Red Académica i2basque HPC Josu Aramberri Iñaki Serna II Workshop Ibercivis CIEMAT, 13 de septiembre de 2011

Accessing Supercomputing resources in Spain and Europe IberGrid 2011 ¿QUIÉNES SOMOS? I2basque es una REN autonómica, financiada por el Departamento de Educación, Universidades e Investigación del Gobierno Vasco. Desde Enero del 2011 somos parte de IkerBasque – Fundación Vasca para la Ciencia Proporcionamos comunicaciones avanzadas y servicios TIC a los agentes de la Red Vasca de Ciencia y Tecnología:  Universidades públicas y privadas  Centros Científicos y Tecnológicos  Hospitales e investigación biomédica  Entidades gestoras de I+D Áreas en las que desarrollamos nuestra actividad:  Comunicaciones  Cálculo intensivo  Multimedia y Videoconferencia  Contenidos en Internet: LMS, CMS

RECURSOS HPC IBM iDataplex  128 nodos, 1024 procesadores  90 TB disco, 8.2 TB RAM  11TFlops  Infiniband  Torque + Moab  RHEL 5.2  Próxima incorporación a la RES Cluster gt3  29 nodos, 232 procesadores  12 TB disco, 458 GB RAM  1378 GFlops  Gigabit Ethernet  Sun Grid Engine  CentOS 5.3  Cluster gt 16 nodos, 66 procesadores 12 TB disco, 67 GB RAM Gigabit Ethernet Sun Grid Engine CentOS 4.4 Accessing Supercomputing resources in Spain and Europe IberGrid 2011

Accessing Supercomputing resources in Spain and Europe IberGrid 2011 Mecanismos de acceso y grupos que pueden acceder  Pueden solicitar recursos las entidades afiliadas a i2basque, enviando el formulario especificado en nuestra página web a Valores de peticiones y accesos  Número de usuarios: 24 repartidos entre los clusters  Peticiones entre 8 y 256 procesadores Otros recursos  IBERCIVIS: conexión de los KZgunes

Conexión con IBERCIVIS Servidor intermedio  Pasarela entre la red de los KZgune (10.x.x.x) y la Red Académica  Garantizar el tráfico de entrada/salida del cliente BOINC

Conexión con IBERCIVIS Situación actual  Pasarela configurada y en fase de pruebas  Cliente BOINC preconfigurado para instalación piloto  Verificación del control del tráfico con Ibercivis (ida y vuelta)  En fase de instalación en un parque de equipos Retos  Balanceado de tráfico con distintos servidores/aplicaciones  Tiempo de actividad de los equipos en los KZgunes Jornada laboral 24 * 7

Aplicaciones en el País Vasco Caso de CIC Biogune (Adriana Rojas) Aplicación  Investigación en cáncer de hígado  Docking de proteinas  Ahora usan Autodock  Adaptación a Ibercivis: Neurosim-Gromacs  Calendario: noviembre-diciembre Retos  2 millones de comparaciones => 5 minutos  Alternativas BD de proteinas (1-2 millones en la BD, ficheros.pdb de proteínas) Librerías comerciales: compuestos (fichero + polvos)

Ibercivis en el País Vasco Petición ciudadana  Petición de ideas del Gobierno Vasco  Administración abierta, concepto asociado a OpenGov  Incorporación a IBERCIVIS atendiendo una idea recibida por este canal Otros temas relacionados  Necesitamos especialistas en HPC  Propuesta de master, incluyendo uso de Ibercivis  Proyectos de master en aplicaciones Ibercivis

Ibercivis y el Dianemólogo Un invento de Leonardo Torres Quevedo  Patentado en  Un nuevo procedimiento destinado a copiar sin necesidad de acudir a la taquigrafía un discurso a medida que se pronuncia.  Utilizado en el Ateneo de Madrid en una conferencia de Amós Salvador titulada “La velocidad de la luz” Antecedente simbólico de Ibercivis  Distribuye las frases de conferenciante entre varios copistas (8 a 12)  Cada frase es una work-unit (wu), que se anota en una ficha  Reuniendo las fichas ordenadas se obtiene la transcripción del discurso