Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Reunión Anual TDWG 2006 Sumario

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Acerca del TDWG TDWG (Taxonomic Databases Working Group ) Grupo de trabajo internacional sobre bases de datos taxonómicas Es una organización sin ánimo de lucro, afiliada a la Unión Internacional de Ciencias Biológicas (IUBS), formada para: –establecer colaboraciones internacionales entre diferentes proyectos de bases de datos biológicas –promover la divulgación de la información sobre los organismos vivos para beneficio de la sociedad. Para conseguir sus objetivos el TDWG: –Desarrolla, adopta y promueve estándares para el intercambio de datos sobre los organismos vivos. –Actúa como foro de discusión a través de reuniones, publicaciones y newsletter

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Historia –1985. Primera reunión. Génova. Desde entonces, reunión anual cada año en una ciudad distinta (en España:1989 Las Palmas Gran Canaria (Jardín Botánico) y en 1995, Real Jardín Botánico de Madrid) –La Mayoría de las instituciones y proyectos miembros provenían del campo botánico (estándares de datos de bases taxonómicas de plantas) –A partir de 1994: Expansión a otras áreas de trabajo como la zoología, microbiología, geológía, etc –1988. Afiliación a (IUBS) Unión Internacional de Ciencias Biológicas

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 TDWG 2006 meeting Fecha: de Octubre Lugar: Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A. Más de 160 participantes de 22 países y de 94 instituciones científicas, museos, etc. Programa de trabajo: » /TDWG2006_Schedule_Active_ pdfhttp://tdwg2006.tdwg.org/fileadmin/2006meeting/documents /TDWG2006_Schedule_Active_ pdf 85 Presentaciones, posters y comunicaciones. Sesiones de trabajo organizado en: »Presentaciones,Symposios, »Posters, Demostraciones on-line »Sesiones de trabajo de los subgrupos

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 TDWG 2006 meeting Presentaciones: ons/

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 TDWG 2006 meeting Temas tratados: La nueva infraestructura del TDWG Estándares Identificadores Globales únicos (GUIDs: Globally Unique Identifiers ) Ontologías y semántica Lenguajes de representación de datos (UML, BNF, RDF, XML) Presentación del trabajo de los subgrupos y sesiones paralelas de trabajo Simposio sobre Aplicaciones para datos de biodiversidad

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 TDWG Infrastructure Project (TIP) Objetivo: Rediseñar la infraestructura del TDWG Financiación y Duración: –1.5 mill $(Fundacion Gordon&Betty Moore) –Julio 2005-Diciembre 2007 –En Oct-2006 (80 % objetivos cumplidos) Tareas: –Trabajo sobre la nueva constitución –Technical Arquitecture Group (TAG) –Rediseñar la Documentación (Especificaciones, Plantillas) –Desarrollo de Identificadores globales Únicos –Rediseñar el Entorno de trabajo »TDWG website »Automatización del proceso de desarrollo de estándares

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Nueva Constitución [Nombre] TDWG ……(Biodiversity Information Standars) Nueva constitución: –Establece como miembros a dirigirse a los creadores, administradores y usuarios de información sobre biodiversidad vs proyectos de bases de datos biológicas –El Comité Ejecutivo aumenta sus atribuciones debido al cambio en la nueva infraestructura de trabajo –Nuevo articulo 10. Votaciones: Las decisiones han de estar basadas en el consenso en vez de en una mayoría simple. El comité ejecutivo asegurará ese consenso mediante mecanismos como revisiones y peticiones de comentarios públicos. Si no se alcanza un consenso, el comité ejecutivo convocará una votación sobre el tema en cuestión El sistema de votación seguirá siendo el mecanismo de elección del comité ejecutivo, officers y de todo aquél proceso que dicta la actual constitución

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Nuevo Proceso de Desarrollo de los Estándares Nueva Estructura del TDWG: view.ppt El TDWG necesita un nuevo Marco de trabajo para: –Proporcionar una visión unificada e integrada de los estándares del TDWG –Fomentar la coordinación y la comunicación interno –Asegurar revisiones críticas (públicas y por expertos), así como consensos –Control del Ciclo de vida de los estándares (mantenimiento y retirada:, consenso, no anual) –Asegurar la coherencia entre TDWG estándares y comunicación con estándares externos (OGC, W3C, etc.)

