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Clase # 5: Potencial Estadístico (I) Prof. Ramón Garduño Juárez Modelado Molecular Diseño de Fármacos
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Potenciales estadísticos Potencial basado-conocimiento Potencial de fuerza media E=-K b T ln (P/P 0 ) P es la probabilidad observada, P 0 es la probabilidad esperada, Kb es la constante de Boltzmann, T es la temperatura absoluta.
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Procedimiento Encontrar una base de datos apropiada de estructuras conocidas Colectar las probabilidades observadas Escoger los valores esperados adecuados Calcular el potencial Validar el potencial en casos de prueba Aplicar el potencial a estructuras desconocidas
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Construyendo un potencial estadístico
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Ejemplos Proteína A: 3000 residuos, 200 Leu, 100 Ilu Observables: 500 contactos, 50 de Leu-Ile Estado de Referencia : ¿Fracción Molar de la proteína entera? ¿O solo de los residuos internos? Depende de las aplicaciones.
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