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Colaboradores. Distribuidores Colaborativos de Bases de Datos de Vertebrados.

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Presentación del tema: "Colaboradores. Distribuidores Colaborativos de Bases de Datos de Vertebrados."— Transcripción de la presentación:

1 Colaboradores

2 Distribuidores Colaborativos de Bases de Datos de Vertebrados

3 Localidades Georeferenciadas en Manis n = localidades (1.4 millones ejemplares) v = 14 localisades/hora (método radio/punto) t = 3 años (~40 georeferenciadores)

4 Extensión del Problema para las colecciones de História Natural

5 ~2.500 millones -registros

6 Extensión del Problema para las colecciones de História Natural ~2.500 millones de registros ~6 registros por localidad* ~14 localidades por hora* * basado en el Proyecto MaNIS

7 Extensión del Problema para las colecciones de História Natural ~2.500 millones de registros ~6 registros por localidad * ~14 localidades por hora* ~ años * basado en el Proyecto MaNIS

8 Automatización Colaboraciones

9 Guías para la georreferenciación

10 Guías para la georreferenciación BioGeomancer Guide to Georeferencing: Alicia Gómez Muñoz: Datos cartográficos: AGomez.pdf MaNIS/HerpNet/ORNIS Georeferencing Guidelines: Conabio: Biodiversitas nº 54: 54.pdf John Wieczorek, Qinghua Guo and Robert J.Hijmans. The point-radius method:

11 Automatización Combinando para una mejor Georreferenciación GeoLocate DIVA-GIS MaNIS Georeferencing Calculator BioGeomancer Classic

12 GEOLOCATE Programa de Georreferenciación automático. Bueno para intersecciones de ríos y carreteras. Inicialmente para Note América. Le puedes instalar una nueva base cartográfica de cualquier otro lugar del mundo. Una vez te da la coordenada, puedes moverla de sitio si crees saber una mejor posición.

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15 Principales Actividades: 1)Desarrollo de estandares para la biodiversidad

16 Principales Actividades: 1)Desarrolla estandares de datos espaciales para la biodiversidad 2)Agrupar los datos espaciales más relevantes

17 Principales Actividades : 1)Desarrolla estandares de datos espaciales para la biodiversidad 2)Agrupa los datos espaciales más relevantes 3 ) Crea herramientas para la automática georeferenciación, edición y validación

18 Herramientas de BioGeomancer Georreferenciación automática Edición Visual de la Georreferenciación Validación de la Georreferenciación Detección de valores atípicos

19 Herramientas de BioGeomancer Georreferenciación automática Edición Visual de la Georreferenciación Validación de la Georreferenciación Detección de valores atípicos

20 Herramientas de BioGeomancer : Georreferencing Automática Interpretación del texto Búsqueda del tipo de Topónimo Generación de Polígonos

21 Herramientas de BioGeomancer : Georreferencing Automática Interpretación del texto Búsqueda del tipo de topónimo Generación de Polígonos

22 Georeferencing Automática: Interpretación del texto Between Albuquerque and Moriarity Locality Type: BF (Between Features) Feature1: Albuquerque Feature2: Moriarity

23 Herramientas de BioGeomancer : Georreferencing Automática Interpretación del texto Búsqueda del tipo de topónimo Generación de polígonos

24 Georreferenciación Automática : Búsqueda de la forma

25 Herramientas de BioGeomancer : Georreferenciación Automática Interpretación del texto Búsqueda del tipo de topónimo Generación de la forma

26 Georreferenciación Automática : Shape Generation Bounding-boxPoint-radius Shape

27 Herramientas de BioGeomancer: Georreferenciación automática Edición Visual de la Georreferenciación Validación de la Georreferenciación Detección de valores atípicos

28 Herramientas de BioGeomancer : Edición Visual de la Georreferenciación

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30 Herramientas de BioGeomancer: Georreferenciación automática Edición Visual de la Georreferenciación Validación de la Georreferenciación Detección de valores atípicos

31 Herramientas de BioGeomancer : Validación de la Georreferenciación Elevación Geografía Distribución de las especies

32 Herramientas de BioGeomancer: Georreferenciación automática Edición Visual de la Georreferenciación Validación de la Georreferenciación Detección de valores atípicos

33 Herramientas de BioGeomancer : Detección de valores atípicos Elevación Medio ambiente Modelo de Distribución de Especies

34 Georreferenciando... La descripción de una localidad debe contener el mayor número de elementos geográficos que nos permita localizar con la mayor precisión posible el sitio de recolección.

35 Atomización de la localidad Un posible estándar podría ser: ESPAÑA. SEGOVIA: Basardilla, 2,5 Km. al SO por la Ctra. Sg-160, muy próximo al poblado de Don Toribio, en el cruce del puente sobre el río Pirón, 1470 m, País Provincia Municipio Localidad principal Distancia Dirección Vía de acceso Localidad de referencia Referencia complementaria Altitud Coordenadas Datum Incertidumbre

36 Más campos de la base de datos Otros datos que conviene añadir son: - Estado de verificación de las coordenadas. - Fuente de referencia utilizada en la georreferenciación. - Responsable de la georreferenciación. - Fecha en la que ha sido georreferenciada. - Notas. Es importante no perder la información original, sino añadir un nuevo registro con las coordenadas y los datos calculados. Esto nos permite enriquecer la base de datos y tener elementos de chequeo con la información original.

