Bioinformática FJS

Introducción Bioinformática es la aplicación del desarrollo de la computación y las matemáticas que permite la administración, análisis y comprensión de datos para resolver preguntas biológicas. (con conexiones a medi-, quimio-, neuro-, etc. informática), donde se requiere un al poder computacional para poder resolver todos sus problemas. De aquí los clusters.

Introducción Planificadores Difícil selección de procesos Propone el planificador FJS Implementación Funciona aunque exista otros planificadores Utiliza PHP Manejador de Base de Datos Broker (Utilizado en Condor)

Arquitectura DB Server Cluster Manager Broker Cluster Aplicación Web 3. Estado de Cluster Cluster Broker 4. Regresa el Ip del Mejor Nodo 3. Estado de Cluster 2.Petición de IP Aplicación Web 1.Ejecuta Comando 6. Regresa el resultado 5. Lanaza el comando al Nodo

Arquitectura Colector del Estado del Nodo Cada nodo en el cluster es responsable de obtener su propio estado, comunicándolo a la base de datos del servidor, datos tales como: El tipo de maquina Numero y tipo de procesadores La conf. RAM La versión del SO la lista de servicios el nivel de carga el uso de memoria el estado de la memoria swap

Arquitectura Base de Datos del Servidor Broker Ejecución de las Tarea Contiene toda la información con respecto a todos los nodos, dentro del cluster. Broker Es implementado en el Servio Web Regresa el Ip del Mejor Nodo Ejecución de las Tarea Un numero de métodos alternativos puede ser usado para que los nodos entreguen su trabajo.

Arquitectura Aplicación Web u Otros Clientes El rol del servidor de la aplicación web es proporcionar acceso a herramientas de bioinformática y remotamente lanzar la tarea hacia la IP previamente obtenida por el broker. Existe Transparentemente

Arquitectura Nodos virtuales Los sistemas actualmente son instalados en clusters de 56 nodos y es fácil escalarlos, para poder hacer mas poderoso el cluster. Estos pueden conectarse a nodos externos. El planificador tienen la opción de distribuir el trabajo en nodos virtuales.

Trabajo del planificador Disponibilidad de nodos. Los nodos deben de ser configurados como activos. Tipo de ejecución de la tarea Interactivos Poco interactivos Tratados por lotes. Nodos con carga <=25% y memoria swap >=90%, se utlizan para trabajos rapidos.

Planificador Disponibilidad de Memoria Si se necesita una cantidad mínima de RAM, es posible que se ejecute en cualquier nodo del cluster. Disponibilidad de Servicio en el nodo Distribución de Trabajo