Alejandro Sánchez Medina Grado en Ingeniería Informática del Software Cangar: Análisis de genes implicados en cáncer mediante Reglas de Asociación Alejandro Sánchez Medina Grado en Ingeniería Informática del Software

De un vistazo Gen 1 Gen 2 Gen 3 Gen 4 Gen 5 Gen 6

Introducción El Proyecto Experimentación y validación Conclusiones Índice Introducción El Proyecto Experimentación y validación Conclusiones

Introducción El Proyecto Experimentación y validación Conclusiones Índice Introducción El Proyecto Experimentación y validación Conclusiones

Introducción Descripción del problema y justificación Objetivos Índice Introducción Descripción del problema y justificación Objetivos

Introducción Descripción del problema y justificación Objetivos Índice Introducción Descripción del problema y justificación Objetivos

Definiciones y problema Microarray Estudio del cáncer

Descripción del problema Base de datos con miles de registros Necesidad de sacar algo en claro Demasiados datos para ser analizados por una persona

Justificación Bioinformática Combatir el cáncer

Introducción Descripción del problema y justificación Objetivos Índice Introducción Descripción del problema y justificación Objetivos

Objetivos del proyecto Herramienta capaz de encontrar relaciones entre genes Familiarizarse con los algoritmos genéticos Desarrollo web con HTML5 y CSS. Uso de AJAX y librerías JS

Introducción El Proyecto Experimentación y validación Conclusiones Índice Introducción El Proyecto Experimentación y validación Conclusiones

Minería de datos y Reglas de Asociación Índice El Proyecto Planificación Minería de datos y Reglas de Asociación Algoritmo e Interfaz

Minería de datos y Reglas de Asociación Índice El Proyecto Planificación Minería de datos y Reglas de Asociación Algoritmo e Interfaz

Tareas identificadas Redacción de documentación Lectura de documentación Diseño del algoritmo Programación Reunión Preparación de la defensa Lectura de documentación de herramientas

Tiempos empleados

Presupuesto Rol Coste por hora Director de proyecto 41.91€ Programador junior 11.98€ Horas de desarrollador junior: 282.5 Horas de jefe de proyecto: 43.41 Total: 5203.66€

Coste del proyecto Horas de desarrollador junior: 282.5 Horas de jefe de proyecto: 43.41 Presupuesto desarrollador junior: 282.5 * 11.98 = 3384 .35€ Presupuesto Jefe de proyecto: 43.41 * 41.91 = 1819.31€ Total: 5203.66€

Objetivos

Objetivos II

Objetivos III

Casos de uso

Casos de uso II

Casos de uso III

Minería de datos y Reglas de Asociación Índice El Proyecto Planificación Minería de datos y Reglas de Asociación Algoritmo e Interfaz

KDD

Reglas de Asociación Básicas: {gen A, gen B} => {gen C} Cuantitativas: {[1, 2] gen A, [2, 3] gen B} => {[3, 4] gen C}

Medidas de calidad

Minería de datos y Reglas de Asociación Índice El Proyecto Planificación Minería de datos y Reglas de Asociación Algoritmo e Interfaz

Algoritmo genético

Algoritmo NSGA-II Frentes de Pareto Distancias

Diagrama de Componentes

Tecnología usada

Interfaz de resultados

Grafo de resultados

Tabla de reglas

Introducción El Proyecto Experimentación y validación Conclusiones Índice Introducción El Proyecto Experimentación y validación Conclusiones

Experimentos sobre medidas Grupo 1 Grupo 2 Grupo 3 Soporte Precisión Factor de certeza Apalancamiento Interés Confianza Ganancia Convicción Netconf Yule’s Q Cobertura

Rendimiento y distancias Rendimiento en atributos Rendimiento en individuos

Resultados obtenidos

Heatmap

Volcano plot

Introducción El Proyecto Experimentación y validación Conclusiones Índice Introducción El Proyecto Experimentación y validación Conclusiones

Conclusiones Algoritmos genéticos muy potentes Se han cumplido los objetivos Necesidad de colaboración entre distintos campos de la ciencia

Alejandro Sánchez Medina Grado en Ingeniería Informática del Software Cangar: Análisis de genes implicados en cáncer mediante Reglas de Asociación Muchas gracias Alejandro Sánchez Medina Grado en Ingeniería Informática del Software