37 Pautas o modelos de error La Conabio clasifica los tipos errores en las bases de datos biológicas según estos criterios: Omisión l Información ausente l Información incompleta Tipográfico l Error de tipografía l Error de ortografía Contexto l Dato que no corresponde a la definición del campo Redundancia l Redundancia del dato en un celda Convención l Datos capturados sin utilizar convenciones establecidas ni estándares Uniformidad l Registros con datos sin uniformidad Congruencia l Más de un dato del mismo tipo capturado en una celda l Fechas imposibles l Números ilógicos. Colectores cuyo intervalo de colecta es mayor de 70 años.

38 Datos espaciales Muchas colecciones históricas de museos y herbarios tienen una información muy básica de la localidad, y constituye un gran esfuerzo convertir estas descripciones a coordenadas geográficas. Esto se hace más notable si tenemos en cuenta que: –los recolectores en general carecían de mapas detallados de la zona –que muchos nombres de localidades ya no están en uso. –no aparecen en los mapas actuales ni en los gaceteros publicados

39 Cómo, cuándo, donde? El año de recolección en las colecciones históricas permite conocer los cambios que han podido sufrir países (fronteras), ciudades (extensión), carreteras (cambios de trazado), cauces de río, etc. a lo largo del tiempo, importante a la hora de calcular incertidumbre de la localidad. Los historiadores han llevado a cabo recientes desarrollos de itinerarios de colectores según la información de la localidad y la fecha. Son muy útiles a la hora de detectar errores en otros registros de ese colector. Registrar la hora del día puede ser útil para futuros.estudios (fauna).

40 El manejar la información sobre la biodiversidad representa un reto enorme Número esperado de especies: 10 millones. –1.7 millones han sido descritas y nombradas. Número total de especímenes en las colecciones del mundo: 1-3 mil millones. –Sin contar un gran número que corresponden a especies aún no descritas nuevas especies se describen cada año. –El porcentaje no ha mejorado en los últimos 40 años. De a especies se extingen cada año –La tasa es 1000 veces más rápida comparada con la tasa natural.

41 Importancia de utilizar estándares Hacer los datos de biodiversidad (genes, especies y ecosistemas) universalmente disponibles para el desarrollo de la ciencia, la sociedad y el futuro sostenible. Evitar la duplicación de esfuerzo. No importa la plataforma tecnológica (SO y DB) que exista en la institución los estándares son aplicables. No dependencia de un proveedor. Más personal calificado disponible.

42 Límites tierra-mar: - Continentes - Islas, archipiélagos Límites administrativos: - Países - Autonomías - Provincias - Municipios - Distritos, barrios, etc. Calles, carreteras (dir. postales) Ríos, etc. Montañas, etc. Sistemas de coordenadas X,Y - Lat./Long. (grados decimales) - UTM (metros, …) - Etc. ¿Que?: Phylum, Species, Sex,... ¿Como?: BasisOfRecord, PreparationType ¿Quién?: Collector,... ¿Cuándo?: YearCollected,... ¿Donde?: ContinentOcean Country (País) StateProvince County (Municipio) Locality (¿referencia original?) Longitude Latitude CoordinatePrecision, BoundingBox MaximumElevation, MaxDepth,... Referencias geográficas Campos Darwin Core

43 El esquema Darwin Core 2 Darwin Core 2 es un simple conjunto de elementos que permite estructurar datos de registros de especimenes u observaciones para ser compartidos como un documento XML que puede ser trasmitido por Internet. –Apropiado para datos de colecciones y observaciones. –http://digir.net/schema/conceptual/darwin/2003/1.0/darwin2.xsdhttp://digir.net/schema/conceptual/darwin/2003/1.0/darwin2.xsd –48 Elementos: Fuente DateLastModified *InstitutionCode *CollectionCode *CatalogNumber * ScientificName *BasisOfRecordKingdomPhylum ClassOrderFamilyGenus SpeciesSubspeciesScientificNameAuthorIdentifiedBy YearIdentifiedMonthIdentifiedDayIdentifiedTypeStatus CollectorNumberFieldNumberCollectorYearCollected MonthCollectedDayCollectedJulianDayTimeOfDay ContinentOceanCountryStateProvinceCounty LocalityLongitudeLatitudeCoordinatePrecision BoundingBoxMinimumElevationMaximumElevationMinimumDepth MaximumDepthSexPreparationTypeIndividualCount PreviousCatalogNumberRelationshipTypeRelatedCatalogItemNotes

44 ABCD/BioCASE BioCASE (Biological Collection Access Service for Europe) –Proveer a los investigadores acceso unificado a los datos de colecciones biológicas. –El control de la información debe permanecer en manos de los custodios. –35 instituciones de 30 países de Europa e Israel están participando. –La mayoría de los miembros están desarrollando nodos nacionales. –www.biocase.org

45 ABCD vrs Darwin Core 2 ABCD y DwC2 son estándares complementarios. DwC2 posee un estructura plana de 48 elementos en cambio ABCD posee una estructura jerárquica que soporta campos de repetición y tipos de datos complejos así como texto en formato libre. El ABCD tiene más de 700 elementos. El proceso de desarrollo de un portal con ABCD es más complejo, Sin embargo se puede utilizar la cantidad mínima común de elementos de todos los proveedores (flexible). Existe un mapeo documentado entre los elementos de DwC y el esquema ABCD. En GBIF coexisten ambos de una forma integrada.


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