DNA Bending The begining
Recordando lo dado en la clase anterior: Koo, Wu y Crother analizaron la movilidad en geles de acrilamida de distintos oligonucleótidos, los cuales diferían en: Faseo Interrupción de A tracts Largo de los A tracts Faseo del extremo 5` y 3` Bases flanqueantes del A tract Observaron que al variar estos factores se producía una alteración en la movilidad, que atribuyeron a diferencias en el bending.
Resultados de la corrida en el gel Fig. 3. a. Representación grafica de la movilidad del fragmento de 241 pub cortado con distintas enzimas de restricción vs posición (pb), mapeo del sitio de curvatura en el fragmento de 241pb del K-ADN. b. Secuencia de ADN de la región del bend del modelo K-ADN ClaI produce el fragmento con menor movilidad. EcoRI produce el fragmento con mayor movilidad. Una extrapolación ubica el centro del bend en la posición 140 (pb). Se encontró la secuencia CA 5-6 T repetida en intervalos de 10 pb en el lugar del bend.
Fig 2. Representación grafica de la movilidad del fragmento de 423 pb cortado con distintas enzimas de restricción vs posición (pb), mapeo del sitio de curvatura en el fragmento de 241pb del K-ADN. Centro del bend 148 pb
Fig 1. Digestión teórica del dinero con enzimas de restricción. Interpretación de resultados De las figuras 2 y 3 interpretamos que cuando el bend se encuentra en el centro del fragmento se da la menor movilidad y cuando éste se encuentra cercano al extremo migra mas. Podríamos pensar que si el corte fuera en el centro del bending la movilidad seria aun mayor.
Conclusiones : Se concluye que la secuencia CA 5-6 T repetida en intervalos de 10pb es la responsable directa de la formación del bending en el fragmento K-ADN