MODULACIÓN DINAMICA DE LA INESTABILIDAD GENÓMICA POR TERAPIA NEOADYUVANTE EN CÁNCER DE MAMA PRECOZ (GEICAM/2006-03_2006-14) Emilio Alba Conejo1,2,3, Ana Lluch2,3,4, Joan Albanell2,3,5, Jose Ignacio Chacón López-Muñiz2,6, Lourdes Calvo2,7, Juan De la Haba-Rodriguez2,3,8, Pedro Sánchez Rovira2,9 , Massimo Chiesa2, Federico Rojo2,3,10, Carlos Caldas11 1Instituto de Investigación Biomédica de Málaga (IBIMA), Hospital Clínico Universitario Virgen de la Victoria; 2Grupo GEICAM de Investigación en Cáncer de Mama; 3CIBERONC-ISCIII; 4Hospital Clínico Universitario de Valencia, Universidad de Valencia, INCLIVA; 5Hospital del Mar; 6Hospital Virgen de la Salud; 7Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña; 8Hospital Universitario Reina Sofía; 9Complejo Hospitalario de Jaén; 10Fundación Jiménez Díaz; 11Cancer Research UK Cambridge Institute, Li Ka Shing Centre, University of Cambridge

Disclosure Information Employment: Consultant or Advisory Role: Roche, Novartis, Pfizer, Lilly, Palex Stock Ownership: Research Funding: Roche, Sysmex Speaking: Grant support: Other:

La Inestabilidad Genómica: origen y evolución del cáncer La Inestabilidad Genómica (IG) representa una de las características principales del cáncer y puede ser la consecuencia de alteraciones en distintos mecanismos moleculares La IG puede alterar la expresión de oncogenes o de genes supresores tumorales, por lo tanto cubre un papel clave en la tumorigenesis y en la progresión tumoral Muchos tratamientos antitumorales tienen como dianas los mecanismos de replicación y de división celular y pueden así afectar la integridad del ADN Tumorigenesis y Progresión tumoral (adaptado de Negrini et al., NatRevMolCellBiol, 2010)

+ Goserelina (premenop) Objetivos En este estudio hemos analizado las Copy Number Alterations (CNAs) de una cohorte de tumores pre- y post-tratamiento de los estudios GEICAM/2006-03 y GEICAM/2006-14 Las CNAs representan alteraciones en el numero de copias de regiones cromosómicas y se consideran consecuencia directa de la IG GEICAM/2006-03 Tratamiento selectivo neoadyuvante según subtipo histológico en pacientes HER2-negativo GEICAM/2006-14 Trastuzumab vs Lapatinib neoadyuvante en pacientes HER2-positivo N= 95 Luminales ER+/PR+/HER2- KRT8/18+ Basales RE-/RP-/HER2- CK5/6+ y/o EGFR+ EC-T Exe + Goserelina (premenop) EC-CBPT EC-T + Trastuzumab Lapatinib Tasa Respuesta Clínica: 66% QT vs 48% HT (p=0.075) E Alba. Ann Oncol 2012 Tasa pCR: 52,1% EC-T-Trastuzumab vs 25,5% EC-T-Lapatinib (P=0.0065) E. Alba BJC 2014 N= 189 CM HER2 positivo CM HER2 negativo 2006-03: Luminal: Tasa de respuesta clínica del 66% QT vs 48% HT (p=0.075). Emilio Alba et al. Ann Oncol 2012 Basal: Tasa pCR (mama) 35 % en la rama EC–T arm vs. 30 % en EC-CBPT (P value = 0.606). pCR (mama y axila) en 30 % en ambas ramas Emilio Alba et al. Breast Cancer Res Treat (2012) N= 94 Estratos: Tamaño tumoral Receptor Estrogénico Tasa pCR: 35% EC–T vs. 30% EC-CBPT (p=0.606) E Alba. BCRT 2012 Estratos: Tamaño tumoral Grado Afectación ganglionar El objetivo del análisis fue analizar la modulación de la IG en respuesta a tratamiento neoadyuvante basándonos en datos de CNAs

Materiales y Métodos Se secuenció el genoma completo de 204 tumores parafinados (100 pre- y 104 post- tratamiento, de los cuales 39 pareados) de los dos estudios Los datos de secuenciación se procesaron para obtener el perfil de las CNAs de cada tumor Para cada muestra se calculó el área bajo la curva de segmentación (“Area Under Segmentation Curve”, AUC) como índice de la IG Se analizó las diferencias entre los índices de IG entre muestras pre- y post-ttm Extracción de ADN de 204 tumores FFPE disponibles (100 pre-, 104 post-ttm, 39 pareados) de 165 pacientes. Preparación de librerías para secuenciación Secuenciación de genoma completo HiSeq4000-Illumina (single-read, 50 bps) Procesamiento bioinformático (normalización, segmentación, copy number call) para obtener Alteraciones Número Copias (CNAs) Calculo del área bajo la curva de segmentación (suma de los valores absolutos de las medias segmentadas del genoma, normalizadas por el numero de CNAs)

