El incremento de plagas y enfermedades, puede afectar hasta el 25 % la calidad y rendimientos globales. La OIC señala potencial de pérdidas por roya del cafeto entre 2.5 a 3 millones de sacos. Causas: Introducción de nuevas plagas y enfermedades Diversificación de agroecosistemas e interacción de plagas de otros cultivos con el cultivo de café. Reducción de enemigos naturales y alteración de ecosistemas por contaminación de plaguicidas. Cambio Climático
ENFERMEDADES Colletotrichum coffeanum Cercospora coffeicola Hemileia vastatrix Mycena citricolor Phoma costarricensis OTRAS: Mycena citricolor, Corticium koleroga, Rhizoctonia solani
PLAGAS Hypothenemus hampei Orthezia praelonga Atta cephalotes OTRAS: Plagiohamus maculosus, Oligonychus ilicis, Dysmicoccus spp, Phyllophaga sp., Meloidogyne spp., Pratylenchus sp., Trichoplusia ni, Planococcus citri, Sibine fusca, Xylosandrus morigerus. Leucoptera coffeella Idiarthron subquadratum
Los factores que afectan el comportamiento de las plagas y enfermedades en el agro-ecosistema son: altitud (msnm), humedad relativa, periodos de lluvia y sequia, grados acumulados de temperatura, densidad de sombra, materia orgánico en el suelo, deficiencias o excesos nutricionales, variabilidad genéticas del hospedante, tipo de manejo agronómico.