Perfiles de expresión génica y diagnóstico/pronóstico en cáncer Yanara Astudillo Silva Genómica y proteómica Curso 2011: 2012

Introducción Perfil de expresión génica: Expresión génica: Proceso por el cual la inf. almacenada en DNA es traducida a proteínas. Perfil de expresión génica: medida de expresión de varios genes en una célula en un momento dado

Técnicas Gen reportero Northern blot Western blot La hibridación fluorescente in situ SAGE

TECNICA DESCRIPCIÓN VENTAJA DESVENTAJA MICROARRAYS Superficie Hibridación probe- target Fluorescencia Análisis de imagen Diseño personalizado Ensayos simultáneos Alta capacidad Inversión Incompatibilidad Artefactos qRT-PCR Fluoróforos cDNA ARN- tejido en parafina desarrollo y la validación de sondas, limitaciones en número de genes que se puede ensayar RNA- SEC clonación cDNA (RNA inf.) Detecta mutaciones Variantes splice Fusion genes, cambion nivel exp Caro y consume mucho tiempo

Aplicaciones Estudio expresión de genes (sanos/enfermos, salvajes/mutantes, tratados/no tratados…) Clasificación de enfermedades Identificación de genes característicos en una patología Predicción de respuestas a un tratamiento Detección de mutaciones y polimorfismos de un único gen (SNP)

Diagnóstico/ pronóstico Cáncer Pulmón, hígado, mama, próstata, leucemia, etc. Clasificación subtipos Diagnóstico Pronosticar Medir respuesta tratamiento Supervivencia paciente Buscar nuevos targets

Cáncer de pulmón Producido por: Causa: Proliferación incontrolada células Causa: Tabaco Exp- carcinógenos Genético Exp. Minerales Etc…

Tipos: Células no pequeñas Células pequeñas Carcinoma células escamosas   Adenocarcinomas  Carcinoma de células grandes,  carcinoma adenoescamoso carcinoma no diferenciado. Células pequeñas

967 muestras (x3) 420 analizados 1995-2008 30 mi RNA’s Purificación RNA Tratamiento heparina Transcripción reversa Amplificación PCR cuantitativa

Resultados No hay correlación entre plasma y suero

No hubo diferencias en plasma

Suero plasma

58 casos células escamosas 99 casos adenocarcinoma 58 casos células escamosas No hay diferencias de expresión entre los dos tipos Comparación controles: Adenocarcinoma miR- 146b: reducido Células escamosas: miR-221, mir-let- 7a: reducidos

Materiales y métodos:

Materiales y métodos: Análisis Microarray: Agilent: array de baja densidad de todo el genoma 44k Hibridización: pool 65 muestras

Resultados 72 genes Verde: baja regulación Rojo: alta regulación

72 genes Verde: baja regulación Rojo: alta regulación

Bibliografia Bhattacharjee, A. et al. Classification of human lung carcinomas by mRNA expression profiling reveals distinct adenocarcinoma subclasses. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 13790–13795 (2001). Paul Roepman, Jacek Jassem, Egbert F. Smit, et al. An Immune Response Enriched 72-Gene Prognostic Profile for Early-Stage Non -Small-Cell Lung Cancer, Clin Cancer Res 2009. M. Teresa Agulló –Ortun, Fernando López-Ríos, Luis Paz-Ares, Lung Cancer Genomic Signatures. Journal of Thoracic Oncology • Volume 5, Number 10, October 2010 Heegaard NH, Schetter AJ, Welsh JA, Yoneda M, Bowman ED, Harris CC (2011) Circulating microRNA expression profiles in early stage non-small cell lung cancer. Int J Cancer