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Nueva estructura organizativa Nueva estructura organizada a través de: –Interest Group Supervisar el progreso de los estándares así como el estatus de los mismos (uso activo, sustitución/retirada) Actualizaciones de estatutos –Task Group Para realizar tareas ó productos concretos (estándar) Para crear un IG ó TG se requiere de la elaboración y aprovación (Comité Ejecutivo) de unos estatutos (intenciones, actividades, etc) y un convener …En proceso. Los antiguos subgrupos están readaptando su estructura Borrador de cómo posible escenario futuro: _Group_Structure_WorkingDraft_ pdf

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Nuevo Proceso de Desarrollo de los Estándares (slide by Stan Blum)

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Nuevo entorno de trabajo El TDWG Infrastructure Project (TIP), ha desarrollado un entorno de trabajo basado en una nueva web con varias herramientas de trabajo colaborativo on line: –El TDWG website: Canal de comunicación para los miembros y los usuarios. Información sobre los Interest y Task Group, sobre los estándares y sobre las actividades destacadas. Cada subgrupo puede editar la información referente a su trabajo. –El TDWG wiki: wiki.tdwg.org. Sistema utilizado por los miembros de los subgrupos para desarrollar el trabajo de forma colaborativa desarrollando borradores de los estándares, documentación, etc. Para usuarios registrados –El TDWG blog: Aplicación que permite a los miembros compartir ideas de forma informal en forma de artículoshttp:// –El TDWG Proceedings: Aplicación que funciona como una revista on line para la publicación de actas de los eventos, proceso de desarrollo de los estándares, etchttp:// –Repositorio de estándares: donde están los paquetes de información de los estándares (documentos RDDL (Lenguaje de descripción de directorio de recursos ),.xsd, etc). Principalmente documentos para acceso por las máquinas (software) por lo que se considera que deben de tener urls permanentes. Documentos experimentales también pueden ser cargados aquí durante el proceso de desarrollo del estándar. Acceso vía WebDAVhttp:/rs.tdwg.org –TYPO3. para el manejo de estándares (proceso) –Mailing lists: Listas de correo públicas.

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Nueva estrategia de documentación Documentación: toda aquella información que define y ayuda al desarrollo de los estándares Basada en tres tipos de documentos: –Tipo 1: documentos que han de formar parte del estándar de forma obligatoria (XML Schemas, especificaciones definidas de acuerdo a lenguajes controlados) Controlados por -IG Process- Altamente estables una vez ratificado el estándar En inglés –Tipo 2: documentos que forman parte del estándar a modo informativo (no obligatorios) (Ejemplos, código, diagramas, ilustraciones, etc) –Tipo 3: documentos que quedan fuera del estándar (tutoriales, guías, wikis, grupos de discusión) Documentos tipo 1+ tipo 2 Estándar (paquete de información+metadatos)

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 GUIDS (Globally Unique Identifiers) en la Informática para la Biodiversidad Creación de un Task Group en esta dirección: TDWG-GUID Group –2 reuniones (Febrero y Junio 2006) (estudio de los requerimientos- evaluación de tecnología-documentación) –wiki ( y mailing list ( Necesidad de Identificadores únicos: –Intercambio de información en la red (Internet) con datos servidos desde múltiples fuentes + Modelado de la información de biodiversidad (registros) en objetos Surge la necesidad de identificar objetos de forma única Los GUIDS son: –Globales y permanentes. Solucionan la identificación de objetos provenientes de distintas fuentes –Poseen mecanismos que definen al objeto (metadatos) Evaluadas distintas tecnologías (LSID, DOI (Digital Objet Identifier), Handles, PURL(Persistent Uniform Resource Locator)) Recomendado el uso de LSID (Life Sciences Identifier).

