Instructivo Perseus Versión

Para cargar los datos primero hay que tener los mismos en formato.txt o.csv ya que Perseus solo reconoce esos formatos. Por lo tanto, si los datos están en format excel, se deben migrar a los formatos correctos. Migrar datos a format.txt o.csv Para generar un archivo.txt a partir de uno de Excel se debe ir a File de la barra de tareas y seleccionar Save as… Se abre una nueva ventana en la cual debemos seleccionar del menú desplegable Save as type… la opción Text (Tab delimited) (*.txt). En File name se puede poner el nombre que querramos ponerle al nuevo archivo.

Migrar datos a format.txt o.csv Para generar un archivo.csv a partir de uno de Excel se debe ir a File de la barra de tareas y seleccionar Save as… Se abre una nueva ventana en la cual debemos seleccionar del menú desplegable Save as type… la opción CSV (Comma delimited) (*.csv). En File name se puede poner el nombre que querramos ponerle al nuevo archivo.

Click en el boton para comenzar carga de datos Carga de Datos

Click en Select Seleccionar archivo con los datos y hacer click en Open Carga de Datos

Seleccionar los campos que se quieren agregar a las matrices y colocarlos en el campo correspondiente. En este caso se seleccionaron las áreas y se pusieron en el campo Main. En Main van los datos que serán analizados. Accession y Description van en el campo Text. Hacer click en Ok (abajo a la derecha) Carga de Datos

Se genera una matriz con los datos seleccionados. Carga de Datos

Agrupar los replicados Seleccionar Annot. rows y hacer click en Categorical annotation rows. Editar los nombres para que cada set de triplicados con un nombre. Hacer click en Ok

Cálculo de Logaritmo Seleccionar Basics y hacer click en Transform. Por Default todas las columnas de Tipo Main ya están seleccionadas. La operación por default también es el logaritmo en base 2. Hacer click en OK.

Test de Student Seleccionar Tests y hacer click en Two- Sample tests.

Test de Student Perseus puede comparar varios triplicados al mismo tiempo. Compara los triplicados que están en la columna de la derecha. El de la primer fila del Grupo de arriba con el de la primer fila del grupo de abajo. Los de la segunda fila entre si, etc. Verificar que esté tildado –Log10 p-value Hacer click en OK. Se genera una nueva matriz con los resultados del Test.

Volcano Plot Seleccionar Visualization y hacer click en Scatter plot Verificar que en Matrix Access la opción seleccionado sea Columns. Click en OK

Volcano Plot Click en Scatter plot En los menús desplegables seleccionar en el correspondiente al eje x la diferencia entre muestras (Student T-test Difference A_B) y en el correspondiente el eje y el –Log p-value (-Log Student T-test p-value A_B)

Volcano Plot Para agregar las rectas que representan un cambio relativo igual a 2 entre las muestras y que el cambio sea significativo hacer click en Curves, click en Equations y agregar 3 curvas haciendo click en el signo + verde

Volcano Plot Las curvas se configuran una por una. Sombrear la curva que se quiera modificar y hacer click en el botón Properties (el de las dos herramientas cruzadas).

Volcano Plot Ecuación correspondiente a un valor de p igual a 0.05 pasado a escala logarítmica en base 10. Los valores mayores a 1.3 son significativamente relevantes. Ecuación correspondiente a un cambio relativo igual a 2 en escala logarítmica. Los valores mayores a 1 y menores a -1 tienen un cambio igual a 2

Volcano Plot Las proteínas ubicadas en los cuadrantes celestes son las que tienen un cambio relativo mayor a 2 (en el gráfico menor a -1 o mayor a 1) y un valor de p menor a 0.05 (en el gráfico mayor a 1.3).