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Nuevas técnicas de detección de poblaciones minoritarias en infección por VIH: posibles usos y limitaciones Rafael Delgado Laboratorio de Microbiología.

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Presentación del tema: "Nuevas técnicas de detección de poblaciones minoritarias en infección por VIH: posibles usos y limitaciones Rafael Delgado Laboratorio de Microbiología."— Transcripción de la presentación:

1 Nuevas técnicas de detección de poblaciones minoritarias en infección por VIH: posibles usos y limitaciones Rafael Delgado Laboratorio de Microbiología Molecular Hospital Universitario 12 de Octubre. Madrid

2 VIH: Mutaciones de Resistencia VIH evoluciona rápidamente: –Alta replicación –Alta tasa de mutación Reversión a WT en ausencia de ARV: –Frecuencia de mutaciones disminuye –Pueden no ser detectadas por Secuenciación convencional Mutaciones minoritarias pueden rápidamente conducir a fallo terapéutico?

3 Información insuficiente sobre: Transmisión e inicio de la infección Relación entre resistencia y transmisión Consecuencias de mutaciones de resistencia de bajo nivel Transmisión de resistencias por naïve?

4 377 Secuenciación poblacional solo detecta frecuencias > 20%

5 Nuevas técnicas de genotipado PASS: Parallel Allele-Specific Sequencing SGS: Secuenciación de genomas individuales AS-PCR: PCR alelo-específica Pirosecuenciación: Ultra-deep sequencing

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7 SGS/SGA: Secuenciación de Genomas Únicos ConcentraciónConcentración RT-PCR ultrasensibleRT-PCR ultrasensible Dilución límiteDilución límite Secuenciación individual de clonesSecuenciación individual de clones Análisis filogenéticoAnálisis filogenético

8 377 1/3 1/9 1/27 ~ 30% SGS/SGA

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10 AS-PCR

11 MutaciónFrecuencia convencional vs AS- PCR Incremento L90M8% 11%+25% M41L9% 17%+70% K70R9% 14%+60% K103N19% 20%+5% Y181C3% 8%+260% M184V8% 10%+23% T215Y17% 20%+20% T215F2% 7%+340% Mutaciones añadidas utilizando AS-PCR Johnson J. 14th CROI, Los Angeles 2007, #61

12 N=155 nuevos diagnósticos % Total con mutaciones % con mutaciones a NNRTI Mutaciones primarias por Genotipado convencional 10,43,9 + AS-PCR (K103N)13,67,1 Mutaciones añadidas utilizando AS-PCR Marin L at al. Reunión SEIMC 2007

13 13 Importancia clínica de las mutantes resistentes minoritarias de VIH-1 Clinicamente relevantes: Johnson J. 14th CROI, Los Angeles 2007, #61 – CNA 30021/30024: EFV/3TC + ABC or ZDV – AS-PCR para K103N, Y181C and M184V – Fracaso Virológico en 7/9 con variantes minoritarias – Riesgo de fracaso con variantes minoritarias x 11 (p=0.004) Clínicamente NO relevantes: Peuchant et al. 14th CROI, Los Angeles 2007, #666 – AS-PCR: Las mutaciones mayoritarias pero no las minoritarias modifican la respuesta a ART

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25 Kozal et al 16th Intl HIV Drug Resistance Workshop, Barbados 2007 Respuesta al tratamiento y mutaciones minoritarias Estudio FIRST: NRTI + (PI)/(NNRTI)/(PI+NNRTI) Mutaciones NNRTI Trat: + NNRTI: Fallo virológico a los 12 meses: 72,7% con muts 28,0% sin muts Mutaciones RT Trat: + NNRTI: Fallo virológico a los 12 meses: 59,1% con muts 24,8% sin mut

26 Nuevas técnicas de genotipado ExperienciaSensibilidadCosteLinkage y Filogenia PASS?+++$$$+ PiroSeq+++$$$++ SGS+++++$$+++ AS-PCR+++++$+


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