Características clínico-patológicas SUBTIPO CLINICO TUMORAL y subtipos tumorales Principales características clínico-patológicas de las pacientes (n=165) Tumores analizados, en función de los subtipos clínicos de los tumores pre-tto (basados en la expresión de RH y HER2) VARIABLE N (%) Tamaño tumoral clínico cT1+cT2 123 (75%) >cT3 42 (25%) Afectación Ganglionar pN0 94 (57%) pN1-2-3 68 (41%) ND 3 (2%) Grado Tumoral G1+G2 91 (55%) G3 66 (40%) GX 8 (5%) Ki67≥50 Negativo 90 (55%) Positivo 61 (37%) 14 (8%) SUBTIPO CLINICO TUMORAL COHORTE TOTAL N Tumores (%) COHORTE PAREADA Pre-tratamiento Post-tratamiento LUMINALES 98 pac (59%) 57 (57%) 67 (64%) 26 (67%) HER2+ 18 pac (11%) 11 (11%) 7 (7%) NA TRIPLES NEGATIVOS 49 pac (30%) 32 (32%) 30 (29%) 13 (33%) TOTAL 100 (100%) 104 (100%) 39 (100%)

Variación del índice de IG en muestras pre- y post-tratamiento Mediana (min-max) COHORTE TOTAL (N=204) COHORTE PAREADA (n=39) Pre-ttm (N=100) Post-ttm (N=104) Pre-ttm Post-ttm Todos los subtipos N=204 (100%) 100 (100%) 0.155 (0.012-0.45) 104 (100%) 0.08 (0.014-0.369) 39 (100%) 0.131 (0.012-0.368) 0.078 (0.021-0.293) Luminal N=124 (60.8%) 57 (57%) 0.141 (0.012-0.315) 67 (64.4%) 0.068 (0.014-0.233) 26 (67%) 0.126 (0.012-0.292) 0.072 (0.025-0.227) HER2+ N=18 (8.8%) 11 (11%) 0.143 (0.029-0.26) 7 (6.7%) 0.079 (0.035-0.134) NA Triple Negativo N=62 (30.4%) 32 (32%) 0.195 (0.02-0.45) 30 (28.9%) 0.2 (0.021-0.369) 13 (33%) 0.132 (0.074-0.368) 0.17 (0.021-0.293) Índices de IG en muestras pre- y post-tratamiento en la cohorte total y pareada clasificadas según el subtipo clínico

Índice de IG en tumores pre-tratamiento -cohorte total- Los tumores Triple Negativos muestran niveles de IG más elevados respecto a los de subtipo Luminal y Her2+ (mediana Índice IG 0.208 TN vs 0.156 Luminal vs 0.132 HER2+, p=0.05)

Modulación de la IG tras tratamiento -cohorte total- En la población tumoral total, los niveles de IG muestran una reducción significativa tras tratamiento (mediana índice IG 0.155 pre- vs 0.08 post-ttm, p=5.1e-0.7) Una reducción similar se observa también analizando los tumores pareados (mediana índice IG 0.131 pre- vs 0.78 post-ttm, p=0.0034)

Modulación de la IG tras tratamiento -cohorte total /subtipos tumorales- LUMINAL - cohorte total HER2+ - cohorte total TRIPLE NEGATIVE - cohorte total Los tumores Luminales muestran una reducción significativa de la IG con el tratamiento en la cohorte total (mediana índice IG 0.141 pre- vs 0.068 post-ttm, p=1e-0.9) y en los tumores pareados (mediana índice IG 0.126 pre- vs 0.072 post-ttm, p=0.00013) En los tumores Her2+ se evidencia una tendencia (no significativa) hacia la reducción de IG (mediana índice IG 0.143 pre- vs 0.079 post-ttm, p=0.085) en la cohorte total En los tumores Triple Negativos no se observa una modificación relevante de la IG tanto en la cohorte total (mediana índice IG 0.195 pre- vs 0.2 post-ttm, p=0.61) como en la pareada (mediana índice IG 0.132 pre- vs 0.17 post-ttm, p=0.68)

Conclusiones La Inestabilidad Genómica representa un target directo de la terapia neoadyuvante en cáncer de mama En tumores de subtipo Luminal o Her2+ el tratamiento parece eliminar de manera selectiva las células con más aberraciones genómicas. Los tumores residuales muestran niveles menores de IG En tumores Triple Negativos la Inestabilidad Genómica puede representar un mecanismo adaptativo de resistencia a la QT