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 LSID (Life Sciences Identifier ) Desarrollado por OMG (The Object Management Group) & W3C Arquitectura cliente-servidor –LSID authority server + resolver client No centralizada Estructura – urn:lsid:authority:namespace:object:revision Ejemplo: urn:lsid:indexfungorum.org:names: resolución en: Implementaciones: –Open Source (sourceforge.net) lsid.sourceforge.net –IBM (Java, C++, Perl) –Kevin Richards (Landcare Research NZ) (Microsoft.NET) Ejemplos de servidores LSID: – Bio Pathways, Index Fungorum, IPNI (IPNI:The International Plant Names Index ), uBio (Universal Biological Indexer and Organizer) Por hacer…definir cómo usar LSID en la aplicaciones

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Estándares y Protocolos

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 ABCD (Access to Biological Collections Data ) ABCD Access to Biological Collections Data (Nueva versión 2.0.6a) –Será el Estándar del Task Group:ABCD del Interest Group: Primary Biodiversity Data –Para datos de colecciones biológicas (especímenes y observaciones) –Proporciona definiciones semánticas –Estructura jerárquica (alta estructuración con gran número de elementos. Pretende cubrir un máximo de detalle) –Trabaja con extensiones –Posibilidad de trabajo con diferentes niveles de detalle (atomización/fusión) –Incluye GUIDs –Indica en que idioma está la información contenida –Permite la repetición de registros (por ejemplo revisiones) –Compatibilidad con Darwin Core (versiones 1.2 y 1.4), HISPID (Herbarium Information Standards and Protocols for Interchange of Data ), etc. –

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Extensión EFG-Geocase Extensión EFG del esquema ABCD –Será el estándar del Task Group:ABCDEFG del Interest Group: Primary Biodiversity Data –Para datos de colecciones paleontológicas, geológicas (minerales,fósiles, rocas) –Compatible con la extensión DarwinCoPE (DarwinCore Paleontology Extension) –XML Schema ( 1.XSD.html) 1.XSD.html –GeoCASE = BioCASE+EFG ( berlin.de/synthesys_activity_d/index.htm) berlin.de/synthesys_activity_d/index.htm –Próximo workshop: Berlín Enero 2007 (dirigido a instituciones dispuestas a usar este esquema)

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Darwin Core (DwC) Será el estándar del Task Group: DarwinCore del Interest Group: Primary biodiversity data Estándar diseñado para facilitar el intercambio de información de datos primarios de las colecciones (especimenes). Información en espacio y tiempo: El qué, el cuando y el dónde. Trata de recopilar conceptos ampliamente utilizados por diferentes disciplinas que trabajan en biodiversidad Simplicidad: –minimizando las barreras entre los proveedores de datos –maximizando la disponibilidad para los usuarios Para intercambio no para modelos de datos Versiones: –1.2 (la versión usada mayoritariamente) –1.4 (Borrador): incluye GlobalUniqueIdentifier independiente del protocolo DiGIR Extensiones: mecanismos para compartir información adicional: (Paleontológica,Curatorial,Geospatial) Temas futuros (debates): –Lista de elementos ordenados-mayor estructuración (orden-herencia,…) –Vocabularios controlados

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 NCD (Natural Collections Descriptions) Será el Estándar del Task Group NCD del Interest Group: Institutions, Organisations, Agents XML Schema para intercambio de descripciones de colecciones de historia natural (especimenes, archivos, observaciones, material de libros, bases de datos, fotografías, etc Cada registro definiría una colección entera según el NCD: Business card Relación con otros estándares: Dublin-Core y EAD (Encoded Archival Description) Origen: Biocase project (Biodiversity Collections Access Service for Europe ) Desarrollado por RAVNS (Resources Available in the Natural Sciences) es un grupo formado por la mayoría de bibliotecarios y archivistas de historia natural de Norte América e Inglaterra Pretenden tener una implementación del estándar ya testada a finales del 2006 y una versión estable (final draft) para el primer cuatrimestre del 2007 Documentos: –Esquema: –Diagrama: Uso de este estándar: NLBIF Metadatabase –Catálogo de organizaciones, colecciones y personas – Desarrollado como open source por el nodo holandés de GBIF.

