La Coalescencia

http://www.xmission.com/~wooding/TreeToy/ Mozilla Firefox

Especiación incipiente en el género Orestias en el Altiplano sur Jimena Guerrero Fabiola Peña 5

O. chungarensis O.piacotensis O. parinacotensis O.laucaensis

10 etapas: 1. Obtener las secuencias 2. Alinear las secuencias 3. Sitios Polimorficos

4. Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π) 5. Realizar el test D de Tajima (y otros) 6. Construir la red de haplotipos (network)

7. Inferencia demográfica a partir de la mismatch (crecimiento instantáneo) 8. Inferencia demográfica en base al modelo de crecimiento exponencial 9. Detectar variaciones de la taza de coalescencia visualizando una genealogía 10. Conclusiones Lamarc BEAST

Abrir Orestias.nex

Etapa 4. Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π) 1. Número de sitios polimórficos  S 2. Número de haplotipos  K 3. Diversidad  H = 1 - pi2 (pi2 : frecuencia del haplotipo i) 4. Número promedio de diferencias entre 2 secuencias 

Etapa 5. Realizar el test D de Tajima (y otros)

Estadística de Tajima (D)  = 2Ne 2 estimadores de  : E() =  sensible a las frecuencias sólo al número de mutaciones D  0  equilibrio mutación-deriva D > 0  faltan haplotipos raros (cuello de botella) D < 0  exceso de haplotipos raros (crecimiento)

Etapa 6. Construir la red de haplotipos (network) Generar orestias.rdf

orestias.rdf

Etapa 7. Construir la distribución del número de diferencias entre pares de secuencias Rogers and Harpending 1992 (pdf)

8. Inferencia demográfica en base al modelo de crecimiento exponencial

Paso 1: Copiar “Orestias.xml” en el mismo directorio que Lamarc orestia.xml

Paso 3: cambiar parametros

G

X

Listo!!!!

A G X . iniciar programa

Paso 5: abrir archivo Nt orestias Paso 5: abrir archivo Nt orestias.xls e incorporar los valores de g y  Paso 6: incorporar el valor de u (esta vez por sitio y por año) U = 2.10-8

Etapa 9. Detectar variaciones de la taza de coalescencia visualizando una genealogía

http://evolve.zoo.ox.ac.uk/webapps/skyline.html

t = 0.495 x 1/u

Bayesian Ecological Analysis of Statistical Trends BEAST Bayesian Ecological Analysis of Statistical Trends

Conectividad en Galaxias maculatus Estudio de caso N°4: Conectividad en Galaxias maculatus Maculatus.nex (2 grupos: lago y Fiordo) Pilar Salinas

Fiordo Lago Bajo Pascua

fiordo lago K S H Pi Tajima Fu Network (todos juntos) Mismatch y estimacion tiempo expansion cuando relevante Fluctuate (lago.phy – fiordo.phy)