Bioinformática: DR_2283 Aida Moreno Moral Pablo Mier Muñoz Claudia Lucía Millán Nebot

1.- INTRODUCCIÓN Organismo  Deinococcus radiodurans Resistente a altos niveles de radiación y desecación Phylum Deinococcus-Thermus Completamente secuenciado

1.- INTRODUCCIÓN Gen DR_2283 (AC = Q9RS44). Implicado en mecanismos de acumulación de Mn. Posiblemente se trate de un transportador del tipo ABC de iones metálicos ¡Putative! Predicho no por similaridad

Problema inicial encontrado No es fácil No es fácil buscar homólogos de esta proteína En humanos no se encuentra…. En ratones tampoco…. ¿Qué hacemos? ¡BLAST ! 1.- INTRODUCCIÓN

2.- BLAST INICIAL BLAST inicial orientativo Resultado Resultado  Homólogos en los siguientes microorganismos: Deinococcus geothermalis (84%) deserti (81%) Haemophilus influenzae (40%) - Revisado Bacillus halodurans (43%) - Revisado Listeria monocytogenes (42%) - Revisado

Listeria monocytogenes D. geothermalis D. deserti

D.Rad vs D. geotermalis (aa 15/5) D.Rad vs D. deserti (aa 15/5) PROTEÍNA SIN ANOTACIONES POSICIONALES 3-DOT PLOTS 5 realizados inicialmente (CDS y proteína)

D.Rad vs Bacillus halodurans (aa 15/5) D.Rad vs Haemophilus D.Rad vs Haemophilus influenzae (aa 15/5 )

Bacillus vs Haemophilus aa 15/5 Haemophilus Influenziae Bacillus Halodurans

D.Rad vs Listeria monocytogenes (aa similares) D.Rad vs Listeria monocytogenes (aa 15/5) Se necesitan realizar más análisis para confirmar estos resultados (BLAST de los dominios, más dot plots,...). Primer acercamiento hacia posibles anotaciones en nuestra proteína Se necesitan realizar más análisis para confirmar estos resultados (BLAST de los dominios, más dot plots,...). Primer acercamiento hacia posibles anotaciones en nuestra proteína

4- Análisis BLAST A excepción de los dos miembros de su género, el resto de los homólogos encontrados no tienen un porcentaje de identidad elevado. Se han escogido dos más del phylum, y otras bacterias representativas, buscando además que se tratara de proteínas revisadas de las que poder obtener más información

Sobre dominios conservados 4- Análisis BLAST

¿Los dominios de unión a ATP y a metales son muy específicos o permiten aminoácidos similares? ¿Los dominios de unión a ATP y a metales son muy específicos o permiten aminoácidos similares? Si dichos dominios tampoco están anotados en los homólogos, ¿cómo los caracterizamos? Si dichos dominios tampoco están anotados en los homólogos, ¿cómo los caracterizamos? ¿Hasta qué punto los parámetros usados para el Blast y el Dot-Plot son los adecuados? ¿Hasta qué punto los parámetros usados para el Blast y el Dot-Plot son los adecuados? ¿...? ¿...? y sugerencias…