© 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Introducció a la Bioinformàtica Bioinformàtica: la recerca biomèdica in silico.

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1 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Introducció a la Bioinformàtica Bioinformàtica: la recerca biomèdica in silico

2 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Proteómica: Comparar proteomas distintos

3 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Comparar proteomas distintos http://ural.wustl.edu/~billy/Procom/

4 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Proteómica: Identificación de proteínas

5 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Comparar proteomas distintos http://us.expasy.org

6 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Tecnicas experimentales: -Secuenciación de novo de péptidos -Microchips de proteínas -MALDI-TOF -geles bidimensionales combinadas con la bioinformatica Identificar una proteína desconocida

7 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar una proteína desconocida

8 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificación de una proteína a partir de sus características fisicoquímicas y a partir de una digestión enzimática AnalysisWhole Protein Molecular Weight55746.95 m.w. Length501 Isoelectric Point5.40 Charge at pH 7-11.54 AnalysisWhole Protein Molecular Weight55746.95 m.w. Length501 Isoelectric Point5.40 Charge at pH 7-11.54 Identificar una proteína desconocida

9 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB N. count % by weight % by frequency Acidic (DE)5512.0610.98 Basic (KR)4210.968.38 Polar (NCQSTY)12926.1325.75 Hydrophobic (AILFWV)18035.6435.93 N. count % by weight % by frequency A Ala354.466.99 C Cys112.042.20 D Asp275.575.39 E Glu286.495.59 F Phe225.814.39 G Gly424.308.38 H His112.712.20 I Ile295.895.79 K Lys163.683.19 L Leu489.749.58 M Met143.292.79 N Asn153.072.99 P Pro284.885.59 Q Gln204.603.99 N. count % by weight % by frequency R Arg267.285.19 S Ser345.316.79 T Thr295.265.79 V Val366.407.19 W Trp103.342.00 Y Tyr205.853.99 B Asx00.000.00 Z Glx00.000.00 X Xxx00.000.00. Ter00.000.00 Identificar una proteína desconocida

10 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Hydroxylamine - 4 cuts Position LengthWeightpI1/2 life HPLC rtFragment 1667185.325.64>20h81.24MAPALHWLL...GSFVEMVDN 6710611717.189.103m85.54LRGKSGQGY...TESDKFFIN 1739810902.404.46>20h88.02GSNWEGILG...VIIVRVEIN 271242723.944.13>20h57.76GQDLKMDCK...SIVDSGTTN 29520723286.105.343m96.18LRLPKKVFE...FADDISLLK Digestión enzimática Identificar una proteína desconocida

11 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Digestión enzimática Identificar una proteína desconocida

12 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB http://us.expasy.org/tools/#proteome Identificar una proteína desconocida

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14 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar una proteína desconocida

15 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB MRVLLVALALLALAASATSTHTSGGCGCQPPPPVHLPPPVHLPPPVHLPP PVHLPPPVHLPPPVHLPPPVHVPPPVHLPPPPCHYPTQPPRPQPHPQPHPC PCQQPHPSPCQLQGTCGVGSTPILGQCVEFLRHQCSPTATPYCSPQCQSL RQQCCQQLRQVEPQHRYQAIFGLVLQSILQQQPQSGQVAGLLAAQIAQQ LTAMCGLQQPTPCPYAAAGGVPH Proteína problema (obtenida directamente del banco de datos) Purificada de maiz (Zea mays) Pm: ¿? pI: ¿? Composicio de aa: ¿? Masa molecular de los peptidos por digestión con tripsina: ¿? Purificada de maiz (Zea mays) Pm: ¿? pI: ¿? Composicio de aa: ¿? Masa molecular de los peptidos por digestión con tripsina: ¿? Identificar una proteína desconocida

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20 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB PROTEINA PROBLEMA: Purificada de maiz (Zea mays) Pm: 23688.6 pI: 8.40 Composicio de aa: Ala (A) 16 7.2% Arg (R) 6 2.7% Asn (N) 0 0.0% Asp (D) 0 0.0% Cys (C) 15 6.7% Gln (Q) 30 13.5% Glu (E) 2 0.9% Gly (G) 13 5.8% His (H) 16 7.2% Ile (I) 4 1.8% Leu (L) 25 11.2% Lys (K) 0 0.0% Met (M) 2 0.9% Phe (F) 2 0.9% Pro (P) 51 22.9%Ser (S) 10 4.5% Thr (T) 10 4.5% Trp (W) 0 0.0% Tyr (Y) 4 1.8% Val (V) 17 7.6% Masa molecular de los peptidos por digestión con tripsina: 305.413690.22107.41006.2892.95776.7 PROTEINA PROBLEMA: Purificada de maiz (Zea mays) Pm: 23688.6 pI: 8.40 Composicio de aa: Ala (A) 16 7.2% Arg (R) 6 2.7% Asn (N) 0 0.0% Asp (D) 0 0.0% Cys (C) 15 6.7% Gln (Q) 30 13.5% Glu (E) 2 0.9% Gly (G) 13 5.8% His (H) 16 7.2% Ile (I) 4 1.8% Leu (L) 25 11.2% Lys (K) 0 0.0% Met (M) 2 0.9% Phe (F) 2 0.9% Pro (P) 51 22.9%Ser (S) 10 4.5% Thr (T) 10 4.5% Trp (W) 0 0.0% Tyr (Y) 4 1.8% Val (V) 17 7.6% Masa molecular de los peptidos por digestión con tripsina: 305.413690.22107.41006.2892.95776.7 Identificar una proteína desconocida

21 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Proteómica: Identificación de interacciones

22 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar interacciones entre proteínas Interacciones descritas en el proteoma de levadura

23 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Search.cgi Identificar interacciones entre proteínas

24 © 2006 Plataforma Bioinformàtica de la UAB Identificar interacciones entre proteínas