Métodos de “Cluster”: UPGMA Los árboles filogenéticos pueden estar basados en matrices de distancias, obteniendo estas distancias entre pares de unidades operacionales taxonómicas (OTU, las siglas en inglés). Usando estas distancias se pueden aplicar los clásicos procedimientos de “agrupamientos” tratados por los métodos multivariantes que nos entrega la Estadística. A continuación graficaremos un ejemplo de método UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean), donde las OTUs serán secuencias de ADN, y elegiremos una región llamada HAR1 Por Katerine Pollard para los humanos y las regiones análogas para otras especies.
desaciertos Nota: La distancia de Jukes-Cantor será explicada en extenso en los métodos de máxima verosimilitud
Hey, mickey mouse, somos los que estamos más cerca. En efecto, rata de alcantarilla, repartamos esa distancia en partes iguales 0.004745 Hey, mickey mouse, somos los que estamos más cerca.
De acuerdo rata asquerosa, pero luego promediamos, vale? ey!, mouse de laboratorio, tú mide tu distancia con el resto, que yo haré lo mismo 0.00955 Nos repartimos en partes iguales nuestra distancia 0.004745 De acuerdo rata asquerosa, pero luego promediamos, vale?
Vaya, estamos más cerca de los “domésticos que del hombre Me he medido con cada uno de los “domésticos” y luego he promediado. Lo mismo ha hecho cada “doméstico” con el grupo de las ratitas 0.02815 0.0186 0.023405 Vaya, estamos más cerca de los “domésticos que del hombre 0.004745 0.00955 Desde este nivel hasta arriba nos hemos repartido en partes iguales la distancia
… y como antes, nos repartimos en partes iguales esa distancia Promediamos la distancia de cada uno de nuestro grupos con el “humanito” ese 0.02815 0.0858 0.0577 Hurra! Según la Katherine Pollard, este segmento es el que “nos hace humanos” 0.004745 0.00955 0.023405 … y como antes, nos repartimos en partes iguales esa distancia
Problemitas Realice un árbol mediante la distancia de Juker y Cantor. Realice un árbol mediante la distancia de “desencuentros”
Solución problema 1
Solución problema 2