BLAST.

Presentación del tema: "BLAST."— Transcripción de la presentación:

1 BLAST

2

3 Diversas versiones de BLAST

4 BLASTN Query sequence: Nucleotide Database: Nucleotide Typical uses:
1.- Mapping oligonucleotides, cDNA and PCR productos to a genome 2.- Screening repetitive elements 3.- Cross-species sequence exploration 4.- Annotation of genomic DNA 5.- Clustering sequence reads 6.- Vector clipping BLASTN

5 BLASTP Query sequence: Protein Database: Protein Typical uses:
1.- Identifying common regions between proteins 2.- collecting related proteins for phylogenetic analysis BLASTP

6 Nucleotide translated into protein (6)
Query sequence: Nucleotide translated into protein (6) Database: Protein Typical uses: 1.- Finding protein-coding genes in genomic DNA 2.- Determining if a cDNA corresponds to a known protein BLASTX

7 Nucleotide translated into protein (6)
Query sequence: Protein Database: Nucleotide translated into protein (6) Typical uses: 1.- Identifying transcripts, potentially from multiple organisms, similar to a given protein 2.- Mapping a protein to genomic DNA TBLASN

8 TBLASX Query sequence: Nucleotide translated into protein (6)
Database: Nucleotide translated into protein (6) Typical uses: 1.- cross-species gene prediction, at the genome or transcript level 2.- Searching for genes missed by traditional methods or not yet in protein databases TBLASX

9 Página principal de BLAST

10 BLAST compara una secuencia problema (query sequence) con todas las secuencias de una base de datos para encontrar regiones de similitud local. Al mismo tiempo calcula la significancia estadística de cada resultado ¿ Para qué sirve BLAST ?

11 Basic Local Alignment Search Tool
― Es la herramienta de software más importante de la Bioinformática porque: 1.- La comparación de secuencias es una poderosa herramienta para obtener información a partir de secuencias desconocidas 2.- Es rápida 3.- Es fiable, tanto por la solidez de su análisis estadístico como por el grado de desarrollo del software 4.- Es flexible, permite comparar secuencias en múltiples escenarios 5.- Es una herramienta consolidada y de uso generalizado: cualquier persona con un ordenador conectado a Internet la puede utilizar Características de BLAST

12 Para hacer una búsqueda con BLAST:
1.- Escoge el programa BLAST adecuado 2.- Introduce la secuencia problema 3.- Selecciona la base de datos 4.- Selecciona la versión del programa 5.- Selecciona los parámetros de búsqueda 6.- Inicia la búsqueda 7.- Analiza los resultados de la búsqueda ¿ Cómo se hace una búsqueda con BLAST ?

13 1.- Escoge el programa BLAST adecuado

14 Formulario de búsqueda en BLAST

15 Opciones 2.- Introduce la secuencia problema
1.- Teclea la secuencia completa 2.- Pega un fichero en formato FASTA 3.- Introduce el identificador de la secuencia 2.- Introduce la secuencia problema

16 Opciones 3.- Selecciona la base de datos Botones de ayuda
Menú desplegable para seleccionar la base de datos donde se va a buscar Opciones 1.- Selecciona un organismo 2.- Introduce uno o varios términos para limitar la búsqueda 3.- Selecciona la base de datos

17 Opciones 4.- Selecciona una versión del programa (blastp)
1.- blastp (protein-protein BLAST) 2.- PSI-BLAST 3.- PHI-BLAST 4.- Selecciona una versión del programa (blastp)

18 Opciones 4.- Selecciona una versión del programa (blastn)
1.- megaBLAST 2.- discontiguous megaBLAST 3.- blastn 4.- Selecciona una versión del programa (blastn)

19 5.- Selecciona los parámetros de la búsqueda
― La selección de los parámetros condiciona notablemente los resultados de la búsqueda ― Utiliza los parámetros que aparecen por defecto 5.- Selecciona los parámetros de la búsqueda

20 6.- Inicia la búsqueda

21 La búsqueda se está realizando…

22 Se puede cambiar el formato de presentación de los resultados
Página con los resultados de la búsqueda

23 Cambiar el formato de los resultados de la búsqueda

24 La página de los resultados de BLAST
― La página con los resultados de BLAST contiene la siguiente información: 1.- El encabezamiento 2.- Gráficos: Alineamientos y árboles filogenéticos 3.- Listado de hallazgos (hits) 4.- Alineamientos detallados (todos) 5.- Pie de página (parámetros de búsqueda, estadísticas) La página de los resultados de BLAST

25 7.- Resultados de la búsqueda: el encabezamiento

26 Alineamientos encontrados
NOVEDADES 7.- Resultados de la búsqueda: gráficos

27 7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

28 7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

29 7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

30 7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos

31 7.- Resultados de la búsqueda: estructuras relacionadas

32 7.- Resultados de la búsqueda: listado de “hits”
Enlaces a la base de datos de proteínas Enlaces a bases de datos de estructuras 3D o de genes Ir al alineamiento 7.- Resultados de la búsqueda: listado de “hits”

33 7.- Resultados de la búsqueda: alineamientos

34 7.- Resultados de la búsqueda: pie de página