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GBIF Provisión de datos a GBIF Taller "Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

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1 GBIF Provisión de datos a GBIF Taller "Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia. Mayo de 2008 Silvia Lusa GBIF.ES, Unidad de Coordinación

2 GBIF 1.Glosario técnico para esta charla 2.Protocolos y estándares en GBIF. De dónde vienen Dónde se integran (arquitectura) Cuáles son 3.Integración tecnológica en los nodos. 4.Implementación en GBIF-España Provisión de datos a GBIF Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

3 GBIF Glosario técnico para esta charla Metadatos –Conjunto de datos que definen cada uno de los recursos publicados en la red de GBIF –Normalmente un recurso corresponde a una colección Estándar de datos –Perfil común de datos –Utilizado para intercambio –Darwin Core, ABCD, NCD, TCS Protocolo –Conjunto de reglas que van a permitir la comunicación y el transporte de datos en la red –Utilizan estándares de datos (son capaces de reconocerlos y manejarlos) –Implementados en software –DiGIR (DiGIR provider, DiGIR portal), Biocase (Pywraper), TAPIR (TapirLink, etc) Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

4 GBIF Protocolos y estándares en GBIF De dónde vienen GBIF adopta Estándares y Protocolos desarrollados por el Biodiversity Information Standards-TDWG TDWG (Taxonomic Databases Working Group) - Desarrolla y promueve el uso de estándares y protocolos - Objetivo: Interoperabilidad en el intercambio de datos + evitar duplicidad de esfuerzos -Evolución de estándares y protocolos: - adaptándose a las necesidades y nuevos retos que se plantean en el mundo de la biodiversidad -adaptándose y haciendo uso de las nuevas soluciones tecnológicas Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

5 GBIF Protocolos y estándares en GBIF Dónde se integran. Arquitectura GBIF

6 GBIF Estándares de datos en GBIF Perfiles de datos utilizados en GBIF: Darwin CoreDarwin Core 1.2 Darwin Core 1.4 MaNIS (original) MaNIS 1.21 Darwin Core 1.2 plus OBIS extension ABCDABCD 1.20 ABCD 1.48 ABCD 2.05 ABCD 2.06 Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

7 GBIF Diseñado para facilitar el intercambio de información de datos primarios de biodiversidad a través de internet The Species Analyst (Universidad de Kansas). Desde el 2004, TDWG Características: Para datos de colecciones y datos observacionales Mínimo común denominador. Recopila conceptos ampliamente utilizados por diferentes disciplinas que trabajan en biodiversidad Información en espacio y tiempo: El qué, el cuando y el dónde Simplicidad ( minimizando las barreras entre los proveedores de datos+maximizando la disponibilidad para los usuarios) Para intercambio, no para modelado de datos Versiones: Darwin Core Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

8 GBIF 48 elementos no jerarquizados XML Schema: Estructurados en: Identificación Preparación y Conservación Recolección y Notas El cuándo El dónde Darwin Core 1.2 DateLastModified *InstitutionCode *CollectionCode *CatalogNumber * ScientificName *BasisOfRecordKingdomPhylum ClassOrderFamilyGenus SpeciesSubspeciesScientificNameAuthorIdentifiedBy YearIdentifiedMonthIdentifiedDayIdentifiedTypeStatus CollectorNumberFieldNumberCollectorYearCollected MonthCollectedDayCollectedJulianDayTimeOfDay ContinentOceanCountryStateProvinceCounty LocalityLongitudeLatitudeCoordinatePrecision BoundingBoxMinimumElevationMaximumElevationMinimumDepth MaximumDepthSexPreparationTypeIndividualCount PreviousCatalogNumberRelationshipTypeRelatedCatalogItemNotes Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

9 GBIF Formado por un núcleo central de elementos y una serie de extensiones con información adicional (de una disciplina concreto, info extra) Core: (46 elementos) Elementos a nivel de registro Elementos taxonómicos Elementos de Identificación Elementos referentes a la localidad y localización Elementos referentes al evento de recolección Elementos biológicos Elementos de referencia: ImageURL, RelatedInformation Extension Curacional: Extensión Geoespacial: Extensión Paleontológica Extensión para interacciones entre organismos Extensión microbiológica Extensión Observacional /Monitorazación Darwin Core 1.4 Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

10 GBIF Protocolos de intercambio en GBIF Protocolos de intercambio utilizados+ Estándar de datos Biocase (Biocase Pywrapper)ABCD DiGIR (DiGIR provider package, DiGIR prov- sourceforge) Darwin Core TAPIR (TapirLink, TapirDoNet, Pywrapper) ABCD Darwin Core 1.4 Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

11 GBIF TAPIR (TDWG Access Protocol for Information Retrieval ) TAPIR es un protocolo para acceso a datos estructurados provenientes de bases de datos distribuidas de estructura lógica y física diferentes TAPIR combina las características de los protocolos BioCASe y DiGIR y amplía las posibilidades de comunicación entre aplicaciones cliente y proveedores de datos a través de Internet Su potencialidad permite la interoperabilidad no solo entre especimenes u observaciones si no que se puede utilizar en otros dominios (geológico, ecológico, clima, secuenciación genética, geoespacial, etc.) Implementaciones: –wrapper applications : PyWrapper (phyton) TapirLink (0.6) (php) TAPIRdoNet (.net) –La primera red en implementar TAPIR: Plant Genetic Resources Community – CGIAR (Grupo Consultivo para la Investigación Agrícola Internacional ) – Generation Challenge Programme Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

12 GBIF Integración tecnológica en los nodos Distribuído Centralizado Participant A Participant C Data Warehouse Participant B Data Warehouse GBIF Portal GBIF Registry GBIF Index Participant B

13 GBIF Implementación en GBIF-España Soporte para instalación/mantenimiento del software requerido para el proveedor de datos DiGIR/TAPIR provider Servicio de Alojamiento para bases de datos (futuro: + imágenes digitales) 1.Conexión del software (DiGIR/TAPIR provider) instalado en los servidores de GBIF.es a la/s base/s de datos del proveedor (MySQL, Oracle, Postgree) 2.Espacio fisico para alojamiento de archivos de bases de datos + Conexión Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

14 GBIF Problemas técnicosTodo CorrectoSugerencias calidad de datos Transferencia Subida por SFTP de la Base de datos. Área de pre-producción Validación técnica y calidad de datos Publicación Base de datos pasa al área de producción [http://es.mirror.gbif.org] [(re)Indexación] Servicio de Alojamiento. Procesos Reporte [Corrección demorada] Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.


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