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 TCS (Taxonomic Concept Schema) Será el estándar del Task Group: TNC (Taxon Names and Concepts). –Objetivo: Promover el estudio de la nomenclatura y los conceptos taxonómicos –Desarrollan estándares y modelos de datos para representar la nomenclatura y la taxonomía y cómo se relaciona con modelos de información en biodiversidad (como los que describen especímenes y observaciones) – wiki: Presentación de la primera versión TCS1 el año pasado, aprovada. incorporados los cambios TCS1.01 Objetivo del estándar: – Permitir el intercambio de información entre de conceptos taxonómicos definidos en clasificaciones taxonómicas publicadas, en bases de datos. –Representación de un modelo abstracto para conceptos taxonómicos que pueda ser mapeado con los diversos modelos de los proveedores de este tipo de datos XML Schema : Documentación: Guía de usuario Projectos que usan este estándar: –SEEK (Science Environment for Ecological Knowledge ) –Euro + Med –EML (Ecological Metadata Language)

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 SDD (Structured Descriptive Data) Será el Estándar del Task Group SDD del Interest Group: Descciptions (Species descriptions) Surge como sustitución y modernización del anterior estándar: DELTA Desarrolla un esquema para controlar cómo se construye el vocabulario para trabajar con descripciones. Para expresar y transferir información descriptiva de organismos biológicos y taxones –conceptos y caracteres descriptivos y conceptos y caracteres de jerarquización –Incluye descripciones, ontologías, terminología y herramientas de identificación Version 1.1 es la aconsejada para implementaciones. Posibles usos de SDD: –codificar descripciones cortas (sumarios) –descripciones en lenguaje natural –para creación de claves Proyectos que lo usan –LUCID 3 :software para identificación y diagnosis –UMB import/export generator acepta XML Schema y mapea produce código java para import/export –Electronic Field Guide (EFG) Project ( –UMB visual SDD editor

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 TAPIR (TDWG Access Protocol for Information Retrieval ) TAPIR es un WebService protocolo para acceso a datos estructurados provenientes de bases de datos distribuidas de estructura lógica y física diferentes TAPIR combina las características de los protocolos BioCASe y DiGIR protocolos y amplía las posibilidades de comunicación entre aplicaciones cliente y proveedores de datos a través de Internet Su potencialidad permite la interoperabilidad no solo entre especimenes u observaciones si no que se puede utilizar en otros dominios (geológico, ecológico, clima, secuenciación genética, geoespacial, etc.) Implementaciones: –PyWrapper 2.0 de Biocase es la primera implementación del TAPIR provider –PHP DiGIR provider está siendo actualizada para integrar TAPIR –La primera red en implementar TAPIR: Plant Genetic Resources Community – CGIAR (Grupo Consultivo para la Investigación Agrícola Internacional ) – Generation Challenge Programme

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 TAPIR (TDWG Access Protocol for Information Retrieval ) Características: –Trabaja con GUIDs –TAPIR Request/Response requests pueden ser hechas en: –documentos XML –Key-Value Pairs (HTTP) responses siempre codificadas en XML –Operaciones posibles: ping, metadata, capabilities (servicios), inventory y search –XML Schema Definition (XSD) para describir y validar la estructura de los mensajes request/response –No trabaja con un esquema en concreto Conceptual Schemas (XML Schema, RDF Schema) (DarwinCore, ABCD, TCS,NCD) Outputmodels-capabilities response –Knownoutputmodels –Anyoutputmodels (mappedConcepts) –Especificaciones: html html –Esquema:

