con los datos de configuración - Confirmación de la transferencia de la base de datos a nuestros servidores Integración de los datos alojados en el DiGIR de la Unidad de Coordinación en la red de GBIF - Preparación de tabla/vista DarwinCore2. - Envío a la Unidad de Coordinación de los datos del servidor necesarios para su conexión. -Conexión y configuración de DiGIR por parte de la Unidad de Coordinación. Servicio de Alojamiento. © GBIF.ES Unidad de Coordinación, 2005

7 Servicio de Alojamiento. © GBIF.ES Unidad de Coordinaión, 2005

8 Servicio de Alojamiento. Integración de las bases de datos alojadas en la red GBIF © GBIF.ES Unidad de Coordinación, 2005

9 Darwin Core 2 Para asegurar la interoperabilidad a la hora de consultar diferentes bases de datos de biodiversidad repartidas por todo el mundo es necesario tener una especificación para datos de colecciones y observaciones de campo. Darwin Core2 es un estándar utilizado para el intercambio de datos. Darwin Core2 es un estándar utilizado para el intercambio de datos. Esta formado por un conjunto de 48 elementos junto a sus definiciones Esta formado por un conjunto de 48 elementos junto a sus definiciones Utilizado para colecciones y observaciones Utilizado para colecciones y observaciones Permite que los datos sean estructurados como documentos XML y que Permite que los datos sean estructurados como documentos XML y que éstos puedan ser transmitidos a través de Internet Constituye el formato de intercambio utilizado por DiGIR Constituye el formato de intercambio utilizado por DiGIR Esquema: http://digir.net/schema/conceptual/darwin/2003/1.0/darwin2.xsd Esquema: http://digir.net/schema/conceptual/darwin/2003/1.0/darwin2.xsd http://digir.net/schema/conceptual/darwin/2003/1.0/darwin2.xsd Versión no oficial en castellano. Versión no oficial en castellano. Versión no oficial en castellano. Versión no oficial en castellano. © GBIF.ES Unidad de Coordinación, 2005

10 Darwin Core 2 DateLastModified * InstitutionCode * CollectionCode * CatalogNumber * ScientificName * BasisOfRecordKingdomPhylum ClassOrderFamilyGenus SpeciesSubspeciesScientificNameAuthorIdentifiedBy YearIdentifiedMonthIdentifiedDayIdentifiedTypeStatus CollectorNumberFieldNumberCollectorYearCollected MonthCollectedDayCollectedJulianDayTimeOfDay ContinentOceanCountryStateProvinceCounty LocalityLongitudeLatitudeCoordinatePrecision BoundingBoxMinimumElevationMaximumElevationMinimumDepth MaximumDepthSexPreparationTypeIndividualCount PreviousCatalogNumberRelationshipTypeRelatedCatalogItemNotes * Indica los campos obligatorios. DateLastModified : Fecha y hora de la última modificación del registro según la norma ISO 8601. Va a ser el dato utilizado por el motor de indexación del portal internacional. Cad vez que el portal indexa, se comprueba para cada registro si este dato ha sido modificado, en caso afirmativo lo reindexa de nuevo. © GBIF.ES Unidad de Coordinación, 2005