Ecología Molecular – 2017 – TP1

Presentación del tema: "Ecología Molecular – 2017 – TP1"— Transcripción de la presentación:

1 Ecología Molecular – 2017 – TP1
Marcadores moleculares 1

2 Región de Control (D-loop) del ADN mitocondrial del jurel Trachurus murphyi
2

3 - un azúcar de 5 carbonos – desoxirribosa
- fosfato - uniones entre los azúcares - bases: purinas = adenina y guanina pirimidinas = timina y citosina 3

4 Muestreo 4

5 1. Extracción 2. Amplificación
¿Y los partidores? 2. Amplificación 5

6 6

7 ¿Existen secuencias de la D-loop de Trachurus murphyi?
1 2 3 7

8 1 8

9 9

10 Diseñar sus partidores propios:
¿Existe una secuencia del genoma mitocondrial del género? 1 2 10

11 1 11

12 1 12

13 1 13

14 1 14

15 15

16 16

17 Busqueda de los partidores
17

18 1. Extracción 2. Amplificación 3. Secuenciación
18

19 5' 3' 3' 5' H R F L A A C A C T T G T G A A C A C T T G T G A A C A C
19

20 PROcessor of SEQuences (ProSeq)
(c) by Dmitry Filatov,  importar JREL2-TRNA-F.ab1 20

21 21

22 22

23 23

24 5' A A C A C 3' H A A C A C F L T T G T G 3' 5' 24

25 H 25

26 26

27 27

28 importar JREL2-TRNA-R.ab1
28

29 A A C A C G T G T T 29

30 30

31 31

32 Reverse Complemente 5' 3' 5' 3' 5' 3' 5' 3' A A C A C G T G T T A C T
32

33 Emsamblar secuencias: JREL12-TRNA-F.ab1 con JREL2-TRNA-R.ab1
1. Invertir la secuencia complementaria 2. sobreponer 3. fusionar 33

34 34

35 35

36 Alineamiento de las secuencias F y R
Insertar un espacio 36

37 I Insertar un espacio Eliminar base(s) 37

38 Alineamiento de secuencias
Importar todas las secuencias F Alinear Cortar las extremidades Verificar cada mutación 38

39 39

40 40

41 41

42 42

43 43

44 Pero ustedes tienen esto…
Y luego de alinear (ctrI) 44

45 Y del otro lado… Cortar las extremidades
Revisar las secuencias alignadas 45

46 Polimorfismo 46

47 47

48 Aprobado 48

49 Estadísticas para caracterizar la variación del ADN
1) Número de sitios polimórficos  S 2) Número de alelos diferentes (haplotipos)  K 3) Diversidad  H = 1 - pi2 (pi2 : frecuencia del haplotipo i) 4) Número promedio de diferencias entre 2 secuencias  49

50 Abrir jurel.nex 50

51 Calcular los índices de diversidad (S, K, H, Π)
1 51

52 1 52

53 53

54 Abrir el archivo: Jurel1pop.arp
54

55 3 1 2 55

56 3 1 2 56

57 57

58 Secuencias Fabiola ¿Qué son estas secuencias? (organismo, gen)
¿Existe sitios variables entre estos individuos? ¿Algo que comentar…?

59

60 AAAACAATG AAAAGAATG

61 ¿Genotipos para cada individuos?

62 ARD4 TG/TG ARD5 CC/CC ARD6 TG/CC – TC/CG ARD16 CC/CG Solución más parsimoniosa 3 haplotipos

63 (Single Sequence Repeats)
Microsatélites o SSR (Single Sequence Repeats) 63

64 Locus Motivo repetido Tamaño del alelo 7F12 (AC)29 180 bp 7D3
(AG)4AT(AG)12 276 bp 64

65 65

66 66

67 67

68 68

69 69

70 70

71 Abrir el archivo: micro1pop.gtx
Frecuencias alélicas e índices de diversidad 71

72 1 2 3 72

73 1 73

74 74