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 OTROS

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Geospatial Probablemente se formará un Geospatial Interest Group (GIG) Objetivo: integración de estándares, especificaciones, tecnologías y buenas prácticas entre la comunidad biológica y la geoespacial Cooperación TDWG-OGC (Open Geospatial Consortium): Firmado MoU – El TDWG y el the OGC colaborarán en el desarrollo de esquemas y perfiles del OGC como el GML (Geography Markup Language) y estándares del TDWG para la representación de localizaciones de especimenes biológicos, organismos y su distribución, comunidades, movimientos, etc El proyecto BioGeomancer ( Colaboración entre expertos de historia natural y geoespaciales Está desarrollando WebServices y aplicaciones de escritorio que permitirán georeferenciar a los colectores, conservadores, etc El trabajo con estándares está basado en –GML para la descripción de los aspectos espaciales de los datos de historia natural. –Integrando con DwC2 y ABCD

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Imagenes Probablemente se formará un Images Interest Group (IIG) –Objetivo: Desarrollar una estándarización en los mecanismos para el manejo y la transferencia de información descriptiva acerca de los media incluyendo Trabajo –Manual de buenas prácticas para Imágenes de especímenes (enbi project). –Uso de imágenes en sustitución de los ejemplares –Metadatos para la descripción –Formatos de archivo (JPEG2000 ) estándar ISO con nueva forma de codificar/decof imágenes, sonidos, películas Alta compresion Decodificacion de Regions of Interest (ROIs) posibilidades de embeber en una imagen de un especimen un ABCD XML record+pdf+… JPIP (JPEG2000 Interactive Protocol), necesario cliente (kdu_show client from Kakadu Software ) –Estándares para el manejo de LSID para imágenes Qué debe de ir asociado al dato/metadato en la resolución

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Observaciones Estarían ubicados como un Task Group en Interest Group: Primary biodiversity data Una observación caracteriza la presencia/ausencia de un organismo ó conjunto de organismos a través de un evento de recolección en una localización determinada Posible desarrollo de un estándar. Core: Quien Cuando Donde Como Evidencia (especimen,imagen,literatura) Biología asociada (número de individuos,densidad, distribución,evidencia de reproducción) Medio ambiente (habitat, condiciones del lugar, tiempo) …

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Especies Invasivas Probablemente se formará un Interest Group: Invasive Species Information Systems - ISIS –Objetivo: Trabajo con especies invasivas incluida taxonomía, distribuciones, terminología, descripciones, herramientas de identificación, etc –Checklists mapas modelos –Trabajan con GISIN (Global Invasive Species Information Network)

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Monitorización DiGIR providers- The Big Dig The "Big Dig" es un proyecto de ecoforge.net desarrollado en 2006 por el Natural History Museum and Biodiversity Research Center of the University of Kansas. Servicio que genera de manera automática informes del estado y las características de los DiGIR providers –Status:Una vez al día –Schema: Una vez a la semana Evalua el estado de las instalaciones de los DiGIR provider –Examina registros y reporta las características del software instalado Status, versión, número de colecciones, número de registros, schema, tiempo de respuesta, encoding –Ayuda a los administradores ante posibles problemas

Silvia Lusa Unidad de Coordinación GBIF-ES Sumario TDWG Annual Meeting 2006 Missouri Botanical Garden-St Louis, Missouri, U.S.A Octubre 2006 Openmodeller – Desarrollado por CRIA (Centro de Referência em Informação Ambiental) –Proyecto Open Source de sourceforge –Librería para modelado de nichos –Intenta proveer métodos para el modelado usando una variedad de algoritmos (GARP, Bioclim, CSM etc ya implementados) –Estándar propuesto: OMWS (open standard for distributed ecological niche modelling) –