Provisión de datos a GBIF

Presentación del tema: "Provisión de datos a GBIF"— Transcripción de la presentación:

1 Provisión de datos a GBIF
Taller "Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia“ Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia. Mayo de 2008 Silvia Lusa GBIF.ES, Unidad de Coordinación

2 Provisión de datos a GBIF
Glosario técnico para esta charla Protocolos y estándares en GBIF. De dónde vienen Dónde se integran (arquitectura) Cuáles son Integración tecnológica en los nodos. Implementación en GBIF-España Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

3 Glosario técnico para esta charla
Metadatos Conjunto de datos que definen cada uno de los recursos publicados en la red de GBIF Normalmente un recurso corresponde a una colección Estándar de datos Perfil común de datos Utilizado para intercambio Darwin Core, ABCD, NCD, TCS Protocolo Conjunto de reglas que van a permitir la comunicación y el transporte de datos en la red Utilizan estándares de datos (son capaces de reconocerlos y manejarlos) Implementados en software DiGIR (DiGIR provider, DiGIR portal), Biocase (Pywraper), TAPIR (TapirLink, etc) Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

4 Protocolos y estándares en GBIF De dónde vienen
GBIF adopta Estándares y Protocolos desarrollados por el Biodiversity Information Standards-TDWG TDWG (Taxonomic Databases Working Group) -Desarrolla y promueve el uso de estándares y protocolos - Objetivo: Interoperabilidad en el intercambio de datos + evitar duplicidad de esfuerzos -Evolución de estándares y protocolos: - adaptándose a las necesidades y nuevos retos que se plantean en el mundo de la biodiversidad -adaptándose y haciendo uso de las nuevas soluciones tecnológicas Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

5 Protocolos y estándares en GBIF Dónde se integran.Arquitectura GBIF

6 Estándares de datos en GBIF
Perfiles de datos utilizados en GBIF: Darwin Core Darwin Core 1.2 Darwin Core 1.4 MaNIS (original) MaNIS 1.21 Darwin Core 1.2 plus OBIS extension ABCD ABCD 1.20 ABCD 1.48 ABCD 2.05 ABCD 2.06 Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

7 Darwin Core Diseñado para facilitar el intercambio de información de datos primarios de biodiversidad a través de internet The Species Analyst (Universidad de Kansas). Desde el 2004, TDWG Características: Para datos de colecciones y datos observacionales Mínimo común denominador. Recopila conceptos ampliamente utilizados por diferentes disciplinas que trabajan en biodiversidad Información en espacio y tiempo: El qué, el cuando y el dónde Simplicidad (minimizando las barreras entre los proveedores de datos+maximizando la disponibilidad para los usuarios) Para intercambio, no para modelado de datos Versiones: Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

8 Darwin Core 1.2 48 elementos no jerarquizados Estructurados en:
XML Schema: Estructurados en: Identificación Preparación y Conservación Recolección y Notas El cuándo El dónde DateLastModified * InstitutionCode * CollectionCode * CatalogNumber * ScientificName * BasisOfRecord Kingdom Phylum Class Order Family Genus Species Subspecies ScientificNameAuthor IdentifiedBy YearIdentified MonthIdentified DayIdentified TypeStatus CollectorNumber FieldNumber Collector YearCollected MonthCollected DayCollected JulianDay TimeOfDay ContinentOcean Country StateProvince County Locality Longitude Latitude CoordinatePrecision BoundingBox MinimumElevation MaximumElevation MinimumDepth MaximumDepth Sex PreparationType IndividualCount PreviousCatalogNumber RelationshipType RelatedCatalogItem Notes Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

9 Darwin Core 1.4 Formado por un núcleo central de elementos y una serie de extensiones con información adicional (de una disciplina concreto, info extra) Core: (46 elementos) Elementos a nivel de registro Elementos taxonómicos Elementos de Identificación Elementos referentes a la localidad y localización Elementos referentes al evento de recolección Elementos biológicos Elementos de referencia: ImageURL, RelatedInformation Extension Curacional: Extensión Geoespacial: Extensión Paleontológica Extensión para interacciones entre organismos Extensión microbiológica Extensión Observacional /Monitorazación Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

10 Protocolos de intercambio en GBIF
Protocolos de intercambio utilizados+ Estándar de datos Biocase (Biocase Pywrapper) ABCD DiGIR (DiGIR provider package, DiGIR prov-sourceforge) Darwin Core TAPIR (TapirLink, TapirDoNet, Pywrapper) Darwin Core 1.4 Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

11 TAPIR (TDWG Access Protocol for Information Retrieval )
TAPIR es un protocolo para acceso a datos estructurados provenientes de bases de datos distribuidas de estructura lógica y física diferentes TAPIR combina las características de los protocolos BioCASe y DiGIR y amplía las posibilidades de comunicación entre aplicaciones cliente y proveedores de datos a través de Internet Su potencialidad permite la interoperabilidad no solo entre especimenes u observaciones si no que se puede utilizar en otros dominios (geológico, ecológico, clima, secuenciación genética, geoespacial, etc.) Implementaciones: wrapper applications : PyWrapper (phyton) TapirLink (0.6) (php) TAPIRdoNet (.net) La primera red en implementar TAPIR: Plant Genetic Resources Community – CGIAR (Grupo Consultivo para la Investigación Agrícola Internacional ) – Generation Challenge Programme -no para realizar cambios en bbdds solo para consultas -herramienta genérica, más que la inicial unificación de protocolos -una misma base de datos mapeada con distintos esquemas conceptuales definidos por la comunidad (diferentes redes) y que pueda responder con diferentes XML outputs Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

12 Integración tecnológica en los nodos
GBIF Registry GBIF Index GBIF Portal Participant A Participant B Participant B Participant C Data Warehouse Data Warehouse Distribuído Centralizado

13 Implementación en GBIF-España
Soporte para instalación/mantenimiento del software requerido para el proveedor de datos DiGIR/TAPIR provider Servicio de Alojamiento para bases de datos (futuro: + imágenes digitales) Conexión del software (DiGIR/TAPIR provider) instalado en los servidores de GBIF.es a la/s base/s de datos del proveedor (MySQL, Oracle, Postgree) Espacio fisico para alojamiento de archivos de bases de datos + Conexión Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.

14 Servicio de Alojamiento. Procesos
Transferencia Subida por SFTP de la Base de datos. Área de pre-producción Validación técnica y calidad de datos Problemas técnicos Todo Correcto Sugerencias calidad de datos Reporte [Corrección demorada] Publicación Base de datos pasa al área de producción [(re)Indexación] [ Silvia Lusa Bernal Provisión de datos colombianos al GBIF en el marco del SIB Colombia Mayo de 2008, Pontifica Universidad Javeriana, Bogotá, Colombia.