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Métodos para secuenciar el ARN
Por métodos enzimáticos y químicos Directamente a partir del ARN Helicos Secuenciación del ARN A partir del ADNg Transcripción conceptual EST A partir del ADNc RNA-Seq Métodos para secuenciar el ARN
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Science, 147 (1965): n = 77 Los primeros
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Ribonucleasa T1 n = 120 Luego vino Fred Sanger
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Síntesis del ARN por la ARN polimerasa
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Secuenciación del ARN a partir del ADNc
1.- Se extrae el ARN de la célula 2.- La transcriptasa inversa genera el ADNc 3.- Se somete el cDNA a una electroforesis y se seleccionan los fragmentos que tienen el tamaño adecuado para insertarlos en el vector de clonación. 4.- Se transforman bacterias con los vectores recombinantes y se genera una genoteca de ADNc 5.- A partir de un clon se purifica el plásmido y se secuencia el inserto por ambos extremos Secuenciación del ARN a partir del ADNc
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Síntesis de ADNc a partir del ARNm
Los cDNA obtenidos a partir de RNAm, que se caracterizan por tener la cola poli(A), representan una instantánea de los genes que se están expresando en un momento dado y en unas condiciones determinadas, o sea, el transcriptoma. Síntesis de ADNc a partir del ARNm
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Purificación del ARNm y síntesis del ADNc
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Expressed sequence tags (EST)
Un EST es la secuencia parcial de un inserto clonado procedente de una genoteca de cDNA obtenida a partir del RNAm. Expressed sequence tags (EST)
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Expressed sequence tags (EST)
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Características de las genotecas de ADNc
1.- Se preparan a partir de varios organismos, tejidos, tipos celulares, condiciones patológicas o condiciones experimentales. 2.- La complejidad y la calidad de las genotecas varía mucho de una a otra. 3.- La mayoría son “nativas”, ya que la frecuencia de los clones refleja la abundancia de los distintos ARNm. 4.- Las genotecas “normalizadas” se han modificado para reducir la presencia de los mRNA más abundantes y aumentar la probabilidad de detectar los mRNA menos frecuentes. 5.- La mayoría se han generado con un cebador poli(T), de modo que los extremos 3’ están sobrerrepresentados. Características de las genotecas de ADNc
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Características de los EST
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Limitaciones de los EST
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RNA-Seq
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Esquema general de la RNA-Seq
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Generación de una biblioteca de ADNc
1.- Se extrae el ARN de las células. Se puede eliminar el ARNr y el ARNt o seleccionar únicamente el ARN con cola de poliA. 2.- La transcriptasa inversa sintetiza los ADNc (de doble hebra). Se fragmenta el ADNc y se seleccionan los fragmentos del tamaño apropiado. 3.- Se añaden adaptadores a los extremos de los ADNc para obtener una librería de fragmentos de ADNc. No es necesario clonarlos en un vector y transformar bacterias. 4.- La amplificación de los fragmentos de ADNc se lleva a cabo mediante variantes de la PCR (en emulsión o puenteada). Generación de una biblioteca de ADNc
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Secuenciación masiva en paralelo (NGS)
5.- La secuenciación masiva en paralelo de los fragmentos de ADNc mediante las técnicas de nueva generación (Roche 454, Illumina Solexa o ABI SOLID) . 6.- Las lecturas obtenidas en el apartado anterior se ensamblan para generar el transcriptoma. Este proceso puede utilizar un genoma de referencia o hacerse totalmente de novo. Secuenciación masiva en paralelo (NGS)
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Single-Molecule Sequencing (Helicos)
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Evita los problemas asociados a la síntesis del ADNc
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El artículo que describe el método
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Terminador virtual
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El secuenciador HeliScope y la celda de flujo
108 moléculas por cm2 El secuenciador HeliScope y la celda de flujo
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Unión del ARN a la celda de flujo
El ARN poliadenilado (de forma natural o mediante la enzima poli(A)-polimerasa) y bloqueado en el extremo 3’ con un residuo de dA se une a la superficie de la celda de flujo, que está recubierta de poli(dT). Unión del ARN a la celda de flujo
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Rellenado con T (fill) y adición de 3 TV (lock)
Fill: Se añade desoxitimidina natural y una ADN-polimerasa especial (con actividad transcriptasa inversa) para que todas las A de la cola de poliA estén emparejadas con una T. Así nos aseguramos de que la secuenciación comienza directamente en el ARN molde. Lock: Se añade polimerasa y 3 terminadores virtuales (TV): A, C y G. Los TV contienen un fluoróforo y están bloqueados en 3’ de forma reversible. Cada molécula de ARN incorpora el TV correspondiente. El proceso se detiene porque los TV tienen el extremo 3’ bloqueado. Rellenado con T (fill) y adición de 3 TV (lock)
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Se toma una imagen y se elimina el fluoróforo
Se lavan los TV no unidos. Se excitan los fluoróforos y se toma una imagen. Cada señal fluorescente corresponde a un ARN distinto y nos indica la posición que ocupa en la celda de flujo. Se rompe el enlace que une el fluoróforo al TV y se desbloquea el extremo 3’ para un nuevo ciclo de incorporación de nucleótidos. Los fluoróforos liberados se eliminan con un lavado. Se toma una imagen y se elimina el fluoróforo
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Escisión del fluoróforo y desbloqueo en 3’
En cada ciclo se añade un TV distinto, siempre en el mismo orden: C, T, A, G Lavado y nuevo ciclo Síntesis Escisión del fluoróforo y desbloqueo en 3’ Lavado + imagen En cada ciclo se añade un nucleótido distinto, siempre en el mismo orden
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120 ciclos de reacción y toma de imágenes
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La longitud media de las lecturas es de 33 nucleótidos
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La plataforma Helicos también puede secuenciar el ADN
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Helicos cierra por bancarrota
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SeqLL utiliza su tecnología
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