GARP para torpes Algunos trucos no documentados de GARP, necesarios para no sucumbir a la frustración Truquitos aportados por Elisa Liras, en la réplica del IV taller de modelización de nichos ecológicos GBIF (27-30/05/08)

1. GARP necesita agrupar las variables ambientales (VEs) en conjuntos llamados “Dataset” (de igual manera que DIVA necesita agruparlas en “Stacks”) Load Layers > from ASCII raster grid

2. Buscamos la carpeta donde previamente hemos guardado las VEs y la máscara (“mask.asc”, que puede ser una copia renombrada de cualquier VE) que indica el ámbito geográfico de análisis. Estos ficheros los hemos podido generar con DIVA-GIS (donde importamos los archivos .bil de WORLDCLIM y los convertimos después a .asc)

4. GARP carga todos los ficheros 4. GARP carga todos los ficheros .asc de ese directorio e identifica a la máscara como tal. 5. Es necesario dar un nombre de identificador y un título, pues si no GARP nos dará problemas (este es el truco tonto no documentado número 1) 6. Graba el “dataset” con File > Save (genera un fichero .dxl)

7. Cargar los puntos de presencia (upload data points) 7. Cargar los puntos de presencia (upload data points). Si no quieres problemas, constrúyete un fichero excel con estos puntos (tres columnas: nombre de la especie, latitud y longitud)

8. Cargar el conjunto de variables (“dataset”, fichero formato 8. Cargar el conjunto de variables (“dataset”, fichero formato .dxl que se creó con el Desktop Manager) Dataset > Scan Directory y luego localizar el archivo en Environmental layers > Dataset

9. Configura las especificaciones sobre cómo construir y evaluar los modelos (ojo con los “runs”, que requieren tiempo; para empezar es mejor probar con pocos)

11. Truco tonto no documentado número 2: el directorio de salida. 3 11. Truco tonto no documentado número 2: el directorio de salida. -- Por una deficiencia de programación no se puede especificar una ruta a una carpeta vacía, sino a un archivo dentro de una carpeta (crea un archivo, localízalo con este cuadro de diálogo y borra después el nombre del archivo). -- Importante: después borra todo el contenido de esa carpeta. 4 5

12. No esperes más para hacer el modelo: Model > run (ahora tienes tiempo para un café) 13. En la carpeta de resultados aparece: -- un fichero .xls con la descripción de cada modelo (el manual es necesario para interpretar los índices) -- ficheros .bmp con las imágenes de los resultados de los modelos -- ficheros .asc con los valores de cada modelo para cada celdilla (valores entre 0 y 1, donde 1 es la máxima adecuación o “probabilidad” de presencia)

14. Las predicciones finales se deben obtener como suma de las predicciones de los modelos por separado (las que se representan en los ficheros .bmp y se encuentran en los .asc). Para ello podemos sumar los ficheros de tipo raster (.asc) con cualquier programa de SIG. Con DIVA se hace así: Data > Import to Gridfile > Multiple Files

15. Construye un “stack” en DIVA que agrupe los ficheros recién importados: Stack > Make stack 16. y bautízalo:

17. Suma los valores predichos para las celdas por todos los modelos Stack > Calculate…

17. Suma los valores predichos para las celdas por todos los modelos Stack > Calculate… 18. Las áreas coloreadas de rojo son aquellas que más modelos concordaban en dar como adecuadas (la máxima puntuación en este ejemplo es 3 porque sólo se corrieron tres bloques de iteraciones –”runs”--).

19. Fase de toma de decisiones y redacción de artículo Para “esto no hay cristiano que lo entienda” haz clic aquí Para “me ha gustado el resultado” haz clic aquí