Presentación del Producto Sistema de Administración de Proteínas Objetivo y eXperimentos del Pasteur

Agenda Introducción Objetivos Principales requerimientos Tecnologías Arquitectura Alcance Evaluación del producto Mejoras y Extensiones posibles Errores conocidos, corregidos y remanentes Demostración del producto

Introducción Reutilización y extensión de un Sistema de Manejo de Información de Proteínas (PIMS-LIMS) desarrollado por el instituto EBI (European Bioinformatic Institute). Un LIMS (Laboratory Information Management System) es un sistema para gestión de información en laboratorios, en el cual se registra la información generada en los procesos y experimentos permitiendo manipularla. Se desarrolla en el marco de un convenio entre el INCO y el Instituto Pasteur de Montevideo.

Objetivos Interactuar con el sistema PIMS, enfocándose en la creación de los distintos elementos, intentando cubrir las principales funcionalidades. Brindar una interfaz más amena al usuario final, que la actual del PIMS, y lograr esto mediante la incorporación de un portal. Manejar e integrar todas las tecnologías sugeridas por el cliente.

Principales Requerimientos Proveer algunas funcionalidades ya implementadas en el PIMS, dentro de las áreas: Experiment Management Target Management Sample Management Para explicar a grandes rasgos de que se tratan estas funcionalidades y los conceptos q involucran, podemos decir que en un laboratorio se realizan experimentos donde los insumos son los samples y su objeto de estudio es un target.

Principales Requerimientos Cont … Desarrollar algunas funcionalidades aún no implementadas en el PIMS, y que son de importancia para los usuarios del Instituto Pasteur de Montevideo (IPMONT): Project Management Workflow Tools Scheduling Messaging Management Project: Alta y modificación de projectos que son la forma de agrupar los targets estudiados. Workflow: Permiten manejar flujos tipicos donde cada paso de ese flujo es una tarea, que el usuario debe completar. Un flujo tipico es el de los experimentos, que indica al usuario los distintos experimentos que debe ir realizando. Scheduling: Maneja la parte de reservas de distintos intrumentos dentro del Laboratorio, hechas por grupos de usuarios.

Requerimientos Tecnológicos Java JBoss Portal JBPM JSF Axis Spring - Hibernate

Requerimientos Tecnológicos Cont … Utilizar el enfoque MDA, mediante la herramienta AndroMDA que genera : Estructura de directorios. Archivos de configuración. Objetos lógicos y el manejo de su persistencia. Creación de tablas en la base de datos. Páginas web y su comunicación. (permitiendo mejorarlas una vez generadas)

Atributos de Calidad Se identificaron los siguientes atributos de calidad: Amigabilidad Reusabilidad Escalabilidad Seguridad Correctitud Confiabilidad Mantenibilidad

Arquitectura La herramienta de generación que utilizamos genera una arquitectura en cuatro capas, orientada a servicios, por lo que nuestra arquitectura se vió fuertemente limitada por la herramienta.

Arquitectura Cont …

Arquitectura Capa de presentación: JBoss Portal Webservices Cont … Capa de presentación: JBoss Portal Webservices Capa lógica o de negocio: Entidades Servicios Capa de servicios internos. Capa de acceso a datos y capa de persistencia.

Alcance  Servicio de mensajería Manejo de Scheduling Manejo de Targets Manejo de Samples Manejo de Experiments Workflow de experiments Manejo de Projects WebServices, no se encontraba dentro del alcance negociado con el cliente. 

Evaluación del producto Fortalezas Abarca todas las funcionalidades nuevas requeridas. Project Management, Scheduling, Experiment Workflow. Comunicación con la versión 0.4 de la API de PIMS. Interacción con bases de datos externas. Limitaciones Algunas funcionalidades no son soportadas por Mozilla Firefox e Internet Explorer 5. 

Evaluación del producto Cont … Debilidades Algunas páginas no fueron mejoradas lo suficiente después de la generación hecha por AndroMDA. Las páginas en el portal necesitan ser actualizadas para que se carguen los datos iniciales. El portal se desarrollo como una aplicación por separado. Carencias No se brinda funcionalidad de administración completa en cuanto a altas, bajas, modificaciones y consultas de los elementos del PIMS.    

Mejoras y extensiones posibles Agregar las funcionalidades de ABM y consultas que faltan en las distintas áreas. Mejorar la interfaz gráfica modificando las páginas generadas por AndroMDA y arreglando el funcionamiento del portal. Integrar el manejo de usuarios del JBoss Portal con el de nuestro sistema. Exportar mediante webservices más funcionalidades.

Verificación Proyecto

Versión Beta 2.0 Cont … Errores encontrados (Beta 2.0) Add Target (Cuelga Portal, Transacciones abiertas) No se puede acceder al portal remotamente.

Versiones Beta 2.2 y Alfa Cont … Errores encontrados (Beta 2.2) En IE 5 no funciona. Algunos CU no funcionan en Firefox. Tildes. Errores corregidos (Alfa) Mensajes de error.