TALLER 1 INTRODUCCION AL MOE Bioinformática Estructural TALLER DE SIMULACIONES BIOMOLECULARES 2012

SOBRE LA MAQUINA VIRTUAL (VM) En escritorio Windows: Icono Wmware Player Ubicarse en disco local (E:) E:|wmware|suse|suse|suse. Se despliega el escritorio de la VM. Para entrar en la VM: Ctrl+G o click en el cuadro de la máquina. Para salir de la VM: Ctrl+Alt Recomendación: no maximizar la ventana de MOE. De lo contrario tendrás que entrar y salir permanentemente de la VM. 2Bioinformática Estructural

MOE WINDOW - versión Bioinformática Estructural Existen algunas diferencias entre versiones pero las funciones son las mismas.

SOBRE “TALLER MOE Intro_2006.pptx” Bioinformática Estructural4 CONVENCIONES UTILIZADAS MOE| MOE main window DBV| Database Viewer SE| Sequence Editor RHS| Right Hand Side Button Bar svl> Línea de comandos SVL (Scientific Vector Language)

Conviene definir el directorio de trabajo (se cambia con Set CWD) para no tener que recorrer el sistema de archivos cada vez. Para crear un nuevo directorio mientras se guarda un archivo usar el botón MkDir. MOE|File|Save|MkDir| nombrar nuevo directorio. De vuelta en el cuadro de diálogo save: Set CWD (Current Working Directory) Todo lo que se haga de ahora en más quedará en el nuevo directorio. Cuidado: Las modificaciones en la bases de datos se guardan simultáneamente en el disco. No hay UNDO. Bioinformática Estructural5

EJERCICIO 1: Construir moléculas y salvarlas como *.moe y como *.dbv De la ventana de MOE abrir el BUILDER. Dibujar la siguiente molécula: Dibujar primero el anillo aromático central y agregar luego los átomos o grupos unidos a él. Bioinformática Estructural6

Salvarlo como molecula1.moe MOE|File|Save| guardar con el nombre molecula1.moe. Si no cambié el directorio de trabajo lo tengo que buscar.  Save: Molecule  Format: MOE Molecule File  Automatic Extension  Save Cerrar. MOE|Close Volver a abrirlo. MOE|File|Open|molecula1.moe Bioinformática Estructural7

Manipular el gráfico  Girar, hacer Zoom, Seleccionar/deseleccionar.  MOE|Render|Atoms (MOE|Render) seleccionar tipo de representación (line, stick, ball & line, ball & stick, space filling), color, etiquetas.  Seleccionar un átomo y luego: MOE|Selection|Extend| o alternativamente (MOE|RHS|Extend). V er opciones.  Con un grupo de átomos seleccionado: MOE|Render|Atoms|Stick (MOE|Render|Stick)  Doble click en un átomo: abre ”Atom Manager” Bioinformática Estructural8

Guardarlo en una base de datos “molec.mdb”  MOE|File|New|Database  Asignar el nombre de la base: molec.mdb  En Field: Type: molecule - Name: mol Type: int - Name: num.molec.  OK Se despliega el DBV  DBV|Edit|New|Entry (DBV|Entry|Add Entry)  Al dar OK aparece una nueva entrada y se incluye en el campo “mol” lo que esté en la pantalla MOE.  Click en la celda a llenar o modificar habilita a escribir el contenido en la linea superior (1). Bioinformática Estructural9

Modificar la base de datos generada  DBV|Edit|New|Field (DBV|Field|Create) Type: char – Name: nombre.molec – Value: molecula1 OK Pasar la molecula a MOE  MOE|Close  DBV|Click-derecho-en-la- molecula|Send-to-MOE (copy-to-MOE) Modificarla y ponerla como nueva entrada  MOE| modificar la molecula con BUILDER  DBV| agregar nueva entrada y luego: Click- derecho-en-campo-mol|Copy-from-MOE Bioinformática Estructural10

EJERCICIO 2: Visualizar y manipular proteínas. Usar el e investigar el SE. Abrir un archivo *.pdb de muestra MOE|File|Open|pull-down-menu $MOE/sample/mol/ Seleccionar una proteína cualquiera (.pdb). Manipular el gráfico con el mouse. Seleccionar átomos y residuos. Extender. Invertir. Mostrar hélices-  y hojas-  con: MOE|Render|Ribbon (Render|Backbone|Cartoon ). Abrir el SE y sincronizar con MOE Window: MOE (o SE)|Selection|Synchronize. Seleccionar algunos aminoácidos. Utilizar los menúes Display, Measure y Select. Bioinformática Estructural11