FORCEFIELD: MODELOS MOLECULARES

FORCEFIELD??

BASE: FORMA FUNCIONAL Describir cada componente de energía. La energía de enlace es determinada usando Oscilaciones armónicas PARAMETROS Características de los átomos Preferencias de los átomos Limitaciones E TOTAL = E STRETCH + E BEND + E S-B + E TORSION + E vdW + E DP-DP COMPONENTES:

● “Todos los átomos”: consideran todos los átomos de la molécula explícitamente, incluyendo a los hidrógenos. Los parámetros son raramente transferibles entre distintos campos de fuerza. Se usan resultados experimentales

FORCEFIELD MODERNOS Usado para determinar estructuras y energías de hidrocarburos MM2/MM3/MM4

AMBER Assisted Model Building and Energy Refinement PARAMETROS: FF GAFF GLYCAM

Programas: LEaP is used for preparing input files for the simulation programs Antechamber automates the process of parameterizing small organic molecules using GAFF sander is the central simulation program and provides facilities for energy minimization and molecular dynamics with a wide variety of options nmode calculates normal modes MM-PBSA allows for implicit solvent calculations on snap shots from molecular dynamics simulations

CHARMM Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics force field Usa tanto para moleculas pequeñas como para complejos macroleculas biologicas. La versión comercial de CHARMM, llamada CHARMm

CHARMM22  Proteínas CHARMM27  ADN – ARN – LIPIDOS CHARMM27/ CHARMM22 : INTERACCIONES PROGRAMAS : SIMULACION

MMFF94 Estudio de las interacciones del receptor-ligando. Esto requiere la predicción de las energías conformacionales y buena predicción de geometrías moleculares Evitando modelamiento de conformaciones incorrectas del ligando - receptor Interacciones modelo de van der Waals. Su método mejora el el potencial de Lennard-Jones.

Campos de Fuerza de Segunda Generación CFF  Variedad Compuestos orgánicos MMFF (Merck) MM2,MM3,MM4 (Allinger)

Campos de Fuerza polarizables basados en cargas puntuales PFF( Polarizable Force Field) DRF90( Van Duijnen) SP-Basis Chemical Potential Equalization (CPE) approach (Chelli & Procacci) CHARMM Polarizable Force Field (Brooks) AMBER Polarizable Force Field

Campos de Fuerza polarizables basados en multipolos distribuidos SIBFA (Sum of Interactions Between Fragments Ab initio computed)->moléculas pequeñas y proteínas flexibles) AMOEBA. ORIENT (procedimiento desarrollado por Stone) Non-Empirical Molecular Orbital (NEMO).

Campos de Fuerza polarizables basados en DENSIDAD Gaussian Electrostatic Model (GEM). (basado en ajuste de densidades) Procedimiento polarizable basado en la aproximación de Kim-Gordon approach (Hutter)