Péptidos Alberto L. Vivoni Alonso J. Roberto Ramírez Vivoni Universidad Interamericana de Puerto Rico Recinto de Bayamón

Formación de amidas Condensación

Enlace peptídico

Resonancia del enlace peptídico

Propiedades del enlace peptídico Enlace entre el carbón del carboxílico de un aminocido y el nitrógeno de otro aminoácido Resonante: enlace doble parcial Planar Polar Configuración trans con respecto al oxígeno del carbonilo y el hidrógeno del amino No tiene libertad rotacional Enlaces adyacentes tienen libertad rotacional

Práctica: Dibuje los siguientes Ala-Gly un dipéptido Gly-Ala Ala-Glu-Gly un tripéptido Glu-Gly-Ala

Más práctica ¿Cuántos tripéptidos pueden haber que contengan valina, tirosina, y glicina? Escriba las abreviaturas de una y tres letras de todos los posibles isómeros indicando donde están los enlaces peptídicos.

Nomenclatura Aminoácidos en cadena: residuos (residues en inglés) Mono, di, tri… péptido (peptide en inglés) Menos de 20 residuos: oligopéptido Más de 20 residuos: polipéptido Más de 50 residuos: proteína

Nomenclatura de péptidos cortos Los residuos se nombran en orden comenzando con el terminal N y reeplazando la terminación por –il (-yl en inglés) con excepción del último rediduo. Ejemplo: Gly-Ala: Glicilalanina Asp-Tyr-Met: Apartiltirosilmetionina

Nombre el péptido Glutaminil-cisteinil-glicina

Un polipéptido

Oxitocina Hormona que se libera durante el parto para facilitar el mismo y la lactancia.

Cys – Phe – Ile – Glu – Asn – Cys – Pro – His – Gly – NH2 Pregunta Oxitocina es un nano-péptido que contiene dos residuos de cisteína los cuales forman un puente de sulfuro (-S-S-) entre sí. La secuencia y el puente de sulfuro son los siguientes: Cys – Phe – Ile – Glu – Asn – Cys – Pro – His – Gly – NH2 S - S Determine las posibles cargas netas que pueda tener esta hormona a a) pH = 2, b) pH = 8.5, c) pH = 10.7.

Secuenciación de polipéptidos Tratamiento Rompimiento del enlace peptídico en el lado de carbonilo del residuo Degradación Edman del residuo en el terminal N Carboxipeptilasa del residuo en el terminal C excepto prolina, lisina y arginina Tripsina de lisina y arginina Quimotripsina de residuos con cadenas laterales aromátcas o alifáticas voluminosas: fenilalanina, tirosina, triptofán, leucina Bromuro de cianógeno (CNBr) de metionina Staphylococus aureus V8 proteasa de residuos con carga negativa

Preguntas Prediga los fragmentos que se generan cuando el siguiente péptido se trata con a) tres ciclos de la degradación Edman, b) CNBr, c) tripsina: Ser – Met – Gly – Thr – Lys – Ala – Glu Prediga los fragmentos que se generan cuando el siguiente péptido se trata con a) tripsina, b) quimotripsina, c) S. aureus V8 proteasa: Gly – Ala – Trp – Arg – Asp – Ala – Lys – Glu – Phe – Gly – Gln

Preguntas Un polipéptido fue tratado con tripsina y generó fragmentos con las siguientes secuencias: Gly – Gly – Ile – Arg Ser – Phe – Leu – Gly Trp – Ala – Ala – Pro – Lys Ala – Glu – Glu – Gly – Leu – Arg El mismo polipéptido fue tratado con quimotripsina y generó los siguientes fragmentos: Leu – Gly Ala – Glu – Glu – Gly – Leu – Arg – Trp Ala – Ala – Pro – Lys – Gly – Gly – Ile – Arg – Ser – Phe Cuál es la secuencia del péptido.

Preguntas Análisis de un octapéptido con glicina en el terminal C da los siguientes fragmentos de secuencias desconocidas: a) CNBr: (Ala, Gly, Lys, Thr) y (Gly, Met, Ser, Tyr) b) Tripsina: (Ala, Gly) y (Gly, Lys, Met, Ser, Thr, Tyr) c) Quimotripsina: (Gly, Tyr) y (Ala, Gly, Lys, Met, Ser, Thr)

Preguntas Determine la secuencia de aminoácidos del decapéptido FP de acuerdo con los siguientes tratamientos: Un ciclo de Edman produce 2 moles de aspartato por mol de FP. 2-mercaptoetanol (rompe puentes disulfuro) seguido de tripsina, produce 3 péptidos: (Ala, Cys, Phe), (Arg, Asp) y (Asp, Cys, Gly, Met, Phe) Carboxypeptidasa produce 2 moles de Phe por 1 de FP. El pentapéptido producido en (b) tratado con CNBr produce ( Met, Asp) y Cys, Gly, Phe). El tripéptido de (d) produce Gly en el primer ciclo de Edman. Cuál es la secuencia?

Curva de calibración de péptidos Dibuje la curva de calibración de Ala-Glu-Gly Calcule el pI de este péptido