ANÁLISIS DE SIMILARIDAD COMO HERRAMIENTA PARA EVALUAR LA UTILIDAD DE MICROSECUENCIAS DE GENES USADOS PARA FILOGENIA MOLECULAR EN EL GÉNERO Fusarium Henao JD, Gómez AR, Rincón M, Filgueira J. Laboratorio de Biotecnología Vegetal. Universidad Militar Nueva Granada. Bogotá. Colombia. tracimarco@gmail.com

Problemática del genero Fusarium FUSARIOSIS Problemática

Problemas de calcificación Molecular phylogeny of the higher and lower taxonomy of the Fusarium genus and differences in the volutionary histories of multiple genes Maiko Watanabe1*, Takahiro Yonezawa2, Ken-ichi Lee3, Susumu Kumagai3, Yoshiko Sugita-Konishi1, Keiichi Goto4 and Yukiko Hara-Kudo1 BMC Evolutionary Biology 2011, 11:322

Microsecuencias de DNA Parcialmente Conservado Conservado No Conservado

Especies del genero Fusarium Fusarium avenaceum (FA) Fusarium solani (FS) Fusarium culmorum (FC) Fusarium sporotrichioides (FSP) Fusarium subglutinans (FSG) Fusarium foetens (FF) Fusarium verticillioides (FV) Fusarium equiseti (FE) Fusarium graminearum (FG) Fusarium oxysporum (FO) Fusarium proliferatum (FP)

Primers usados para las secuencias GEN PRIMERS SECUENCIA Histone 3 H3-1a (Glass y Donaldson, 1995) 5'ACTAAGCAGACCGCCCGCAGG3' H3-1b (Glass y Donaldson, 1995) 5'GCGGGCGAGCTGGATGTCCTT3' β Tubulin Bt1a (Glass y Donaldson, 1995) 5'TTCCCCCGTCTCCACTTCTTCATG3' Bt1b (Glass y Donaldson, 1995) 5'GACGAGATGGTTCATGTTGAACTC3' Bt2a (Glass y Donaldson, 1995) 5'GGTAACCAAATCGGTGCTGCTTTC3' Bt2b (Glass y Donaldson, 1995) 5'ACCCTCAGTGTAGTGACCCTTGGC3' COX AHyFuF (Barcode, Forward from F. oxysporum AY874423) 5'CTTAGTGGGCCA GGAGTTCAATA3' AHyFuR (Barcode, Forward from F. oxysporum AY874423) 5'ACCTCAGGGTGTCCGAAGAAT3' EF EF-1H (Kroon et al., 2004) 5' ATGGGTAAGGAAGACAAGAC3' EF-2T (Kroon et al., 2004) 5' GGAAGTACCAGTGATCATTGTT3' ITS ITS1 (White et al., 1990) 5'TCCGTAGGTGAACCTGCGG3' ITS4 (White et al., 1990) 5'TCCTCCGCTTATTGATATGC3' ITS FuR (White et al., 1990) 5'GCGACGATTACCAGTAACGA3' ITS FuF (White et al., 1990) 5'CAACTCCCAAACCCCTGTGA3' ITS-1 (White et al., 1990) ITS-2 (White et al., 1990) 5'GCTGCGTTCTTCATCGATGC3'

Mi = Tii + Tvi + Gi Tii = Índice de Transiciones (n)(OTUS) Cálculos de variación de microsecuencias Mi = Tii + Tvi + Gi (n)(OTUS) Mi = Índice de mutaciones n = Número de nucleótidos en la secuencia Tii = Índice de Transiciones Tti = ∑ (Ti) (0.125) Tvi = Índice de Transversiones Tvi = ∑ (Tv) (0.25) Gi = Índice de Gaps Gi = ∑ (G) (0.5)

PRIMER ZONA Mi ITSFuF/FuR 43-198 0,02520396 199-371 0,0166185 372-590 Datos obtenidos PRIMER ZONA Mi ITSFuF/FuR 43-198 0,02520396 199-371 0,0166185 372-590 0,02407638 ITS12 81-211 0,01526718 212-384 0,00039411 385-590 0,01385809 ITS14 76-200 0,01527273 201-369 0,00047068 370-550 0,01657459 Bt1 258-400 0,04998411 401-480 0,0453125 481-586 0,02894511

Datos obtenidos PRIMER ZONA Mi Bt2 792-880 0,04801136 881-960 0,04928977 961-1094 0,04053596 COX 81-227 0,03478664 244-413 0,03328877 420-590 0,08450704 EFTU 42-240 0,03666058 241-490 0,02918182 491-709 0,00856164 H3 46-156 0,02395577 157-290 0,00534261 291-488 0,02117769

Análisis de los arboles resultantes Bt2 881-960 COX 244-413

Análisis de los arboles resultantes ITS 1/4 76-200 ITS FuF/FuR 43-198

Matrices de distancia ITS14 370-550 FA FC FE FF FG FO FP FSG FS FSP FV 0,084 0,028 0,009 0,047 0,019 0,168 0,121 0,065 0,000 0,056

Similaridad ITS14 ITS12 ITS H3 EFTU COX Bt2 Bt1 0,4927 -0,2903 -7,0044 -1,1291 -0,4172 16,1222 -4,1988 6,2844 -0,302 -0,1617 -0,0826 -0,743 -0,3543 -13,9721 -3,6555 -4,7873 -0,1403 -0,0822 -0,0647 -0,1236 -0,0883 -1,5406 -0,6811 -1,0101 -0,0674 -0,0244 -0,0189 -0,0375 -0,0511 -0,4819 -0,2465 -0,4506 0,021 -0,0004 -0,0005 -0,0009 -0,001 -0,1258 -0,0327 -0,0036 -0,0003 -0,0013 -0,0006 -0,0015 -0,0002 0,0003 0,0008 -0,0007 0,0006 -0,0001 0,0018 0,0007 0,0014 0,0012 0,5572 7,1704 2,0327 0,9107 8,7829

Microsecuencia A Microsecuencia B Resultado Similaridad Microsecuencia A Microsecuencia B Resultado ITS14 76-200 ITS12 90-211 0,0001 ITS 43-198 0,0022 H3 46-156 0,0006 Bt2 881-960 Bt1 258-400 0,0002 EFTU 42-240 -0,0006 COX 420-590 -0,0002 -0,0004 0,0044

Conclusiones Cuando no existe similaridad entre los arboles filogenéticos los valores de las comparaciones tiene a cero. Existen valores de importancia en el intervalo cero-uno (0,0001, 0,0022 y 0,0044) que están asociados a puntos de similaridad entre los arboles.