B IOINFORMÁTICA : I NTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS VÍA WEB Oscar Castro García Tutores: Jordi Gonzàlez, Mario Huerta Julio 2009.

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1 B IOINFORMÁTICA : I NTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS VÍA WEB Oscar Castro García Tutores: Jordi Gonzàlez, Mario Huerta Julio 2009

2 ÍNDICE  Introducción  Estado del arte  Objetivos  Implementación  Pre-proceso  Trabajo realizado  Especificaciones técnicas  Demo  Conclusiones  Futuros desarrollos

3 Qué es un genoma? Secuenciación del ADN TCAATATGGACGCCTGTAAAGGAGAGCATAGGCTATGTTTATGTTTCT AGGCGCGTCACGGTTAAAGCGAGCAAGCTATTGGGTTCGCTTACTTT GTTAGCGAGTTTAATATCTTTTGTGGTTGGTGCAGCATATGGTATTAC La longitud de un genoma se contabiliza por su número de bases. INTRODUCCIÓN

4 Sub-división de los genomas en 3 grandes Dominios (Carl Woese) Archaea BacteriaEucariota INTRODUCCIÓN

5 Maximal Unique Matchings Secuencias que aparecen en los dos genomas Únicas. No se repiten a lo largo de las secuencias Longitud mas larga posible En el proceso evolutivo de las especies, en ocasiones la cadena de un gen muta invirtiéndose completamente..taggcATGGCACAATAGaact....taacctagGATAACACGGTAtt....taacctagATGGCACAATAGtt.. INTRODUCCIÓN

6  Introducción  Estado del arte  Objetivos  Implementación  Pre-proceso  Trabajo realizado  Especificaciones técnicas  Demo  Conclusiones  Futuros desarrollos

7 MUMmer [1999] MUMs On-Line [2002] MALGEN [2003] M-GCAT [2006] ESTADO DEL ARTE

8  Introducción  Estado del arte  Objetivos  Implementación  Pre-proceso  Trabajo realizado  Especificaciones técnicas  Demo  Conclusiones  Futuros desarrollos

9 Proporcionar una interface gráfica vía web a la comunidad científica para el estudio de las relaciones entre genomas. Claves: visión en detalle de la comparación de genomas para poder observar los cambios evolutivos, interactividad con el usuario, fácil de manejar e intuitiva. Modificar la aplicación principal (FILOMUMS) para que lance nuestra interface. Generar los datos que necesitará nuestra aplicación. Gestionar el servidor web para poder lanzar nuestras aplicaciones. OBJETIVOS

10  Introducción  Estado del arte  Objetivos  Implementación  Pre-proceso  Trabajo realizado  Especificaciones técnicas  Conclusiones  Futuros desarrollos

11 Pre-proceso Gestio_genomes IMPLEMENTACIÓN

12 Pre-proceso Gestio_genomes Rename IMPLEMENTACIÓN

13 Pre-proceso Gestio_genomes Rename Mumunix IMPLEMENTACIÓN

14 Pre-proceso Gestio_genomes Rename Mumunix Lanza_mums IMPLEMENTACIÓN

15 Pre-proceso Gestio_genomes Rename Mumunix Lanza_mums FILOMUMS IMPLEMENTACIÓN

16 Trabajo realizado IMPLEMENTACIÓN

17  Introducción  Estado del arte  Objetivos  Implementación  Pre-proceso  Trabajo realizado  Especificaciones técnicas  Demo  Conclusiones  Futuros desarrollos

18  Entorno de desarrollo  Sistemas operativos: Windows, Linux  Herramientas de desarrollo  C++ (gcc)  ActionScript 2 (Flash)  Java (Eclipse)  PHP  Javascript ESPECIFICACIONES TÉCNICAS

19  Introducción  Estado del arte  Objetivos  Implementación  Pre-proceso  Trabajo realizado  Especificaciones técnicas  Demo  Conclusiones  Futuros desarrollos

20 Host: PC Local: DEMO Off-line Host: revolutionresearch.uab.es DEMO On-line DEMO

21  Introducción  Estado del arte  Objetivos  Implementación  Pre-proceso  Trabajo realizado  Especificaciones técnicas  Demo  Conclusiones  Futuros desarrollos

22 Cumplimiento de todos los objetivos. Abierto a nuevas funcionalidades para el futuro. Descubrimiento del mundo de la biología molecular y de la bioinformática. Participación en un proyecto puntero en investigación. CONCLUSIONES

23  Introducción  Estado del arte  Objetivos  Implementación  Pre-proceso  Trabajo realizado  Especificaciones técnicas  Demo  Conclusiones  Futuros desarrollos

24 Ubicación de genes dentro del genoma Acceso a bases de datos del NCBI Seguimiento de MUMs comunes a varios genomas Localización de genes mediante un buscador FUTUROS DESARROLLOS

25 B IOINFORMÁTICA : I NTERFAZ GRÁFICA PARA COMPARACIÓN DE GENOMAS VÍA WEB Oscar Castro García Tutores: Jordi Gonzàlez, Mario Huerta Julio 2009