BIOINFORMÁTICA: CONSULTAS CRUZADAS A BASES DE DATOS BIOMÉDICAS REMOTAS Antonio Rodríguez Cía Tutores: Mario Huerta, Juan José Villanueva Julio 2008

 INTRODUCCIÓN  OBJETIVOS  ACCESOS A BASES DE DATOS REMOTAS  PARÁMETROS PARA CRUCES DE DATOS  PROBLEMAS EN EL ACCESO REMOTO  METODOLOGÍA EMPLEADA  CONCLUSIONES  BIBLIOGRAFÍA ÍNDICE

 Estudio de parámetros genéticos contenidos en bases de datos remotas.  Cruzar información de genes y obtener resultados.  Ámbito de la Investigación.  Mayor funcionalidad de aplicación existente.  Interfaz gráfica, completa e intuitiva. INTRODUCCIÓN

 Establecer entorno web, facilita realización de consultas.  Informatizar proceso de búsqueda a partir de parámetros.  Velocidad y completitud en los resultados.  Interfaz sencilla, intuitiva y amigable.  Completo entorno de desarrollo para la investigación.  Minería de datos existentes en bases remotas.  Red de interconexión entre características de genes.  Integración en un solo sistema bases de datos genéticas de interés mundial. OBJETIVOS

ACCESOS A BASES DE DATOS REMOTAS EEUU JAPÓN BARCELONA CRUCES GENÉTICOS

PARÁMETROS PARA CRUCE DE DATOS  Funciones, Procedimientos y Componentes celulares del gen.  Patologías.  Interacciones entre genes.  Publicaciones científicas.  Vecindad y posición en el cromosoma.  Mapas de interacciones y reacciones moleculares.  Redes de metabolismo genéticas.  Descarte de genes homólogos.  Los cruces de datos se combinan entre sí.

PROBLEMAS EN EL ACCESO REMOTO  Restricciones  Herramienta Eutils para consultas remotas.  Número determinado de consultas por minuto.  Inadmisible para las expectativas de la aplicación.  Solución  Estudio de datos genéticos relevantes para la aplicación.  Viabilidad de almacenar datos en local.  Minería de datos y construcción de robots de actualización

CRUCE DE DATOS REMOTOS Minería de DatosAplicación de cruces GENES RESULTADO DE LA INVESTIGACIÓN GENES ORIGEN DE LA INVESTIGACIÓN

 Desarrollo con MÉTRICA Versión 3  Desarrollo con técnicas de UML 1.2 METODOLOGÍA UTILIZADA MÉTRICA V3 PLANIFICACIÓN Y COSTE DISEÑO Y PRODUCCIÓN MODELO DE ANÁLISIS MODELO CONCEPTUAL DE DOMINIO MAPAS DE NAVEGACIÓN DISEÑO DE PANTALLAS MODELO DE COMPORTAMIENTO CONSTRUCCIÓN DEL SISTEMA REFINAMIENTO DIAGRAMA CLASES

 Herramientas de diseño: Magic Draw UML 5.5.  Herramientas de desarrollo (software libre): Perl PHP MySQL JavaScript Dinamic HTML Java Applets ESPECIFICACIONES TÉCNICAS

 Finalización con éxito dentro de los plazos establecidos.  Sistema seguro y eficaz.  Abierto a posibles mejoras y adaptaciones.  Interfaz sencilla, intuitiva, vistosa, amena y amigable.  Potente herramienta para la búsqueda de genes.  Explotación de una vasta cantidad de información en tiempos muy asequibles. CONCLUSIONES

 Velocidad en navegación y carga de la aplicación.  Complicaciones debido a accesos remotos restringidos.  Cumplimiento de los requisitos expuestos inicialmente.  Consecución de resultados de interés científico que, de otra forma serían imposible de conseguir. CONCLUSIONES (Continuación)

 [METRICA V3]Métrica Versión 3  [METRICA V2.1]Metodología de Planificación y Desarrollo de Sistemas de Información  [RAMBAUGH 96] Object-Oriented Modeling and Design  [PRE 01]Ingeniería del Software. Un enfoque práctico  [ORTA-RUIZ 99]Análisis y diseño estructurado de aplicaciones informáticas de gestión  oficial del NCBI  de herramientas eUtils  oficial del KEGG  Manual oficial de PHP  Manual oficial de MySQL BIBLIOGRAFÍA